Кефир с бифидобактериями: Какой кефир полезен для здоровья? Экспертиза «АиФ» | Продукты и напитки | Кухня

Содержание

Какой кефир полезен для здоровья? Экспертиза «АиФ» | Продукты и напитки | Кухня

 

Каждый с детства помнит: кефир — это полезно. А благодаря рекламе продуктов с приставкой «био» мы усвоили: биокефир полезен вдвойне. Так ли это, «АиФ» выяснил в лаборатории «Молоко» ВНИИ молочной промышленности.

Если верить ГОСТу Р 52093, биокефир действительно самый полезный из всей кисломолочки: это натуральный кефир, сделанный путём сквашивания молока закваской на кефирных грибках, а также дополнительно обогащённый бифидобактериями Bifidobacterium bifidum. Его польза — в молочнокислых бактериях, бифидобактериях и молочных дрожжах (всё это — пробиотики).

Близнецы в бутылках

Но сегодня на полках магазинов обосновались братья-близнецы: биокефир и кефирный биопродукт. При внешней идентичности разница между ними большая: «продукт», хоть и обогащён пробиотиками, может быть приготовлен не на кефирных грибках, а на других кефирных культурах, например молочнокислых бактериях, лактобактериях и дрожжах.

Это снижает его пользу для желудка.

Зачастую он имеет в составе немолочные компоненты — кусочки фруктов, какао-продукты или сахар, а также содержит пищевые добавки. «Могут быть использованы ароматизаторы, подсластители, стабилизаторы, дающие нужную консистенцию, — пектины, камеди, крахмал, — рассказала «АиФ» Елена Юрова, руководитель лаборатории «Молоко». — Информацию об их использовании производители должны указывать в составе продукта. В обычном биокефире этих веществ быть не может».

«Увы, большая часть пробиотической кисломолочной продукции сегодня — именно кефирные продукты, а не классический обогащённый кефир на основе кефирного грибка. Для их приготовления используют современные, чаще всего импортные, закваски, кефирные культуры (молочнокислые бактерии и молочные дрожжи) и бакконцентраты (закваски, в основном сухие. — Ред.), — говорит Роман Гайдашов, эксперт Общества защиты прав потребителей «Общественный контроль».

— Их называют «культурами со стоп-эффектом». Производители выбирают их из экономии. Они дешёвые, удобные в производстве, повышают срок годности».

Механизм работы «стоп-заквасок» такой: после того как продукт герметично закупорили крышкой, живые микроорганизмы замирают. Храниться такой напиток может две недели и больше, хотя обычный кефир, приготовленный на кефирном грибке, имеет срок годности 5-7 дней. А как только вы откроете упаковку, стоп-культура от доступа воздуха «оживает» и микроорганизмы начинают размножаться с огромной скоростью, продукт быстро прокисает — выпить его нужно в течение дня.

«В советское время использовать импортную закваску для производства кисломолочной продукции не разрешалось, — говорит Р. Гайдашов. — Все штаммы заквасочных микроорганизмов хранились в специальных институтах, которые были держателями настоящих «библиотек» чистых культур. За ними строго следили и не подвергали генетическим и другим изменениям. Сейчас это не контролируют».

Притворились полезными!

На экспертизу в испытательную лабораторию «Молоко» ВНИИ молочной промышленности мы отправили пять образцов: биокефир «Bio Макс», кефир «Бифидок», биокефир «Домик в деревне» и заодно два кисломолочных кефирных биопродукта «Активия» и «Bio Баланс».

Эксперты проверили наличие живых бифидобактерий (их же называют пробиотиками) — они призваны обогатить кишечник, вытеснить патогенную микрофлору, способствуют поддер­жанию иммунитета. Кроме того, узнали, есть ли в бутылках полезные для пищеварения молочнокислые бактерии и дрожжи. Именно наличие дрожжей говорит о том, что кефир сквашен закваской на грибках, а не концентратом со «стоп-эффектом».  Результат удивил всех: некоторые «продукты» оказались не хуже якобы натурального биокефира! (См. таблицу.)

НАЖМИТЕ ДЛЯ УВЕЛИЧЕНИЯ

Так, у кефирного биопродукта «Активия», лидера нашего испытания, с молочнокислыми микроорганизмами оказалось всё нормально. Не обманули и с количеством бифидобактерий. Есть даже дрожжи, как в биокефире, хотя по закону их могло бы не быть. Продукт «Bio Баланс» как кефирный биопродукт обогащён сразу двумя пробиотиками — бифидобактериями и лактобактериями. Но молочнокислых бактерий в нём не хватает. 

Купленный нами биокефир «Домик в деревне» на деле проявил себя лишь как кефирный биопродукт. Экспертиза показала, что количество дрожжей меньше нормы. Кефиром не оказался и «Бифидок». Срок годности у него как у настоящего биокефира — всего 7 суток. Но эксперты установили, что по вкусу, запаху и консистенции эту густую массу с белыми комочками назвать кефиром сложно. Количество бифидобактерий недотягивает даже до кефирного продукта. Необходимых для биокефира молочных дрожжей и вовсе не нашли.

Производитель биокефира «Bio Макс» тоже намудрил с закваской. Количество дрожжей меньше нормы. Именно поэтому его сложно назвать настоящим биокефиром. Получается, продукты просто «притворились» полезными? Увы, так. «Найти настоящий кефир, сделанный по правильной технологии, на прилавках можно, иногда такие образцы встречаются на экспертизах, — уверен Р. Гайдашов. — Не ориентируйтесь на цену. Лучше смотрите на этикетку (на что обратить внимание — см. инфографику) и доверяйте своему вкусу: настоящий кефир слегка «острый» на вкус, с лёгким дрожжевым привкусом и кислинкой».

Как купить полезный напиток, а не «пустышку»

Настоящие кефир и биокефир можно узнать по данным на упаковке:

1. они хранятся не более 7 дней;

2. в их составе обязательно присутствует закваска на кефирных грибках, а ароматизаторы, подсластители, загустители и красители отсутствуют;

3. если вы оставите на сутки открытую бутылку с кефиром в холодильнике, он не прокиснет;

4. на этикетке должно быть указано количество молочнокислых микроорганизмов на конец срока годности продукта — не менее 1х107 КОЕ/г. И количество дрожжей — не менее 1х104 КОЕ/г.

Покупатель никогда достоверно не узнает, из какого молочного сырья сделан кефир. Часто используют не первосортное молоко, а обезжиренное, нормализованное или — и того хуже — рекомбинированное (смешанное из сухого молока, сыворотки, молочного жира, воды). Также секретом для нас остаётся, где была произведена используемая в кефире закваска.

Кефир или бифидок — что выбрать? | Петрозаводск ГОВОРИТ | Газета «Петрозаводск» online

 

Расскажите, пожалуйста, чем бифидок отличается от кефира. Одинаково ли полезны эти продукты? Есть ли рекомендации по их употреблению, и с какого возраста их можно давать детям? Буду благодарна за подробную информацию!

 

Светлана, г. Петрозаводск

Полезные и питательные
Кефир и бифидок относятся к разряду кисломолочных продуктов. Они изготавливаются из молока по одной технологии. Кефир получают путем смешанного брожения молока при участии кефирного грибка. Бифидок — это по сути тот же кефир, в который при изготовлении дополнительно добавляют бифидокультуры. Именно от них напиток и получил свое название.

В первую очередь, кефир и бифидок полезны для нашего пищеварения. При их регулярном употреблении обогащается микрофлора кишечника, уничтожаются вредные болезнетворные и гнилостные бактерии. Как показывают многочисленные исследования врачей и диетологов, здоровая микрофлора кишечника способствует бесперебойной работе всего организма — лучше усваиваются полезные вещества и микроэлементы из пищи, а также укрепляется иммунитет, замедляются процессы старения.

Достаточно одного стакана кефира или бифидока в день в течение месяца, чтобы полностью устранить дисбактериоз и дискомфорт в кишечнике. Оба продукта обладают настоящими целебными свойствами.

Кефир и бифидок имеют богатый витаминный состав. В него входят витамины группы В, которые оказывают положительное воздействие на сосуды, нервную систему, кожу и волосы, а также витамины А, С, D и К. Оба напитка обогащают организм кальцием и фосфором. Они очень полезны для желудочно-кишечного тракта, положительно влияют на работу сердца. В отличие от молока кисломолочные продукты можно употреблять даже при непереносимости лактозы.

С целью профилактики вирусных и простудных заболеваний рекомендуется включить в ежедневный рацион один-два стакана кефира. Кефир рекомендуется при истощении организма, болезнях печени. С его помощью можно нормализовать обменные процессы и работу поджелудочной железы. С помощью кефирного грибка и происходит процесс нормализации кишечной микрофлоры.  При помощи клетчатки, которая присутствует в составе кефира, а также кефирного грибка, улучшается функция пищеварения и максимально активируется усвояемость полезных веществ из пищи.

Кефир и бифидок — отличные помощники для тех, кто хочет похудеть, так как отлично утоляют чувство голода благодаря своим питательным свойствам. Один стакан любого из них заменяет прием пищи. Это особенно актуально для любителей поесть перед сном.

Важные отличия
Бифидок не такой кислый, как кефир. У него более мягкий вкус и густая консистенция. Для здорового человека выбор из этих двух напитков зависит, пожалуй, только от вкусовых предпочтений. Кто-то любит легкий кисловатый кефир. Кому-то больше по вкусу густой и менее кислый бифидок.
При наличии каких-либо заболеваний к выбору кисломолочного напитка приходится подходить более ответственно. Здесь выбор чаще делается в пользу бифидока. Ведь благодаря закваске с применением бифидобактерий, спектр полезных свойств бифидока шире, чем у других кисломолочных продуктов, в том числе кефира. Бифидобактерии считаются незаменимыми защитниками кишечника от микробов и токсинов, проникающих в организм с пищей.

Помимо полезных бактерий, в бифидоке содержатся пребиотики и лактобактерии, которые укрепляют иммунитет человека. Бифидобактерии успешно борются с вредными микроорганизмами и нормализуют обмен веществ. Они особенно необходимы после лечения антибиотиками, так как способствуют восстановлению здоровой микрофлоры кишечника, заново заселяя его полезными бактериями.

Однако, по мнению некоторых специалистов, не стоит полностью отказываться от кефира и заменять его на бифидок. Избыток даже полезных бактерий может негативно сказаться на здоровье человека. Лучше всего чередовать данные напитки и не употреблять бифидок чаще, чем пару раз в неделю, хоть этот продукт и намного полезнее кефира.

Для детей
Согласно рекомендациям ВОЗ кисломолочные продукты можно постепенно вводить в рацион ребенка в качестве прикорма с 6 месяцев. Предварительно необходимо проконсультироваться с педиатром и убедиться, что у ребенка нет на них аллергии. Пока ребенок находится на грудном вскармливании, делать этого не стоит, потому что избыток бактерий может нарушить естественную микрофлору кишечника, которая поддерживается полезными бактериями, поступающими с молоком матери. Однако в дальнейшем дети обязательно должны пить кисломолочные продукты каждый день. Это должно стать хорошей привычкой на всю жизнь.
Сейчас рассматривается вопрос о том, чтобы включить бифидок в школьное меню и выдавать его всем ученикам на постоянной основе, как раньше они получали молоко. Можно только порадоваться этой инициативе, ведь тогда дети гарантированно смогут регулярно пить этот полезный для растущего организма продукт.

Делаем выводы
Таким образом, противопоказанием для употребления бифидока и кефира могут быть только индивидуальная непереносимость продукта и младенческий возраст до 6 месяцев. Во всех остальных случаях врачи и диетологи настоятельно рекомендуют включать в рацион ежедневное употребление этих кисломолочных продуктов. Это отличная профилактика множества болезней и эффективная помощь при лечении имеющихся заболеваний.

10 причин, почему стоит начать пить кефир уже сегодня

Несмотря на то, что сегодня на полках магазинов можно найти огромный ассортимент продуктов, кефир остается одним из полезнейших для здоровья напитков. Предлагаем вам 10 причин, почему стоит начать пить кефир уже сегодня. Ведь все гениальное просто.

1. Кефир улучшает микрофлору кишечника

В основном благодаря содержанию полезных бактерий пробиотиков. Многочисленные исследования подтвердили, что богатая пробиотиками диета помогает очистить организм, улучшить пищеварение, ускорить метаболизм, восстановить микрофлору кишечника после приема антибиотиков, повысить иммунитет и даже снизить риск некоторых видов рака. И все это можно получить, просто регулярно потребляя кефир!

Читайте также: Что есть, чтобы быть здоровым — 10 богатых пробиотиками продуктов

2. В кефире много витаминов и полезных микроэлементов

В кефире много кальция, необходимого для здоровья костей. Кефир богат витаминами группы В, в частности В1 и В12, а также биотином, который помогает переработать углеводы в энергию, витамином Dи рибофлавином. Также, кефир — хороший источник аминокислоты триптофан, которая необходима для нормального функционирования нервной системы и здорового сна.

Читайте также: Как приготовить вкусные пышные оладьи на кефире — 6 рецептов

3. Кефир нейтрализует вредное воздействие антибиотиков

Антибиотики убивают вредные бактерии, а вместе с ними и полезные бактерии, которые нужны для того, чтобы защитить организм от инфекций. Как следствие, из-за приема антибиотиков страдает микрофлора кишечника. Богатый пробиотиками кефир помогает восстановить микрофлору кишечника и вернуть организм в норму.

4. Кефир нейтрализует вредные бактерии

Как известно, в кефире содержатся пробиотики, которые защищают от инфекций. Например, полезные бактерии lactobacillus kefiri сдерживают рост таких вредных бактерий как Salmonella, Helicobacter Pylori и E. Coli. Полисахарид кефиран, который содержится в кефире, также обладает антибактериальными свойствами.

Читайте также: Кисломолочные продукты — что подходит именно вам

5. Кефир снижает риск остеопороза

Остеопороз — заболевание костей, при котором ухудшается состояние костной ткани и повышается риск переломов. С возрастом, риск остеопороза увеличивается.  Одно из необходимых условий предотвращения остеопороза — это потребление богатых кальцием продуктов. В кефире содержится большое количество кальция, а также витамин К2, который нужен для усваивания кальция.

Читайте также: Сколько кальция нужно, чтобы быть здоровым, и где его брать — 10 богатых кальцием продуктов

6. Кефир защищает от рака

Рак — одна из основных причин преждевременной смерти. При раковых опухолях в организме происходит неконтролируемый рост злокачественных клеток. Исследования подтвердили, что пробиотики могут не только улучшать состояние имунной системы, но и затормаживать рост опухолей и снижать образование канцерогенных веществ.

Читайте также: Кефирные смузи — очищаем организм после новогодних праздников

7. Кефир незаменим при заболеваниях ЖКТ

Пробиотики, которые содержатся в кефире, восстанавливают микрофлору кишечника и помогают при различных заболеваниях пищеварительного тракта: диарее, синдроме раздраженного кишечника, заболеваний, вызванных инфекцией H. pylori, и многих других.

Читайте также: Соусы и заправки для салатов — 10 оригинальных рецептов на кефире

8. Кефир нормально переносится людьми с непереносимостью лактозы

В обычном коровьем молоке содержится природный сахар, известный как лактоза. У некоторых взрослых людей встречается непереносимость лактозы — когда в организме отсутствуют ферменты, необходимые для переваривания лактозы. В ферментированных продуктах, таких как кефир и йогурт, лактозы намного меньше, чем в обычном молоке. Поэтому обычно кефир хорошо переносится людьми, у которых непереносимость лактозы.

Читайте также: Продукты с пробиотиками — учимся готовить холодные супы на кефире

9. Кефир полезен при многих заболеваниях

Например, при аллергиях и астме, при нарушениях нервной системы, высоком уровне стресса и бессоннице, повышенном уровне холестерина и гипертонии, и др. Если начать регулярно употреблять кефир уже сейчас, можно существенно улучшить работу желудка и кишечника, очистить организм и похудеть, улучшить состояние кожи, повысить иммунитет, а также снизить риск многих заболеваний.

Читайте также: Как похудеть быстро, легко и без вреда для здоровья — диета на гречке и кефире

10. Кефир — это просто вкусно

За исключением совсем маленьких детей, кефир будет полезен практически всем! Тем более, что сейчас в продаже есть кефир разной жирности: 0%, 1%, 2%, 2,5%, 3,2%. В зависимости от жирности, в напитке будет разное количество калорий и полезных микроэлементов. С кефиром можно готовить вкусные фруктовые и овощные смузи  — которые помогут вам очистить организм и насытить его полезными веществами. Также, на кефире можно готовить холодные супы, соусы и заправки для салатов, а также многое другое. 

Читайте также: Кефир для идеальной кожи и роскошных волос — простые рецепты

Кефир и биокефир

Вы смотрите фотографию с сайта — чтобы вернуться на него перейдите по ссылке propionix.ru

ООО «ПРОПИОНИКС»

БИОКЕФИР

Каждый с детства помнит: кефир — это полезно. А благодаря рекламе продуктов с приставкой «био» мы усвоили: биокефир полезен вдвойне. Так ли это?

Биокефир действительно один из самых полезных напитков из всей кисломолочки: это натуральный кефир, сделанный путём сквашивания молока закваской на кефирных грибках, а также дополнительно обогащённый пробиотическими культурами — живыми клетками бифидобактерий и/или штаммов других пробиотических микроорганизмов. В таком продукте содержание пробиотических микроорганизмов в конце срока годности должно быть не менее 106 КОЕ в 1 г продукта.

Бифидокефир – продукт, в который наряду с закваской, приготовленной на кефирных грибках, вносятся бифидобактерии — он также является биокефиром.

То есть термин «БИО» шире, так как к пробиотическим микроорганизмам относят не только бифидобактерии, но и молочнокислые палочки, а также пропионовокислые бактерии.

Кефирный продукт вырабатывают по технологии кефира, однако это может быть термически обработанный продукт или продукт, при производстве которого используют технологические добавки (стабилизатор), либо сухую закваску.

Сегодня на полках магазинов уже основательно обосновались братья-близнецы: биокефир и кефирный биопродукт. При внешней идентичности разница между ними большая: «продукт», хоть и обогащён пробиотиками, может быть приготовлен не на кефирных грибках, а на других кефирных культурах, например молочнокислых бактериях, лактобактериях и дрожжах. Это снижает его полезные свойства для ЖКТ.

Зачастую он имеет в составе немолочные компоненты — кусочки фруктов, какао-продукты или сахар, а также содержит пищевые добавки. Могут быть использованы ароматизаторы, подсластители, стабилизаторы, дающие нужную консистенцию, — пектины, камеди, крахмал. Информацию об их использовании производители должны указывать в составе продукта. В обычном биокефире этих веществ быть не может.

Увы, большая часть пробиотической кисломолочной продукции сегодня — именно кефирные продукты, а не классический обогащённый кефир на основе кефирного грибка. Для их приготовления используют современные, чаще всего импортные, закваски, кефирные культуры (молочнокислые бактерии и молочные дрожжи) и бакконцентраты (закваски, в основном сухие). Их называют «культурами со стоп-эффектом». Производители выбирают их из экономии. Они дешёвые, удобные в производстве, повышают срок годности.

Механизм работы «стоп-заквасок» такой: после того как продукт герметично закупорили крышкой, живые микроорганизмы замирают. Храниться такой напиток может две недели и больше, хотя обычный кефир, приготовленный на кефирном грибке, имеет срок годности 5-7 дней. А как только вы откроете упаковку, стоп-культура от доступа воздуха «оживает» и микроорганизмы начинают размножаться с огромной скоростью, продукт быстро прокисает — выпить его нужно в течение дня.

В советское время использовать импортную закваску для производства кисломолочной продукции не разрешалось, — Все штаммы заквасочных микроорганизмов хранились в специальных институтах, которые были держателями настоящих «библиотек» чистых культур. За ними строго следили и не подвергали генетическим и другим изменениям. Сейчас это не контролируют.

Как купить полезный напиток, а не «пустышку»

Настоящие кефир и БИОкефир можно узнать по данным на упаковке:

  1. Они хранятся не более 7 дней;
  2. В их составе обязательно присутствует закваска на кефирных грибках, а ароматизаторы, подсластители, загустители и красители отсутствуют;
  3. Если вы оставите на сутки открытую бутылку с кефиром в холодильнике, он не прокиснет;
  4. На этикетке должно быть указано количество молочнокислых микроорганизмов на конец срока годности продукта — не менее 1х107 КОЕ/г. И количество дрожжей — не менее 1х104 КОЕ/г.

НО КАК ПРАВИЛО! Покупатель никогда достоверно не узнает, из какого молочного сырья сделан кефир. Часто используют не первосортное молоко, а обезжиренное, нормализованное или — и того хуже — рекомбинированное (смешанное из сухого молока, сыворотки, молочного жира, воды). Также секретом для нас остаётся, где была произведена используемая в кефире закваска.

Биокефир. Что это на самом деле? — Новости 24 февраля 2015 г.

Одними из самых популярных для ежедневного употребления являются кисломолочные продукты: ряженка, зернистый сыр, йогурт, кефир, закваска и более новый для наших потребителей продукт — биокефир. Давайте разберемся, чем же отличается биокефир от привычного нам кефира и есть ли у него какие-то особые полезные свойства.

Польза биокефира

На самом деле биокефир — это практически тот же кефир, однако с добавлением особенных бактерий (бифидобактерий), которые выполняют целый ряд очень важных функций в системе пищеварения. Вот они:

  • Создание кислой среды в кишечнике для лучшего усваивания кальция, железа и витамина D;
  • Синтез белка и витаминов В и К;
  • Избавление организма от пищевых субстратов;
  • Препятствование проникновению вредных микроорганизмов и токсинов в организм человека.

Если в кишечнике возникает недостаток бифидобактерий, то у человека наблюдается усиление роста патогенной микрофлоры и, как следствие, снижение иммунитета, ухудшение пищеварения. В связи с этим пить насыщенный бифидобактериями кефир очень полезно — так человек может восполнить дефицит полезной микрофлоры в кишечнике.

За счет постоянного употребления биокефира нормализуется пищеварение и устраняются такие неприятные явления как бурчание и вздутие живота, которые вызывает дисбаланс бактерий. Также биокефир позволяет улучшить состояние здоровья в целом и ликвидировать такие проблемы, вызванные недостатком железа и кальция, как нарушение минерального баланса, расстройства нервной системы, ухудшение цвета лица, ломкость волос и ногтей.

Биокефир и похудение

Едва ли не самыми распространенными диетами для похудения являются диеты на основе кефира с низкой жирностью (например, на основе кефира «Белая линия» 1% жирности). Однако отзывы многих людей, практикующих такие диеты, свидетельствуют о том, что замена кефира на аналогичный по жирности биокефир дает еще лучшие результаты. Это усовершенствование одновременно с потерей лишнего веса позволяет привести пищеварение в норму, восполнить запасы железа, кальция и других микроэлементов в организме.

Для того, чтобы поддерживать вес в норме, достаточно придерживаться однодневной монодиеты, то есть раз в неделю устраивать себе один разгрузочный день. На протяжении этого дня нужно выпить около 1,5 л кефира с низкой жирностью или биокефира, а также съесть около 500 г яблок.

Естественно, для того чтобы устраивать подобные «кефирные» дни и улучшить с помощью этого продукта здоровье, а не наоборот ухудшить его, необходимо быть полностью уверенным в высоком качестве потребляемой кисломолочной продукции. Именно поэтому многие в своих отзывах пишут и говорят о том, что остановили свой выбор на уже упомянутом выше кефире и биокефире «Белая линия» жирностью 1%.

Благодаря высокому качеству и свежести молока, высокотехнологичному и современному производству, а также жесткому контролю качества всей продукции можно не сомневаться в исключительной пользе этих продуктов для здоровья и иммунитета. Кстати, в начале 2015 года вся продукция «Белой линии» была проверена в специализированных лабораториях  Европы и одной из первых в Украине получила знак контроля качества и безопасности национальной компании телеканала СТБ «Добрый знак».

Диетолог рассказала о пользе кефира и кому его пить не стоит

Доктор медицинских наук, диетолог и фитотерапевт Марият Мухина ответила Роскачеству на вопросы о пользе кефира и кому его пить не стоит.

Почему кефир полезен?

Кефир – традиционный продукт нашего рациона и мощный стимулятор пищеварения. Самое главное полезное свойство кисломолочного напитка – то, что в нем содержатся полезные молочнокислые бактерии. Кислая рH-среда и молочнокислые бактерии (лактокультуры пребиотиков, очень схожие с естественной микрофлорой кишечника) помогают хорошо усваиваться не только самому кефиру, но и другой пище.

Кефир является кисломолочным продуктом, а значит, в его составе есть бактерии, схожие с теми, которые обитают в микрофлоре человеческого кишечника.

Кефир благотворно влияет на работу сердечно-сосудистой и нервной систем, к тому же это источник кальция, белка. Белки молока именно в кефире усваиваются организмом очень легко. При этом кефир – низкокалорийный продукт.

Кефир полезен всем?

Есть люди, которым кефир противопоказан. В первую очередь это те, у кого повышена кислотность желудочного сока. Кефир запрещен при язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, а также при гиперацидном гастрите или панкреатите.

Кефир противопоказан детям до семи месяцев. Вообще, детям кефир можно давать только с года и не более 100 мл в день, потому что кефир раздражает слизистую и у малыша даже может вызвать кровотечение.

Можно ли пить кефир при гастрите?

При гастрите с пониженной кислотностью можно любые молочные продукты, кроме очень жирных. В число разрешенных входят кефир, йогурт, простокваша, свежий творог и творожные блюда. При гастрите с повышенной кислотностью от любых кислых блюд следует отказаться.Но при этом можно некислый кефир.  Если у вас хронический гастрит, то при обострении хронической патологии от напитка нужно отказаться совсем. Вне стадии обострения кефир употреблять можно.

Обезжиренный кефир полезнее обычного?

Лучше все-таки выбирать кефир с жирностью 3,2 %. Обезжиренный кефир не содержит жиров, и жирорастворимые витамины, например витамин D, при отсутствии молекул жира не усваиваются. А тот же витамин D необходим для усвоения кальция. Человеку, который снижает вес, рекомендован 1-процентный кефир.

Чем биокефир отличается от обычного?

Кроме обычных молочнокислых бактерий, биокефир содержит бифидобактерии в огромном количестве – 10 миллионов бактерий в одном грамме продукта. По сравнению с обычным, биокефир – более активный продукт. Он гораздо эффективнее и быстрее очищает наш кишечник от шлаков и токсинов.

Можно ли пить кефир при поносе?

Можно, но не сразу, а лишь через 2-3 дня после начала болезни. В первые дни слизистая уязвима, кислый напиток будет еще сильнее раздражать ее. Пить кефир можно, только если нет рвоты и высокой температуры.

Что лучше пить на ночь — кефир или молоко?

Лучше кефир. Чтобы молоко усвоилось, его следует пить не менее чем за два часа до сна. А кефир, благодаря бактериям, хорошо усваивается, и его можно выпить непосредственно перед сном.

Кефир лучше молока?

Кефир как напиток полезнее молока именно для взрослых людей, так как кисломолочные бактерии не только активизируют перистальтику кишечника и подавляют патогенные микроорганизмы, не давая происходить брожению и гниению, но и помогают переварить казеин (белок коровьего молока), способствуют усвоению витаминов, кальция и железа.

Сколько кефира можно пить в день?

Для взрослого человека норма потребления кефира – 200–400 мл в сутки, не более. Для того, кто на диете, лучше ограничиться одним стаканом в день. Кефир лучше пить без сахара. Но этот напиток, кстати, хорошо сочетается с медом – одна чайная ложка на стакан. 

Кефир вызывает депрессию?

Это очередное заблуждение. Кефир содержит аминокислоту триптофан, которая является источником гормона радости – серотонина. Когда мы пьем кефир, у нас в организме лучше синтезируются гормоны радости. Никакой депрессии.

Можно ли кефир при грудном вскармливании?

Кормящая мама может пить кефир, он гораздо предпочтительней и безопасней соков, сладкой газированной воды, сладких напитков. Но в день не стоит выпивать больше 2-3 стаканов. Конечно, бывают редкие исключения, у малыша может возникнуть реакция (признаки аллергии, вздутие животика). Чтобы убедиться, что виноват именно кефир, откажитесь от этого продукта на неделю и посмотрите, как реагирует грудной ребенок.

Можно ли беременным кефир?

Да, если ваш лечащий врач не нашел у вас противопоказаний. Во время беременности можно, по согласованию с вашим врачом устраивать разгрузочные дни. Одним из них может стать кисломолочный день. В течение дня можно пить кефир или ряженку, но не более 1,5 литра за день, и съесть 600 грамм нежирного творога, пищу лучше разделить на шесть приемов. 

Похудание на кефире: правда или миф?

Вообще кефир – прекрасный диетический продукт. Только нельзя его использовать в качестве монодиеты. В грамотно составленном рационе при похудении должны быть и вода, и соки, и бульон, и чаи травяные. На долю кефира при похудении должно приходиться не более 250 г – то есть, один стакан в день, не больше.

Конечно, лучше всего выпить выпить стакан кефира на ночь, перед сном. Но если вы предпочитаете с утра, то можно разнообразить напиток. Утром можно добавить в напиток ложку какао (без сахара). Нельзя при похудении подслащивать кефир. Не пойдет на пользу кефир с добавлением сахара и фруктов.

Можно ли похудеть на кефире?

Только на одном кефире похудеть вряд ли получится. Если вы устраиваете кефирный день и не ограничиваете себя, то за сутки легко выпьете 2–3 литра кефира. Кефир не утоляет голод. Наоборот, кислый продукт стимулирует секрецию, и сколько бы вы ни выпили, очень хочется есть. Общая калорийность получается высокой –  представьте, что вместо 2-3 литров кефира за день бы вы съели 2–3  шоколадки. Чтобы снизить объем кефира и при этом немного насытиться, попробуйте смешивать кефир с зеленью, свежими огурчиками.

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter

Кефир кисломолочный и кефиран способствуют росту Bifidobacterium bifidum PRL2010 и модулируют экспрессию его гена

https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2014.02.024Get rights and content проявляет высокие показатели роста при культивировании на кефире и/или кефирановом полимере.

Abstract

Бифидобактерии составляют одну из доминирующих групп микроорганизмов, колонизирующих кишечник младенцев.Их способность использовать различные гликаны хозяина, а также пищевые углеводы привлекла значительное внимание ученых. Однако очень мало известно о роли ферментированных пищевых продуктов, таких как кефир, или составляющих их гликанов, таких как кефиран, в качестве субстратов для роста бифидобактерий и модуляции экспрессии бифидобактериальных молекул-хозяев-эффекторов. Здесь мы показываем, что Bifidobacterium bifidum PRL2010 демонстрирует высокие показатели роста среди протестированных штаммов бифидобактерий при культивировании на кефире и/или кефирановом полимере.Кроме того, метагеномный подход 16S рРНК показал, что микробиота кефира изменяется при добавлении клеток PRL2010 в матрицу кефира. Наконец, наши результаты показывают, что кефир и кефиран способны влиять на транскриптом B . bifidum PRL2010, вызывая повышенную транскрипцию генов, участвующих в метаболизме пищевых гликанов, а также генов, которые действуют как эффекторные молекулы хозяин-микроб, такие как пили. В целом эти данные подтверждают использование кефира в качестве ценного средства для доставки эффективных микробных клеток в пробиотической терапии.

  • предыдущих Статья в выпуске
  • Следующие Статья в Выпуске

Ключевые слова

Ключевые слова

ключевых слов

Bifidobacteria

Bifidobacterium Bifidum

Kefir

Kefiran

Transcrimsomics

16S RRNA METAGENOMICS

Рекомендуемые статьи RRNA ( 0)

Просмотреть полный текст

Copyright © 2014 Elsevier BV Все права защищены.

Рекомендуемые статьи

Цитирующие статьи

Метрики статей

Frontiers | Метагеномика дробовика экосистемы ферментации водного кефира выявляет новый вид Oenococcus

Введение

Водный кефир — фруктовый, кислый, слабоалкогольный и газированный ферментированный напиток, получаемый путем добавления зерен водного кефира в раствор сахарозы, содержащего сушеный инжир, и оставления смеси для брожения в течение 2–4 дней при комнатной температуре (De Roos and De Вюйст, 2018). Поскольку ферментация водного кефира обычно проводится в домашних условиях, условия варьируются между ферментациями. Большинство людей ферментируют водный кефир при температуре 21–25 °C в течение 24–72 часов, используя от 6 до 10 % сахарозы и 6–31 % водяных кефирных зерен (Gulitz et al., 2011, 2013; Marsh et al., 2013; Laureys). и De Vuyst, 2014, 2017; Laureys et al., 2018). Полисахаридные зерна кефира содержат бактерии и дрожжи, а часть кефирных зерен повторно используется после просеивания партии водного кефира, что представляет собой процесс обратного наклона (Laureys and De Vuyst, 2014, 2017).Эти микроорганизмы осуществляют ферментацию сахарозы с образованием экзополисахаридов, необходимых для роста кефирных зерен, а также молочную кислоту, уксусную кислоту, этанол, углекислый газ и ароматические соединения, придающие водному кефиру вкус и консистенцию.

Микробиота кефирного грибка состоит из молочнокислых бактерий (МКБ), в основном видов Lactobacillus , таких как Lactobacillus casei/paracasei, Lactobacillus hilgardii и Lactobacillus ngelii , а также дрожжей, иногда Saccharomyces 60 ceromyces , в частности Bifidobacterium aquikefiri , и в меньшей степени также уксуснокислые бактерии, например Acetobacter fabarum , последние особенно при длительной ферментации или ферментации в присутствии кислорода (Magalhães et al. , 2010; Гулиц и др., 2011, 2013; Марш и др., 2013; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017; Занирати и др., 2015 г.; Лорейс и др., 2016, 2018). В целом водные кефирные грибки напоминают молочные кефирные грибки, которые также представляют собой консорциумы тех же основных групп микроорганизмов в полисахаридной матрице (De Roos and De Vuyst, 2018). Однако молочные кефирные грибки могут содержать виды, которые редко или вовсе не встречаются в водном кефире, такие как Lactobacillus kefiranofaciens , который отвечает за биосинтез гетерополисахарида кефирана, основного компонента молочных кефирных грибков (Prado et al., 2015). Напротив, основным компонентом водных кефирных грибков является гомополисахарид, декстран, продуцируемый штаммом L. hilgardii (Pidoux, 1989; Waldherr et al., 2010; Laureys and De Vuyst, 2017).

Предыдущие исследования видового разнообразия микробов в кефирных грибках основывались на культурально-зависимых и независимых методах, последний из которых включал секвенирование ампликонов областей V1–V4 и V4–V5 гена 16S рРНК с использованием метагеномной ДНК (Gulitz и др. , 2013; Марш и др.., 2013). Эти исследования метабаркодирования показали существование неидентифицированного вида Bifidobacterium , который позже был идентифицирован как B. aquikefiri (Gulitz et al., 2013; Laureys et al., 2016), и преобладание вида Zymomonas . виды в некоторых водных кефирах (Marsh et al., 2013). Однако высокопроизводительному секвенированию ампликонов часто не хватает точности на уровне видов, особенно по сравнению с метагеномным секвенированием дробовиком (Ranjan et al., 2016). Метагеномное секвенирование дробовиком становится свидетелем более широкого использования для раскрытия состава микробных экосистем, участвующих в ферментации пищевых продуктов.До сих пор он использовался для исследования процессов спонтанной ферментации кимчи (Jung et al., 2011), какао (Illeghems et al., 2012), чая пуэр (Lyu et al., 2013; Li et al., 2018). ), вина (Sternes et al., 2017), колбасы (Ferrocino et al., 2018) и пива (Smukowski Heil et al., 2018), а также состава экосистем различных сыров (Wolfe et al. , 2014; Dugat-Bony et al., 2015; Escobar-Zepeda et al., 2016; Duru et al., 2018), молочные кефиры (Nalbantoglu et al., 2014; Walsh et al., 2016, 2018), увядший виноград Corvina (Salvetti et al., 2016), закваска индийского рисового вина (Bora et al., 2016), злаковый уксус (Wu et al., 2017) и ферментированный молочный напиток nunu (Уолш и др., 2017). В отличие от секвенирования ампликонов, данные метагеномного секвенирования дробовика могут быть дополнительно использованы для вывода о потенциальных метаболических функциях, кодируемых геномами членов изучаемой экосистемы, посредством сборки ридов метагеномной последовательности с последующим прогнозированием генов (De Filippo et al., 2012; Prakash and Taylor, 2012), которые применялись в случаях ферментации какао-бобов (Illeghems et al., 2015), мексиканского созревшего сыра (Escobar-Zepeda et al., 2016), зернового уксуса (Wu et al., 2017). ), ферментация колбасы (Ferrocino et al., 2018) и ферментация чая пуэр (Li et al., 2018). Наконец, метод метагеномного секвенирования образцов ферментированных пищевых продуктов позволяет обнаружить целые геномы микроорганизмов, которые ранее не культивировались (Duru et al. , 2018; Smukowski Heil et al., 2018).

Цель этого исследования состояла в том, чтобы подробно изучить экосистему ферментации водного кефира с помощью метагеномного секвенирования дробовика с использованием водного кефирного раствора и водяных кефирных зерен в два разных момента времени в процессе ферментации, чтобы проверить, все ли микробные группы и/или присутствующие виды были обнаружены путем культивирования до и для оценки изменений этих микробных сообществ с течением времени. Четыре набора данных метагеномной последовательности дробовика использовались не только для более глубокого понимания видового состава микробов водной кефирной экосистемы, но и для поиска ее еще не открытого функционального потенциала и, наконец, для привязки потенциальных функций к каждому члену экосистемы.

Материалы и методы

Вода для ферментации кефира и отбор проб

Эксперимент по ферментации водного кефира, который был начат с помощью кефирных зерен, полученных от частного лица из Локерена, Бельгия, и который ранее был оценен с точки зрения его микробиологии и метаболомики, как описано ранее (Laureys and De Vuyst, 2017), был отобран для метагеномный анализ в настоящем исследовании. Вкратце, среда имитации водного кефира, содержащая нерафинированный тростниковый сахар (7.1%, масс./об.) и экстракт инжира (17,6%, об./об.) использовали для ферментации водного кефира. Их проводили в стеклянных бутылях емкостью 100 мл, содержащих 85 мл среды для имитации водного кефира и 15 г водно-кефирных грибков, при 21°C в течение 192 часов. В каждый момент времени ферментации извлекали три бутылки, водный кефир просеивали, а кефирные зерна промывали стерильным физиологическим раствором (0,85% масс./об., NaCl; Merck, Дармштадт, Германия) и хранили при -20°С. С. Жидкости центрифугировали (7200 × г , 20 мин, 4°С) и полученные клеточные осадки также хранили при -20°С.Временные точки 24 и 72 часа были выбраны для метагеномного анализа на основе результатов предыдущих исследований этих процессов ферментации водного кефира (Laureys and De Vuyst, 2017).

Экстракция метагеномной ДНК

Метагеномная ДНК была извлечена как из гранул водного кефирного раствора, так и из кефирных грибков упомянутых выше образцов, что привело к четырем метагеномам. Гранулы из 40 мл водно-кефирной жидкости или 2,2 г водно-кефирных грибков (в 11 аликвотах по 0,2 г из-за большого объема водно-кефирных грибков) использовали в качестве исходного материала для протокола выделения ДНК, который проводили в пробирках.Фактическую экстракцию ДНК проводили на основе метода, сочетающего ферментативный, химический и механический лизис клеток с последующей экстракцией фенолом/хлороформом/изоамиловым спиртом и колоночной очисткой ДНК, как описано ранее (Vermote et al., 2018). Однако этапы лизиса клеток также включали удаление полисахаридов, которое проводили после обработки протеиназой К и перед экстракцией ДНК хлороформом/фенолом/изоамиловым спиртом путем добавления 100 мкл 5 М NaCl (Merck), инкубируя суспензию при 65°C в течение 2 мин, добавляя 80 мкл 10% (масс./об.) бромида гексадецилтриметиламмония (Calbiochem, Сан-Диего, Калифорния, США) и инкубируя при 65°C в течение 10 мин.Кроме того, в случае водных кефирных грибков водные фазы, полученные после экстракции хлороформом/фенолом/изоамиловым спиртом из 11 аликвот, объединяли и использовали для очистки ДНК.

Подготовка библиотек, дробовое метагеномное секвенирование и предварительная обработка данных

Все материалы и аппаратура были получены от Thermo Fisher Scientific (Уилмингтон, Делавэр, США), если не указано иное. После оптимизации времени сдвига (7, 11 или 15 минут) метагеномную ДНК подвергали ферментативному срезу для получения фрагментов библиотеки желаемой длины с использованием набора Ion Xpress Plus Fragment Library Kit со 100 нг ДНК в качестве входных данных и применением оптимального время стрижки.Разрезанную ДНК очищали с использованием набора Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter, Бреа, Калифорния, США) с последующим лигированием адаптера и восстановлением разрывов, а также очисткой лигированной адаптером ДНК с использованием набора Agencourt AMPure XP. Неамплифицированную библиотеку отбирали по размеру с использованием 2% агарозного геля E-Gel SizeSelect для получения фрагментов библиотеки размером приблизительно 330 п.н. Библиотека выбранного размера была квалифицирована с использованием Bioanalyzer 2100 с набором Agilent High Sensitivity DNA Kit и количественно определена с использованием набора Ion Library Quantitation Kit на основе количественной ПЦР. Таким образом, для секвенирования были подготовлены четыре библиотеки чтения по 200 оснований, далее обозначаемые как L24, G24, L72 и G72, где L и G обозначают тип исходного материала, т. е. гранулы водного кефирного раствора и водные кефирные зерна. соответственно, а арабские цифры обозначают момент времени после 24 или 72 часов водного кефирного брожения.

Библиотека выбранного размера использовалась в качестве шаблона для эмульсионной ПЦР на частицах Ion Sphere (ISP) с использованием набора шаблонов Ion PGM OT2 400 и прибора Ion OneTouch 2.Положительные по шаблону ISP были обогащены с использованием шариков обогащения Ion PGM и Ion OneTouch ES. Положительные по шаблону ISP были загружены на чип Ion 316, и секвенирование было выполнено с использованием набора для секвенирования Ion Hi-Q на Ion PGM.

Данные метагеномной последовательности были подвергнуты проверке качества и корректировке качества с использованием FastQC v0.10.1 (Andrews, 2010) и PRINSEQ 0.20.2 (Schmieder and Edwards, 2011). Все четыре набора метагеномных данных были отправлены в Европейский архив нуклеотидов Европейского института биоинформатики (ENA/EBI) и доступны под регистрационным номером исследования PRJEB21603.

Таксономический анализ данных метагеномной последовательности

Таксономический анализ с использованием считываний всех метагеномных последовательностей

Метагеномные последовательности проверенного качества использовались для оценки таксономического состава образцов ферментации водного кефира с использованием различных инструментов профилирования таксономии, а именно BLAST (Altschul et al., 1990), Kraken (Wood and Salzberg, 2014) и Kaiju. (Менцель и др., 2016).

Алгоритм BLASTn был использован для сопоставления прочтений метагеномной последовательности с последовательностями в базе данных неизбыточных нуклеотидов (нт) Национального центра биотехнологической информации (NCBI, Бетесда, Массачусетс, США) и в специальной базе данных, состоящей из последовательностей геномов бактерий, архей и грибов, полученных из RefSeq (NCBI; Tatusova et al. , 2014). Алгоритм BLAST blastx использовали для сопоставления прочтений метагеномной последовательности с последовательностями в базе данных неизбыточных белков (nr) NCBI. Выходные данные BLAST были проанализированы с помощью MEGAN 5.7.0 (Huson et al., 2011) с использованием следующих параметров: MinScore, 100; максимальное ожидаемое, 0,01; Верхний процент, 10,0; МинПоддержка, 150; и процент LCA [т. е. алгоритм наивного наименьшего общего предка (LCA)], 100. Вывод MEGAN был дополнительно обработан с помощью R (R Core Team, 2017) в RStudio (RStudio Team, 2015) с использованием пакетов biom (McMurdie и The Biom-Format Team, 2014 г.), RJSONIO (Temple Lang, 2014 г.), reshape2 (Wickham, 2007 г.), ggplot2 (Wickham, 2009 г.) и RColorBrewer (Neuwirth, 2014 г.).

Созданная на заказ база данных, состоящая из архейных, бактериальных и грибковых геномных сборок из типового материала из базы данных NCBI Assembly, была создана и использована для классификации последовательностей с помощью Kraken. База данных, состоящая из последовательностей бактериальных и микробных эукариотических белков из nr, использовалась для классификации последовательностей с помощью Kaiju.

Таксономический анализ на основе ДНК-маркерных генов

MetaPhlAn2 использовали для оценки состава микробных сообществ во время ферментации водного кефира на основе сравнения прочтений метагеномной последовательности с базой данных, состоящей из уникальных маркерных генов, специфичных для ветвей (Truong et al., 2015).

Кроме того, фрагменты гена 16S рРНК бактерий и архей были извлечены из наборов метагеномных данных с помощью rRNASelector (Lee et al., 2011), а фрагменты последовательностей внутренних транскрибируемых спейсерных последовательностей ITS1 и ITS2 были извлечены с помощью ITSx 1.0.11 (Bengtsson -Palme et al., 2013), с использованием моделей грибов, животных, оомицетов и высших растений. Предыдущие чтения были объединены в бины с использованием классификатора RDP (Wang et al., 2007), который был предварительно обучен с помощью обучающего набора No. 14, тогда как последние были приведены в соответствие с базой данных nt с помощью blastn. Результаты обоих методов анализировались с помощью MEGAN 5.7.0 со следующими настройками: MinScore, 80; максимальное ожидаемое, 0,01; Верхний процент, 100; и MinSupport, 10 для выходных данных классификатора RDP; и MinScore, 100; максимальное ожидаемое, 0,01; Верхний процент, 10; и MinSupport, 10 для вывода BLAST.

Таксономический анализ на основе метагеномного рекрутмента

Для построения графиков метагеномного пополнения для таксономического анализа на уровне видов роды представлены более чем 0.Был выбран 1% всех прочтений в любом из четырех метагеномов с помощью любого используемого метода на основе BLAST. Геномные последовательности штаммов секвенированного типа были получены из всех видов и подвидов этих родов из базы данных сборки NCBI RefSeq. Выбирали другой репрезентативный штамм, предпочтительно с полным геномом, если последовательность генома типового штамма вида была недоступна. Список сборок генома представлен в дополнительной таблице S1. Поиск BLAST выполняли с использованием blastn, используя чтения метагеномной последовательности в качестве последовательностей запроса и собранные последовательности генома в качестве базы данных.Минимальный порог идентичности был установлен на уровне 60%. Для каждой последовательности сохранялось только самое удачное совпадение, используя 60% в качестве минимального порога покрытия запроса. Результат был использован в качестве основы для построения графика метагеномного набора с использованием R, RStudio и пакетов R ggplot2, reshape2 и Scales (Wickham, 2016).

Общий таксономический анализ, основанный на инструментах, использующих считывание всех метагеномных последовательностей и построение метагеномного рекрутмента

Результаты биоинформатического анализа с использованием BLAST, Kraken, Kaiju и построения графика метагеномного набора были извлечены «за чтение».Каждое чтение было назначено таксону с помощью используемых инструментов в следующем порядке приоритета: Kaiju, Kraken, blastn по сравнению с nt, blastn по сравнению с RefSeq и blastx по сравнению с nr. Идентификации на уровне рода из прочтений, которые принадлежали к рангам «подвид», «вид» и «группа видов», были извлечены из названия таксона и добавлены к идентификациям на уровне рода. Прочтения из других рангов были объединены в категорию «выше рода». Категории, на которые приходится менее 0,5% всех прочтений, были объединены в категорию «меньшинства.По результатам комплексного таксономического анализа оценены временные сдвиги в микробных сообществах водно-кефирной жидкости и водно-кефирных грибков.

Сборка чтения метагеномной последовательности, бинирование метагеномных контигов и функциональный анализ

Сборка прочтений метагеномной последовательности в контиги выполнялась для четырех метагеномов отдельно, а также для комбинированного набора данных, включающего все прочтения метагеномной последовательности четырех наборов данных (ко-сборка), с использованием ассемблера MEGAHIT (Li et al., 2015) с предустановленным параметром «метачувствительный». Сохранялись только контиги длиной более 1000 п. н. Статистические данные сборки, включая общий размер сборки (т. е. сумму длин контигов), количество контигов, самую длинную длину контигов, среднюю длину контигов, медианную длину контигов и значение N50, были рассчитаны с использованием внутреннего Скрипт Python. Собранные метагеномные контиги были аннотированы Prokka (Seemann, 2014). Аннотации Prokka послужили основой для целенаправленного поиска релевантных метаболических путей.Чтобы облегчить поиск углевод-активных ферментов, предсказанные продукты кодирующих последовательностей, обнаруженных в контигах, были проверены с помощью HMMER 3.1b1 с использованием базы данных dbCAN (Yin et al., 2012) и с использованием CAZy (Lombard et al., 2014). и CAZypedia, энциклопедия углевод-активных ферментов, в качестве ссылок. Признаки, обнаруженные при изучении контигов, были отнесены к соответствующим таксонам путем бинирования метагеномных контигов с помощью CONCOCT (Alneberg et al., 2014) и картирования контигов или фрагментов контигов, полученных во время биннинга, с помощью BWA-MEM (Li, 2013). ) к геномным сборкам видов, обнаруженным при таксономическом анализе.Качество полученных бинов оценивали с помощью CheckM (Parks et al., 2015).

Таксономическая характеристика нового вида

Oenococcus

Было дополнительно охарактеризовано таксономическое положение нового вида Oenococcus , обнаруженного с помощью таксономического анализа метагеномов. Во-первых, контиги, которые были отнесены BWA-MEM к видам, отличным от Oenococcus Alcoholitolerans, Oenococcus kitaharae и Oenococcus oeni , но которые были сгруппированы в метагеномных корзинах Oenococcus с помощью CONCOCT, были отброшены, за исключением случаев, когда они проявляли сходство с любыми другими видами. последовательность, относящаяся к роду Oenococcus в базе данных NCBI nt с использованием алгоритма blastn.Затем контиги, несущие гены рРНК, родственные Oenococcus , были добавлены в соответствующие ячейки. Эти геномы, собранные в метагеноме (MAG), были повторно аннотированы с помощью Prokka, и статистика их сборки была рассчитана, как описано выше. Основываясь на статистике сборки, Oenococcus MAG, полученный из набора метагеномных данных L24, еще раз подвергли оценке с помощью CheckM и сохранили для дальнейших анализов. Он был загружен в ENA/EBI и доступен под регистрационным номером исследования PRJEB29525.Белковые последовательности, полученные из этого MAG, а также белковые последовательности из геномов 17 штаммов O. oeni , двух штаммов O. kitaharae , одного штамма O. Alcoholitolerans и Lactococcus garvieae ATCC 49156. , последний из которых служит внешней группой, использовались в анализе с помощью OrthoFinder 1.1.10 с использованием DIAMOND в качестве инструмента выравнивания (Buchfink et al., 2015; Emms and Kelly, 2015). Полученный набор из 326 последовательностей коровых белков с одной копией был подвергнут множественному выравниванию последовательностей с использованием MUSCLE (Edgar, 2004).После обрезки выравниваний с помощью trimAl (Capella-Gutierrez et al., 2009) без пропусков и объединения выравниваний с использованием внутреннего скрипта Python с помощью FastTree было построено корневое филогенетическое дерево (Price et al. , 2010). Кроме того, средняя идентичность нуклеотидов (ANI) используемых сборок генома была рассчитана с помощью инструмента OrthoANIu (Yoon et al., 2017) с последующей визуализацией с использованием FigTree и пакета R ggtree (R Core Team, 2017; Yu et al. , 2017).

Результаты

Метагеномное секвенирование

Успешное секвенирование четырех метагеномных библиотек, полученных в результате процесса ферментации водного кефира [два образца ликвора (L) и два образца зерна (G)], полученные в зависимости от времени (через 24 и 72 часа ферментации), привело к четыре набора данных с качественной обрезкой с общим размером приблизительно 1.86 Гбит/с и с длиной чтения от 20 до 260 п.н. (табл. 1).

Таблица 1. Статистика четырех наборов метагеномных данных, полученных после качественной обрезки образцов процесса ферментации водного кефира в зависимости от времени.

Таксономический анализ метагеномов водного кефира

Таксономический анализ с использованием считываний всех метагеномных последовательностей

Применение различных методов профилирования таксономии для оценки микробного состава образцов ферментации водного кефира привело к немного различающимся таксонам и разным процентам назначенных им прочтений (рис. 1).Наибольшее количество прочтений метагеномной последовательности было отнесено к конкретным таксонам с использованием Kaiju (более 50% всех прочтений), тогда как наименьшее количество прочтений было присвоено с использованием blastx по сравнению с nr. К роду Lactobacillus было отнесено до 27,2% всех прочтений, а к родам Bifidobacterium и Oenococcus — до 13,5 и 11,0% всех прочтений соответственно. Род Pediococcus оказался в меньшинстве во всех случаях, за исключением образца L72 с использованием бластна в сравнении с RefSeq (0.55% всех прочтений). Cellulosimicrobium был обнаружен в образцах G24 и G72, хотя и со значительно меньшим числом прочтений в последнем (до 1,3 и 0,01% всех прочтений соответственно). Среди дрожжей Saccharomyces и Dekkera обнаружены всеми методами, кроме Kraken, который не выявил Dekkera .

Рисунок 1. Процент прочтений метагеномной последовательности из метагеномов ферментации водного кефира, отнесенных к разным родам с использованием BLAST [база данных нуклеотидов NCBI (nt), RefSeq или база данных белков NCBI (nr)], Kraken, Kaiju, построение метагеномного набора (MGRec) ) или общий таксономический анализ (ALL). Актинобактерии окрашены в оттенки красного/оранжевого, Firmicutes – в оттенки синего, а дрожжи – в оттенки зеленого. В категорию «меньшинства» включены все роды, представленные менее чем на 0,5% всех прочтений. Категория «выше рода» представляет все присвоенные таксономические уровни выше уровня рода.

Таксономический анализ на основе ДНК-маркерных генов

MetaPhlAn2 подсчитал, что более половины микробных сообществ было представлено видами рода Lactobacillus , за которыми следуют Saccharomyces (относительная численность ок.25%) и Oenococcus (относительная численность менее 10%; рис. 2А). MetaPhlAn2 не обнаружил Dekkera , но предсказал присутствие Naumovozyma и неклассифицированного Debaryomycetaceae .

Рисунок 2. (A) Структура микробного сообщества образцов ферментации водного кефира, оцененная с использованием MetaPhlAn2, выраженная в виде относительной численности идентифицированных микроорганизмов. (B) Процент прочтений метагеномной последовательности, классифицированных в таксон в метагеномах ферментации водного кефира на основе прочтений метагеномной последовательности, связанной с геном рРНК, классифицированных с помощью классификатора RDP. (C) Процент прочтений метагеномных последовательностей, классифицированных по таксонам в метагеномах водного кефирного брожения на основе прочтений из областей внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS), классифицированных с помощью blastn по сравнению с nt. В категорию «меньшинства» входят роды с относительной численностью менее 0,5%. Категории «выше рода» и «выше вида» представляют все таксономические уровни, присвоенные выше, чем уровень рода или уровень вида, соответственно.

прочтений, связанных с геном 16S рРНК, которые были извлечены из метагеномов с помощью rRNASelector и классифицированы с помощью классификатора RDP (рис. 2B), показали присутствие Lactobacillus, Oenococcus и Bifidobacterium в четырех образцах ферментации, а также Cellulosimicrobium и Pediococcus в некоторых из них. Точно так же присутствие S. cerevisiae и D. bruxellensis было подтверждено считываниями, связанными с ITS1 и ITS2, извлеченными из метагеномов с помощью ITSx и сопоставленными с базой данных nt (рис. 2C).

Таксономический анализ на основе метагеномного рекрутмента

Для оценки микробного состава водной кефирной экосистемы на уровне видов с помощью построения метагеномного рекрутинга считывания метагеномных последовательностей были сопоставлены с заказной базой данных, состоящей из геномных последовательностей всех типовых штаммов тех родов, которые были представлены более чем 0 .1% всех прочтений в любом из четырех метагеномов с помощью любого из трех примененных методов на основе BLAST, а именно Bacillus, Bifidobacterium, Cellulomonas, Cellulosimicrobium, Isoptericola, Lactobacillus, Leuconostoc, Oenococcus, Pediococcus, Sanguibacter, Dekkera и Saccharomyces .

Для наборов данных L24, G24, L72 и G72 87,2, 90,4, 88,4 и 88,1% прочтений метагеномной последовательности были рекрутированы конкатенированными последовательностями генома соответственно (таблица 2). Геномы Lactobacillus набрали примерно 25% всех прочтений в четырех образцах.Поскольку они набирали риды по всей их длине и идентичность, близкую к 100%, считалось, что присутствуют Lactobacillus harbinensis, L. hilgardii, L. nagelii и L. paracasei (рис. 3). Распространение рекрутированных прочтений с идентичностью от 80 до 90% по всей длине последовательностей генома Lactobacillus hordei и Lactobacillus mali указывает на присутствие в образцах по крайней мере одного вида, который был очень похож на L. hordei и л.мали (рис. 3). С учетом почти всех прочтений, рекрутированных геномами Bifidobacterium , геном B. aquikefiri рекрутировал от 17,4 до 34,8% всех прочтений и считался присутствующим (рис. 3). Распространение рекрутированных прочтений с идентичностью в основном от 70 до 85% по геномным последовательностям всех трех известных видов Oenococcus , а именно O. Alcoholitolerans, O. kitaharae и O. oeni , указывало на присутствие новый вид Oenococcus , который далее упоминается как Candidatus Oenococcus aquikefiri (рис. 3).Род Cellulosimicrobium был обнаружен в относительной численности выше 0,5% всех прочтений только в образце G24 (рис. 3). Кроме того, 0,02% всех прочтений последовательностей из образца G72 были рекрутированы этим родом с высокой идентичностью. Среди двух родов грибов считалось, что присутствуют только S. cerevisiae и D. bruxellensis , хотя большие части генома Saccharomyces pastorianus также рекрутировали считывания со 100% идентичностью. Поскольку их геномные последовательности не рекрутировали очень идентичных прочтений по всей их длине, L.casei, L. kefiranofaciens, Lactobacillus kefiri, Lactobacillus parakefiri и виды Bacillus, Cellulomonas, Isoptericola, Pediococcus и Sanguibacter считались отсутствующими.

Таблица 2. Процент всех прочтений заданного набора данных метагеномной последовательности, представляющих образцы ферментации водного кефира (L, жидкость; G, зерна) после 24 и 72 часов ферментации, согласно набору упомянутого рода.

Рис. 3. Графики метагеномного пополнения видов или родов, обнаруженных в образцах ферментации водного кефира. Каждая точка представляет собой бин метагеномной последовательности, прочитанной из набора данных L24 (образец водного кефирного раствора после 24-часового брожения), набранного эталонным геномом. Набор данных L24 является репрезентативным для всех таксонов, за исключением Cellulosimicobium spp., для которого показано пополнение ридов из набора данных G24 (образец кефирных грибков после 24 ч ферментации). Ось x представляет собой длину эталонного генома или нескольких эталонных геномов в случае Oenococcus spp.( Oenococcus Alcoholitolerans, Oenococcus kitaharae, Oenococcus oeni ) и Cellulosimicrobium spp. ( Cellulosimicrobium aquatile, Cellulosimicrobium cellulans и Cellulosimicrobium funkei ). Ось y представляет собой идентичность метагеномных прочтений эталонным последовательностям. Цвет представляет количество чтений в ячейке, нормализованное к количеству чтений в самой большой ячейке.

Временные сдвиги микробных сообществ в водно-кефирной жидкости и на водно-кефирных грибках

Основываясь на проценте прочтений метагеномной последовательности, назначенных по крайней мере одним инструментом, в водном кефирном растворе с течением времени произошли некоторые сдвиги в микробных сообществах на уровне рода.Процент прочтений, отнесенных к роду, больше всего изменился на кефирных грибках, в частности в случае Bifidobacterium с явным увеличением с 17,8 до 25,4%, а в случае Saccharomyces с явным снижением с 23,3 до 16,4%. Последняя также уменьшилась в водно-кефирном растворе (19,3–13,9%). Процент прочтений, присвоенный Lactobacillus и Oenococcus , оставался относительно стабильным. Для первого рода оно составляло около 25% в кефирных грибках и 27% в водном кефирном растворе, тогда как для последнего рода оно составляло около 6% в водяных кефирных грибках и 12% в водном кефирном растворе. Процент считываний, присвоенный Dekkera , несколько увеличился на водно-кефирной массе (с 3,9 до 5,4%) и уменьшился на водно-кефирных грибках (с 2,4 до 1,7%).

Метагеномная сборка и функциональный анализ

Сборка считывания метагеномной последовательности и объединение контигов

Прочтения метагеномной последовательности четырех наборов данных, а также комбинированный набор данных были собраны в контиги, чтобы сделать возможным предсказание и аннотирование генов de novo .Размеры сборок варьировались от 24 до 39 Мбит/с (табл. 3). Контиги пяти сборок были объединены в 37 ячеек с помощью CONCOCT. На основании BWA-MEM сопоставления контигов с эталонными геномами почти все ячейки были связаны по крайней мере с одним из микробных видов, оставляя только три ячейки размером до 27 т.п.н., которые не могли быть связаны ни с одним из присутствующих видов. На основании CheckM для большинства видов бактерий, по крайней мере, в одной из сборок был обнаружен бин, содержащий контиги, формирующие метагеномно-сборочный геном с полнотой более 50% и контаминацией менее 10%. Большинство собранных и аннотированных последовательностей генов 16S и 23S рРНК не входили в состав основных бинов соответствующих бактерий, за исключением случая Candidatus O. aquikefiri в сборке G24. Метагеномные бины, присвоенные Oenococcus , были очищены, и соответствующие контиги, содержащие ген рРНК, были добавлены для получения MAG (таблица 4), хотя чистый бин Candidatus O. aquikefiri не был получен из сборки L72. Лучшим МАГ по сборочной статистике оказался МАГ из сборки L24, показавший полноту и загрязненность 97.86 и 0,18% соответственно.

Таблица 3. Статистика сборки считываний метагеномной последовательности в контигах четырех образцов водного кефирного брожения (L, ликер; G, зерна), полученных через 24 и 72 ч брожения.

Таблица 4. Статистика сборки последовательностей метагеномного генома (MAG) новых видов Oenococcus , именуемых Candidatus Oenococcus aquikefiri.

Метаболизм углеводов

генов, кодирующих инвертазу, или их фрагменты были обнаружены на контигах, отнесенных к S. cerevisiae и D. bruxellensis , которые, вероятно, вызывают гидролиз сахарозы в D -глюкозу и D -фруктозу во время ферментации водного кефира, высвобождая эти два моносахарида для потребления всеми способными микроорганизмами. Гены, кодирующие гексокиназы, фруктокиназы и ферменты пути Эмбдена-Мейергофа-Парнаса, а также гены превращения пирувата в этанол, были приписаны как S. cerevisiae , так и D. bruxellensis , хотя некоторые из этих генов не были полностью изучены. собраны в последнем виде.

Бактериальные представители экосистемы водного кефира в настоящем исследовании также были способны расщеплять сахарозу на глюкозу и фруктозу, поскольку L. hordei/mali обладал тремя генами, B. aquikefiri и L. harbinensis двумя генами, и L. nagelii, L. paracasei и Candidatus O. aquikefiri один ген, кодирующий β-фруктофуранозидазу/сахарозо-6-фосфатгидролазу. Дополнительные фрагменты такого гена были ассоциированы с L. harbinensis .Гены, кодирующие сахарозофосфорилазу, были обнаружены на контигах B. aquikefiri, Candidatus O. aquikefiri, L. hilgardii и фрагментах на контигах L. harbinensis .

Гены, кодирующие фосфоеносящий белок HPr и компонент EI фосфоенолпируват-зависимой фосфотрансферазной системы (PEP-PTS), были связаны с B. aquikefiri и всеми членами LAB экосистемы водного кефира в настоящем исследовании. Однако ген, кодирующий компонент PTS EIIBCA, который по крайней мере на 75% сходен со специфическими для сахарозы компонентами PTS EIIBCA, кодируемыми Pediococcus pentosaceus и Streptococcus mutans (инвентарные номера Swissprot P43470 и P12655 соответственно), был обнаружен только у . Л.harbinensis, L. hordei/mali и L. ngelii , все вблизи гена, кодирующего β-фруктофуранозидазу/сахарозо-6-фосфатгидролазу. Гены, кодирующие компоненты PTS класса маннозы EIIAB, EIIC и EIID, каждый по крайней мере на 74% аналогичен генам L. casei (номер доступа NCBI AAY63962, AAY63963 и AAY63964 соответственно) или O. oeni (NCBI номера доступа ABJ56421, ABJ56422 и ABJ56423 соответственно), были отнесены к L. harbinensis, L.hordei/mali, L. nagelii, L. paracasei и Candidatus O. aquikefiri. Гены, кодирующие белки, сходные с предполагаемым белком поглощения глюкозы из Bifidobacterium animalis subsp. lactis (инвентарный номер NCBI ACS48020) были отнесены ко всем членам LAB водной кефирной экосистемы настоящего исследования, но не к B. aquikefiri .

Гетероферментативный путь метаболизма углеводов и производства молочной кислоты, этанола и уксусной кислоты был связан с L.hilgardii и Candidatus O. aquikefiri, как гетеро-, так и гомоферментативный путь с L. hordei / mali, L. paracasei и L. ngelii , и бифидобактериальный шунт с B.aquikefiri . Не удалось полностью собрать основной ферментативный путь L. harbinensis . Гены, кодирующие маннитолдегидрогеназы, были обнаружены в контигах, относящихся к L. hilgardii, Candidatus O. aquikefiri и B. aquikefiri , что делает возможным восстановление фруктозы до маннита.

контигов, отнесенных к S. cerevisiae , содержали все необходимые гены для биосинтеза глицерина. Гены, кодирующие глицеролкиназу и глицерол-3-фосфатдегидрогеназу, были обнаружены в контигах, относящихся к видам Lactobacillus , что, возможно, позволяет использовать глицерин в их метаболизме.

Фрагменты генов, кодирующих глюкансахаразы гликозидгидролаз семейства GH70, были отнесены к L. hordei / mali, L. hilgardii, L. ngelii и Candidatus O.аквакефири. Продукт гена, приписываемого L. hilgardii , на 99% идентичен глюкансахаразе другого штамма L. hilgardii , выделенного из водного кефира (инвентарный номер NCBI CBJ19544.1), хотя у первого отсутствовал N-концевой повтор. содержащий область из 218 аминокислот, найденных в последнем. Последовательности глюкансахаразы, кодируемые фрагментами генов на контигах, относящихся к трем другим видам, были на 60–70% сходны с глюкансахаразой из L.хилгардии .

Метаболизм пирувата, цитрата и малата

генов, ответственных за превращение пирувата в ацетоин, были связаны с видами Lactobacillus и Candidatus O. aquikefiri, а именно посредством последовательного действия α-ацетолактатсинтазы и α-ацетолактатдекарбоксилазы. Гены, кодирующие диацетилредуктазы, были сцеплены с B. aquikefiri, L. hilgardii, L. hordei / mali, L. nagelii и Candidatus O.aquikefiri, обеспечивающий превращение диацетила, полученного после самопроизвольного превращения α-ацетолактата, в ацетоин. Все видов Lactobacillus , за исключением L. paracasei , обладали генетическими средствами превращения одного из стереоизомеров ацетоина в стереоизомер 2,3-бутандиола. Альтернативно, гены пируватдегидрогеназы были связаны с L. hilgardii, L. paracasei, Candidatus O. aquikefiri и, возможно, L. nagelii , что позволило декарбоксилировать пируват в ацетил-КоА.Последний вид также обладал геном пируватсинтазы, потенциально обеспечивающим аналогичную конверсию, но с использованием окисленного ферредоксина в качестве акцептора электронов. Гены, кодирующие формиат C -ацетилтрансферазы, были связаны с B. aquikefiri, L. hordei / mali, L. nagelii, L. paracasei и, возможно, L. harbinensis , поскольку ген не был полностью собран, что способствовало для производства формиата путем превращения пирувата в ацетил-КоА. Гены пируватоксидазы были сцеплены с B.aquikefiri, L. hilgardii, L. paracasei, Candidatus , O. aquikefiri и, возможно, L. harbinensis , поскольку его ген не был полностью собран, что делает возможным превращение пирувата в ацетилфосфат и одновременное производство перекиси водорода и углерода. диоксид. Все LAB и B. aquikefiri обладали генами ацетаткиназы и фосфатацетилтрансферазы, необходимыми для превращения ацетилфосфата либо в ацетат, либо в ацетил-КоА соответственно.

Все виды молочнокислых бактерий, присутствующие в метагеномах водного кефира, обладают генами, кодирующими яблочные или яблочно-молочные ферменты для превращения яблочной кислоты в молочную кислоту, независимо от того, через оксалоацетат и пируват.Гены, кодирующие фумаратгидратазу и фумаратредуктазу, были обнаружены у всех видов молочнокислых бактерий, за исключением L. harbinensis и, возможно, L. hordei/mali , из-за отсутствия генов или неполной сборки генов, что делает возможным преобразование яблочной кислоты в фумарат, а далее в сукцинат. Гены, необходимые для активности цитрат-лиазы, были приписаны L. ngelii, L. paracasei и Candidatus O. aquikefiri, что позволяет этим видам LAB метаболизировать цитрат в оксалоацетат и ацетат.

Биосинтез аминокислот

Пути биосинтеза от 11 до 19 аминокислот были реконструированы для всех членов водной кефирной экосистемы настоящего исследования, за исключением Candidatus O. aquikefiri и L. harbinensis , пути которых были реконструированы только для семи и двух аминокислот. кислот соответственно (рис. 4). Поэтому L. harbinensis был исключен из следующей оценки биосинтеза аминокислот. Для S обнаружены полные пути биосинтеза всех аминокислот, кроме L -аргинина.cerevisiae . Все другие члены водной кефирной экосистемы в настоящем исследовании обладали генами, кодирующими ферменты для производства L -аланина либо из L -цистеина (все виды микробов), либо из пирувата ( L. paracasei и S. cerevisiae). ), L -глутамин из L -глутамат, L -пролин из L -глутамат и L -глицин из L -серин. Пути биосинтеза L -тирозина и L -лейцина не были полностью реконструированы ни для одного из видов LAB.Гены биосинтеза хоризмата были обнаружены у L. hilgardii и L. nagelii , но ген трансальдолазы не был обнаружен ни у одного из видов LAB. Ген трансальдолазы необходим для производства предшественника эритрозо-4-фосфата по пентозофосфатному пути. Напротив, гены полных путей биосинтеза ароматических аминокислот были обнаружены у S. cerevisiae и B. aquikefiri , хотя ген 3-фосфошикимат-1-карбоксивинилтрансферазы последнего не был обнаружен в полной длине.Нонсенс-мутация в гене аспартаткиназы B. aquikefiri сделала его неспособным к биосинтезу L -треонина, L -метионина и L -лизина.

Рисунок 4. Биосинтетический потенциал микробных видов, обнаруженных в водном кефире, для производства аминокислот, оцененный с помощью функционального анализа метагеномов. Черный — биосинтез очень маловероятен (убедительные доказательства потери функции мутаций в генах, участвующих в их биосинтезе).Серый – биосинтез маловероятен (по крайней мере один ген, участвующий в их биосинтезе, не установлен). Желтый – возможен биосинтез (как минимум один ген, участвующий в их биосинтезе, не собран полностью). Зеленый – биосинтез весьма вероятен (найдены все гены, участвующие в их биосинтезе).

Биосинтез витаминов и кофакторов

Были обнаружены полные пути биосинтеза фосфопантотената, тетрагидрофолата, тиаминпирофосфата и рибофлавина у S. cerevisiae , тогда как пути биосинтеза NAD(P)H и пиридоксаль-5-фосфата содержали некоторые неполные гены.Из-за предположительно неполных или отсутствующих путей биосинтеза, о чем свидетельствует отсутствие нескольких генов на путь, бактериальные виды будут зависеть от предшественников пантотената, тиамина и фолиевой кислоты для производства фосфопантотената, тиаминпирофосфата или тетрагидрофолата, соответственно, с возможным исключение для тетрагидрофолата в случае L. hilgardii . Способность к образованию пиридоксаль-5-фосфата из глутамата и глицеральдегид-3-фосфата обнаружена у B.aquikefiri, L. hilgardii, L. paracasei и Candidatus O. aquikefiri. Способность биосинтеза НАДН из аспартата была обнаружена для B. aquikefiri и L. hilgardii , тогда как другим видам бактерий в качестве предшественников потребуются никотинат или β-никотинат D -рибонуклеотиды.

Таксономическая характеристика нового вида

Oenococcus

Основной геном штаммов Oenococcus в настоящем анализе состоял из 615 ортогрупп, содержащих от 633 ( О.oeni IOEB_C23) и 680 ( O. Alcoholitolerans UFRJ-M7.2.18) кодирующих последовательностей. Среди 142 ортогрупп, присутствующих только у Candidatus O. aquikefiri, 128 кодируют гипотетические белки, тогда как остальные включают гены, кодирующие арсенатредуктазу, 2-гидрокси-3-оксопропионатредуктазу, 5,10-метилентетрагидрофолатредуктазу, 5- метилтетрагидроптероилтриглутамат-гомоцистеинметилтрансфераза, α-ксилозидаза, предполагаемая гидролаза, АТФ-зависимая протеаза Clp, АТФ-связывающая субъединица ClpE, рибонуклеаза R, предполагаемая гликозилтрансфераза, предполагаемая рибосомальная N -ацетилтрансфераза, амидофосфорибозилтрансфераза, пермераза мочевой кислоты , белок устойчивости к четвертичным аммониевым соединениям, фактор высвобождения пептидной цепи 3 и сенсорная гистидинкиназа. И наоборот, 17 ортогрупп были представлены во всех проанализированных геномах Oenococcus , за исключением Candidatus O. aquikefiri. Филогенетическое дерево, построенное из одной копии основных аминокислотных последовательностей, общих для трех известных видов Oenococcus , Candidatus O. aquikefiri и L. garvieae в качестве внешней группы, показало, что видов Oenococcus , обнаруженных в воде kefir разветвлялся между O. oeni и O. kitaharae , при этом ANI со штаммами этих видов составлял от 70 до 75% (рис. 5).Собранные последовательности генов 16S рРНК, принадлежащие Candidatus O. aquikefiri, были на 97% идентичны последовательностям генов O. oeni JCM 6125 и O. kitaharae NRIC 0645 16S рРНК (номера доступа NCBI LC071812.41 и 1NR_0.0.0.41 , соответственно).

Рисунок 5. Укоренившееся филогенетическое древо, основанное на одной копии основных аминокислотных последовательностей из 21 штамма различных видов Oenococcus и Lactococcus garvieae в качестве внешней группы, сопровождаемое средней идентичностью нуклеотидов между геномами одних и тех же штаммов. Синяя точка на филогенетическом дереве обозначает корневую точку, черные точки обозначают узлы со значением поддержки выше 0,95, а красные точки обозначают узлы со значением поддержки ниже 0,95.

Обсуждение

Таксономический анализ четырех метагеномов водного кефира, полученных из двух моментов времени во время процесса ферментации водного кефира, как водного кефирного раствора, так и водяных кефирных зерен, выявил довольно ограниченное разнообразие бактерий и еще более ограниченное разнообразие дрожжей.Это согласуется с данными, зависящими от культуры, о которых сообщалось ранее (Magalhães et al., 2010; Gulitz et al., 2011; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017), и даже для тех же процессов ферментации водного кефира (водный кефир C в Laureys и Де Вюйст, 2017). Метагеномный анализ водного кефирного раствора и кефирных зерен в настоящем исследовании выявил Lactobacillus, Oenococcus и Bifidobacterium в качестве основных родов бактерий и Saccharomyces и Dekkera в качестве основных родов дрожжей.

Использование комбинации нескольких инструментов и баз данных для получения обзора микробного разнообразия на уровне рода оказалось хорошим подходом к оценке состава микробной экосистемы. Например, полагаться исключительно на Kraken или MetaPhlAn2 может привести к недооценке или даже полному исключению Dekkera . Действительно, только последовательности Dekkera custersiana ( Brettanomyces custersianus ) были включены в базу данных Kraken, а маркерных генов Dekkera не присутствовали в базе данных MetaPhlAn2, поскольку в общедоступных базах данных доступно лишь ограниченное число из последовательностей Dekkera . .В то время как в целом дробовая метагеномика позволяет получить хорошее представление о таксономическом составе экосистемы на уровне рода, результаты на уровне вида сильно зависят от используемых инструментов таксономического анализа (Illeghems et al., 2012). Чтобы обойти это, можно использовать графики метагеномного рекрутирования, основанные на геномных последовательностях типовых штаммов, если это возможно, поскольку типовые штаммы являются основой описания видов и номенклатуры в соответствии с Бактериологическим кодексом (редакция 1990 г. ; Lapage et al., 1992).В самом деле, основываясь исключительно на выравнивании прочтений метагеномных последовательностей с последовательностями в общедоступных базах данных, виды, отсутствующие в образцах, могут быть ошибочно объявлены присутствующими из-за выравнивания прочтений с консервативными генами или геномными сегментами, горизонтально перенесенными от другого вида (Gogarten et al. , 2002). На основании всех использованных инструментов таксономического анализа, включая графики метагеномного пополнения, виды бактерий B. aquikefiri, Candidatus O. aquikefiri, L. harbinensis, L. hilgardii , возможно новые виды Lactobacillus , родственные L.hordei и L. mali, L. paracasei и виды дрожжей D. bruxellensis и S. cerevisiae считались присутствующими во всех четырех метагеномах водного кефира как для водного кефирного раствора, так и для водяных кефирных грибков. Эти результаты согласуются с предыдущими исследованиями, в которых сообщалось о присутствии молочнокислых бактерий, чаще всего лактобактерий из группы L. casei (например, L. paracasei ), группы Lactobacillus salivarius (например, L. paracasei ).g., L. nagelii, L. hordei и L. mali ), и группу Lactobacillus buchneri (например, L. hilgardii ), и дрожжи, чаще всего S. cerevisiae , тогда как другие виды молочнокислых бактерий, бифидобактерии (например, B. aquikefiri ), уксуснокислые бактерии (например, A. fabarum ) и D. bruxellensis встречаются реже (Moinas et al., 1980; Pidoux, 1989; Galli). et al., 1995; Franzetti et al., 1998; Magalhães et al., 2010; Waldherr et al., 2010; Гулиц и др., 2011, 2013; Мигель и др., 2011; Хси и др., 2012; Марш и др., 2013; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017; Занирати и др., 2015 г.; Лорейс и др., 2016, 2018). Действительно, все видов Lactobacillus , обнаруженные в настоящем исследовании, также были обнаружены зависимо от культивирования ( L. paracasei, L. hilgardii и L. harbinensis ) или независимо от культивирования (все они) в одной и той же воде. кефир (C), исследованный ранее (Laureys and De Vuyst, 2017). Кроме того, Cellulosimicrobium Cellulans был обнаружен в метагеномах, полученных из зерен водного кефира, но не в метагеномах водного кефирного раствора.

Виды группы L. casei обычно встречаются в водном кефире (Pidoux, 1989; Galli et al., 1995; Magalhães et al., 2010; Gulitz et al., 2011, 2013; Miguel et al., 2011; Zanirati et al., 2015), хотя номенклатура этих видов проблематична из-за трудностей их различения фенотипически и даже с помощью секвенирования гена 16S рРНК (Wuyts et al., 2017). Таким образом, большинство штаммов, обозначенных как L. casei или L. paracasei , являются представителями одного вида, который в настоящее время называется L.paracasei (Судебная комиссия Международного комитета по систематике бактерий, 2008; Смоквина и др., 2013; Wuyts et al., 2017). Экосистема водного кефира в настоящем исследовании содержала L. paracasei , а не L. casei , как показано на графике метагеномного пополнения. L. hilgardii , вид, часто встречающийся в водном кефире, и L. ngelii были впервые выделены из вин (Douglas and Cruess, 1936; Pidoux, 1989; Edwards et al., 2000; Вальдхерр и др., 2010 г.; Гулиц и др., 2011, 2013; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017; Занирати и др., 2015). видов Lactobacillus , тесно связанных с L. hordei и L. mali , в настоящее время без известной последовательности генома, присутствовали в образцах водного кефира в настоящем исследовании. Как L. mali , так и L. hordei обычно встречаются в водных кефирах (Hsieh et al., 2012; Gulitz et al., 2013; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017; Zanirati et al., 2015) и были впервые выделены из сидра и солодового ячменя соответственно (Carr and Davies, 1970; Rouse et al., 2008), неудивительно, что подобные виды будут обнаружены в водном кефире. До сих пор L. harbinensis , вид, который был впервые выделен из традиционных ферментированных овощей, был зарегистрирован только в бельгийском водном кефире (Miyamoto et al. , 2005; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017).

Bifidobacterium aquikefiri — недавно описанный вид бифидобактерий, выделенный из водного кефира, имеющий общего предка с изучаемым водным кефиром (Laureys et al., 2016). Согласно последовательностям гена 16S рРНК, доступным в общедоступных базах данных, B. aquikefiri ранее были обнаружены независимо от культуры посредством секвенирования ампликонов в кефирных грибках (Gulitz et al., 2013). Кроме того, B. psychraerophilum , родственник B. aquikefiri , ранее ассоциировался с водным кефиром (Hsieh et al., 2012; Gulitz et al., 2013; Laureys and De Vuyst, 2014). Bifidobacteriaceae ранее также были обнаружены в еще одном водном кефире, хотя и только на семейном уровне (Marsh et al., 2013).

Виды дрожжей S. cerevisiae и D. bruxellensis часто встречаются в водном кефире, причем первые широко распространены, а вторые встречаются реже (Moinas et al., 1980; Galli et al., 1995; Franzetti et al. ., 1998; Magalhães et al., 2010; Gulitz et al., 2011; Miguel et al., 2011; Hsieh et al., 2012; Marsh et al., 2013; Laureys and De Vuyst, 2014, 2017). Отнесение прочтений метагеномной последовательности к S. pastorianus не было неожиданным, поскольку этот вид дрожжей является межвидовым гибридом между S.cerevisiae и Saccharomyces eubayanus (Libkind et al., 2011). Оба вида дрожжей, обнаруженные в водном кефире, появляются также в других ферментированных (алкогольных) напитках, таких как вина и эли, при этом S. cerevisiae является основным ферментативным микроорганизмом. В вине D. bruxellensis считается микроорганизмом, вызывающим порчу, хотя он очень функционален и желателен в пиве ламбик (De Roos and De Vuyst, 2018; De Roos et al., 2018).

Хотя предполагается долговременная стабильность водного кефира, наиболее заметными временными изменениями было снижение относительной численности S.cerevisiae и увеличение относительной численности B. aquikefiri . Это может быть связано с быстрым ростом S. cerevisiae в богатой углеводами среде, которая является условиями в начале ферментации водного кефира. Также может быть, что B. aquikefiri предпочитает условия роста, которые встречаются только позже при ферментации водного кефира, например, присутствие побочных продуктов метаболизма других микроорганизмов в экосистеме. Как вариант, Б.aquikefiri может расти лучше, чем другие микроорганизмы, в этой водной кефирной экосистеме при определенных ограничивающих условиях. Например, способность B. aquikefiri производить триптофан может дать ему преимущество при истощении запасов триптофана, поскольку триптофан является наименее распространенной аминокислотой в инжире (USDA, 2018).

Присутствие видов Cellulosimicrobium на зернах водного кефира ранее не сообщалось в водном кефире, хотя такие ингредиенты, как инжир, содержат целлюлозу.Однако ферментные препараты литиказа и зимолиаза, используемые в протоколе выделения ДНК, получены из культур Arthrobacter luteus . Это название, наряду с Cellulomonas Cellulans и Oerskovia xanthineolytica , является одним из старых названий C. Cellulans (Schumann and Stackebrandt, 2012). Следовательно, Cellulosimicrobium можно проследить до материалов, используемых для выделения ДНК. Действительно, ранее сообщалось, что наборы для выделения ДНК и другие лабораторные реагенты являются источником загрязнения ДНК (Salter et al., 2014). Более того, из-за объединения нескольких аликвот во время экстракции ДНК в случае зерен водного кефира вклад загрязняющей ДНК от ферментов был выше в образцах зерен водного кефира, чем в образцах водного кефирного раствора.

Помимо зерен водного кефира, которые служат в качестве инокулята, основными входами субстрата в водную кефирную экосистему были сахароза и сушеный инжир. Добавленная сахароза, а также глюкоза и фруктоза из сушеного инжира были основными источниками углерода и энергии для роста микробов.Предполагая транспортную способность, было предсказано, что все присутствующие микробные виды будут метаболизировать сахарозу, что приведет к производству молочной кислоты, уксусной кислоты, этанола, диоксида углерода и экзополисахаридов, производство которых было показано экспериментально в изученном ранее водном кефире (Laureys). и Де Вюйст, 2017). Производство маннита путем восстановления фруктозы, часто осуществляемое гетероферментативными видами молочнокислых бактерий (Gänzle, 2015) и связанное с L. hilgardii, Candidatus O.aquikefiri и B. aquikefiri , а также производство глицерина, связанное с S. cerevisiae , также были экспериментально показаны в изученном ранее водном кефире (Laureys and De Vuyst, 2017). Судя по наличию специфического остатка триптофана, белки семейства гликозидгидролаз GH70, вероятно, были классическими сахаразами, а не глюканотрансферазами (Brison et al., 2012; Gangoiti et al., 2017). Таким образом, декстран, вероятно, может быть получен из сахарозы L. hilgardii , который, как известно, является видом, участвующим в образовании зерен водного кефира (Brison et al., 2012; Gangoiti et al., 2017), а также L. hordei / mali, L. nagelii и Candidatus O. aquikefiri. До сих пор неизвестно, вносят ли последние три или другие виды молочнокислых бактерий основной вклад в образование и рост зерен водного кефира. Тем не менее, недавние исследования структуры и функции полисахаридов в воде, кефирных грибках и жидкости показали, что присутствуют декстраны с различным разветвлением и, вероятно, продуцируются разными видами молочнокислых бактерий, при этом декстран, продуцируемый л.hordei индуцирует агрегацию S. cerevisiae , что, возможно, повышает вероятность их прикрепления к кефирным грибкам in vivo (Fels et al., 2018; Xu et al., 2018).

Инжир был основным источником макро- и микроэлементов, в том числе азота (аминокислоты из белковой фракции), серы, фосфора, витаминов и минералов, помимо сахарозы. Различия в возможностях биосинтеза аминокислот между микробными видами могут привести к тому, что они будут зависеть друг от друга в обеспечении ограничивающих аминокислот, таких как триптофан, тирозин, метионин и гистидин, путем преобразования других аминокислот, которых больше в инжире, таких как как глутамат и аспартат (USDA, 2018).Например, за возможным исключением L. hilgardii в случае всех трех ароматических аминокислот и L. nagelii в случае L-тирозина, ни один из зарегистрированных видов молочнокислых бактерий не может синтезировать ароматические аминокислоты. которые могли быть обеспечены сушеным инжиром или, когда они были истощены, S. cerevisiae или, возможно, B. aquikefiri . Точно так же виды LAB, вероятно, зависели от инжира или S. cerevisiae в отношении своих потребностей в витаминах и кофакторах.Действительно, ранее сообщалось, что L. hordei и L. ngelii получают пользу от аминокислот и пиридоксальфосфата, выделяемых дрожжами Zygotorulaspora florentina (Stadie et al., 2013).

Учитывая высокую полноту и низкую контаминацию, собранный метагеном геном Candidatus O. aquikefiri, полученный в настоящем исследовании, соответствовал бы критериям высококачественного проекта в соответствии со стандартом MIMAG для составления отчетов о геноме, если бы присутствовали все гены рРНК. (Бауэрс и др., 2017). Однако присутствие Lactobacillaceae мешало сборке или связыванию генов рРНК. Филогенетическое дерево, значения ANI и собранные последовательности генов 16S рРНК подтверждают новизну найденных видов. Насколько нам известно, есть только одно сообщение о видах Oenococcus в водном кефире, а именно O . oeni и O. kitaharae , которые были идентифицированы на основании секвенирования гена 16S рРНК и рестрикционного анализа амплифицированной рибосомной ДНК, соответственно (Zanirati et al., 2015). В то время как O. oeni обычно содержится в вине (Sternes and Borneman, 2016), O. kitaharae и O. Alcoholitolerans были выделены из компоста дистиллированного остатка шочу, а также в процессах ферментации кашасы и этанола соответственно (Endo и Окада, 2006; Бадотти и др., 2014). видов Oenococcus , обнаруженных в метагеномах настоящего исследования, отличались от всех трех упомянутых выше видов. Поскольку изоляты Oenococcus ранее не были обнаружены в культуральных исследованиях этого водного кефира (Laureys and De Vuyst, 2017), дальнейшее описание Candidatus O. aquikefiri все еще необходимо проводить после успешной изоляции.

Заключение

Водная кефирная экосистема настоящего исследования содержала B. aquikefiri, L. harbinensis, L. hilgardii, L. nagelii, L. paracasei, D. bruxellensis и S. cerevisiae . Заметные временные сдвиги произошли только в отношении S. cerevisiae и B. aquikefiri , что указывает на их предпочтение для роста раньше и позже ферментации, соответственно.Это исследование также показало присутствие возможно новых видов Lactobacillus , связанных с L. hordei и L. mali , а также новых видов Oenococcus sp., Candidatus O. aquikefiri. В то время как данные секвенирования не были убедительными в отношении новизны первых видов LAB, новизна последних хорошо подтверждалась анализом метагеномных последовательностей. Функциональный анализ метагеномных данных связал образование метаболитов во время ферментации водного кефира с определенными видами или группой(ами) видов. Это показало, что микробные виды, присутствующие в изученной водной кефирной экосистеме, обладают различными способностями к биосинтезу аминокислот, витаминов и кофакторов, что указывает на возможное перекрестное взаимодействие и необходимость использования сушеного инжира (или других фруктов) в качестве поставщика макроэлементов. и микроэлементы.

Доступность данных

Наборы данных, созданные для этого исследования, можно найти в Европейском архиве нуклеотидов, PRJEB21603 (наборы метагеномных данных) и PRJEB29525 (геном, собранный в метагеноме).

Вклад авторов

MV выполнили метагеномное секвенирование и последующий биоинформатический анализ. SW и LDV разработали и координировали исследование. MV, SW и LDV написали рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Финансирование

Мы признательны за финансовую поддержку Исследовательскому совету Свободного университета Брюсселя (проекты OZR234, SRP7 и IOF342). Часть вычислительных ресурсов и услуг была предоставлена ​​Центром общих ИКТ-услуг, финансируемым Свободным университетом Брюсселя, Фламандским суперкомпьютерным центром (VSC) и Исследовательским фондом Фландрии (FWO).М. В. является обладателем степени доктора философии. стипендия FWO (номера грантов 1119916N и 1111918N).

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Дэвид Лорейс выражает признательность за предоставление образцов водного кефира, необходимых для проведения этого исследования.

Дополнительный материал

Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.00479/full#supplementary-material

Сноски

  1. http://hmmer.org/
  2. www. cazypedia.org
  3. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

Ссылки

Альнеберг, Дж., Бьярнасон, Б.С., де Брюйн, И., Ширмер, М., Квик, Дж., Иджаз, У.З., и соавт. (2014). Биндинг метагеномных контигов по покрытию и составу. Нац. Методы 11, 1144–1146.doi: 10.1038/NMETH.3103

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В. и Липман Д.Дж. (1990). Базовый инструмент локального поиска выравнивания. Дж. Мол. биол. 215, 403–410. doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Badotti, F., Moreira, A.P.B., Tonon, L.A.C., de Lucena, B.T.L., Gomes, F.D.O., Kruger, R., et al. (2014). Oenococcus Alcoholitolerans sp.nov., молочнокислые бактерии, выделенные из процесса ферментации кашасы и этанола. Антони ван Левенгук. 106, 1259–1267. doi: 10.1007/s10482-014-0296-z

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Бенгтссон-Палме, Дж. , Риберг, М., Хартманн, М., Бранко, С., Ван, З., Годхе, А., и другие. (2013). Усовершенствованное программное обеспечение для обнаружения и извлечения ITS1 и ITS2 из рибосомных последовательностей ITS грибов и других эукариот для анализа данных секвенирования в окружающей среде. Методы Экол. Эвол. 4, 914–919. дои: 10.1111/2041-210X.12073

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Бора С.С., Кеот Дж., Дас С., Сарма К. и Баруа М. (2016). Метагеномный анализ микробных сообществ, связанных с традиционной заквасочной культурой рисового вина (Xaj-pitha) в Ассаме, Индия. 3 Биотех. 6:153. doi: 10.1007/s13205-016-0471-1

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Бауэрс, Р. М., Kyrpides, N.C., Stepanauskas, R., Harmon-Smith, M., Doud, D., Reddy, T.B.K., et al. (2017). Минимум информации о единичном амплифицированном геноме (MISAG) и геноме, собранном на основе метагенома (MIMAG) бактерий и архей. Нац. Биотехнолог. 35, 725–731. doi: 10.1038/nbt.3893

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Бризон Ю., Пейнинг Т., Мальберт Ю., Фабр Э, Мурей Л., Морел С. и др. (2012). Функциональная и структурная характеристика сахаразы с разветвлением α-(1-2), полученной из глюкансахаразы DSR-E. Дж. Биол. хим. 287, 7915–7924. doi: 10.1074/jbc.M111.305078

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Капелла-Гутьеррес, С., Силла-Мартинес, Дж. М., и Гэблдон, Т. (2009). TrimAl: инструмент для автоматической обрезки выравнивания в крупномасштабном филогенетическом анализе. Биоинформатика 25, 1972–1973. doi: 10.1093/биоинформатика/btp348

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Карр, Дж., и Дэвис, П.А. (1970). Гомоферментативные лактобациллы сидра в т.ч. Lactobacillus mali nov. спец. J. Appl. бактериол. 33, 768–774. doi: 10.1111/j. 1365-2672.1970.tb02261.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Де Филиппо, К., Рамазотти, М., Фонтана, П., и Кавальери, Д. (2012). Биоинформационные подходы для функциональной аннотации и вывода о путях в метагеномных данных. Краткая информация. Биоинформ. 13, 696–710. doi: 10.1093/bib/bbs070

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Де Роос, Дж., Вандамм, П., и Де Вюйст, Л. (2018). Потребление субстрата сусла и производство метаболитов во время брожения и созревания пива ламбик объясняют последовательный рост определенных видов бактерий и дрожжей. Перед. микробиол. 9:2763. doi: 10.3389/fmicb.2018.02763

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Дуглас, Х.К., и Крюсс, В.В. (1936). Lactobacillus из калифорнийского вина. Пищевая рез. 1, 113–119. дои: 10.1111/j.1365-2621.1936.tb17774.x

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Дугат-Бони, Э. , Штрауб, К., Тейссандье, А., Онезим, Д., Лукс, В., Монне, К., и другие. (2015). Обзор функционирования сообщества сыров поверхностного созревания с помощью метаомического анализа. PLoS One 10:e0124360. doi: 10.1371/journal.pone.0124360

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Дуру И. К., Лайне П., Андреевская М., Паулин Л., Кананен С., Тынккинен С., и другие. (2018). Метагеномный и метатранскриптомный анализ микробного сообщества сыра Маасдам швейцарского типа в процессе созревания. Междунар. Дж. Пищевая микробиология. 281, 10–22. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2018.05.017

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эдвардс, К.Г., Коллинз, доктор медицины, Лоусон, П.А., и Родригес, А.В. (2000). Lactobacillus ngelii зр. nov., организм, выделенный из частично перебродившего вина. Междунар. Дж. Сист.Эвол. микробиол. 50, 699–702. дои: 10.1099/00207713-50-2-699

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эммс, Д. М., и Келли, С. (2015). OrthoFinder: устранение фундаментальных погрешностей при сравнении целых геномов значительно повышает точность вывода ортогрупп. Геном Биол. 16:157. doi: 10.1186/s13059-015-0721-2

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эндо, А., и Окада, С. (2006). Oenococcus kitaharae sp.nov., неацидофильный и не ферментирующий яблочно-молочное молоко Oenococcus , выделенный из компостируемого дистиллированного остатка шочу. Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 56, 2345–2348. doi: 10.1099/ijs.0.64288-0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Эскобар-Сепеда, А., Санчес-Флорес, А., и Кираско Барух, М. (2016). Метагеномный анализ созревшего мексиканского сыра выявил уникальную сложную микробиоту. Пищевой микробиол. 57, 116–127.doi: 10.1016/j.fm.2016.02.004

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Фелс Л. , Якоб Ф., Фогель Р. Ф. и Веферс Д. (2018). Структурная характеристика экзополисахаридов водного кефира. Углевод. Полим. 189, 296–303. doi: 10.1016/j.carbpol.2018.02.037

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ferrocino, I., Bellio, A., Giordano, M., Macori, G., Romano, A., Rantsiou, K., et al. (2018).Метагеномика дробовика и летучий профиль микробиоты ферментированных колбас. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 84, э02120-17. doi: 10.1128/AEM.02120-17

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Францетти, Л., Галли, А., Пагани, М.А., и Де Нони, И. (1998). Микробиологические и химические исследования напитка «сахарный кефир». Энн. микробиол. Энзимол. 48, 67–80.

Академия Google

Галли А., Фиори Э., Францетти Л., Пагани, М.А., и Оттогалли, Г. (1995). Микробиологический и химический состав сахарных кефирных грибков. Энн. микробиол. Энзимол. 45, 85–95.

Академия Google

Gangoiti, J., van Leeuwen, S.S., Gerwig, G.J., Duboux, S., Vafiadi, C., Pijning, T., et al. (2017). 4,3-α-глюканотрансфераза, новая специфичность реакции в семействе гликозидгидролаз 70 и клане GH-H. науч. Респ. 7:39761. дои: 10.1038/srep39761

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки

Гензле, М.(2015). Еще раз о метаболизме молочной кислоты: метаболизм молочнокислых бактерий при брожении пищевых продуктов и их порче. Курс. мнение Пищевая наука. 2, 106–117. doi: 10.1016/j.cofs.2015.03.001

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Гогартен, Дж. П., Дулиттл, В. Ф., и Лоуренс, Дж. Г. (2002). Прокариотическая эволюция в свете переноса генов. Мол. биол. Эвол. 29, 2226–2238. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004046

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Гулиц, А., Стади Дж., Эрманн М.А., Людвиг В. и Фогель Р.Ф. (2013). Сравнительный филобиомный анализ бактериального сообщества водного кефира с помощью секвенирования ампликона гена 16S рРНК и анализа ARDRA. J. Appl. микробиол. 114, 1082–1091. doi: 10.1111/jam.12124

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Гулиц, А., Стади, Дж., Веннинг, М., Эрманн, М.А., и Фогель, Р.Ф. (2011). Микробное разнообразие водного кефира. Междунар. Дж. Еда. микробиол. 151, 284–288. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2011.09.016

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Се, Х.-Х., Ван, С.-Ю., Чен, Т.-Л., Хуан, Ю.-Л., и Чен, М.-Дж. (2012). Влияние коровьего и козьего молока как среды брожения на микробную экологию сахаристых кефирных грибков. Междунар. Дж. Пищевая микробиология. 157, 73–81. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2012.04.014

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Хьюсон, Д.Х., Митра С., Вебер Н., Рушевейх Х. и Шустер С. К. (2011). Интегративный анализ экологических последовательностей с использованием MEGAN4. Рез. генома. 21, 1552–1560. doi: 10.1101/гр.120618.111

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Illeghems, K., De Vuyst, L., Papalexandratou, Z., and Weckx, S. (2012). Филогенетический анализ метагенома спонтанной ферментации какао-бобов раскрывает новое понимание разнообразия его бактериального и грибкового сообщества. PLoS One 7:e34080. doi: 10.1371/journal.pone.0038040

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Иллегемс, К., Векс, С., и Де Вюйст, Л. (2015). Применение анализа метапутей с помощью метагеномики для определения функциональных свойств основных бактериальных сообществ одного образца процесса спонтанной ферментации какао-бобов. Пищевой микробиол. 50, 54–63. doi: 10.1016/j.fm.2015.03.005

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Судебная комиссия Международного комитета по систематике бактерий (2008 г. ).Типовым штаммом Lactobacillus casei является ATCC 393, ATCC 334 не может служить типом, поскольку он представляет другой таксон, название Lactobacillus paracasei и названия его подвидов не отвергаются, и возрождение названия « Lactobacillus zeae» противоречит Правилам 51b (1) и (2) Международного свода номенклатуры бактерий. Мнение 82. Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 58, 1764–1765. doi: 10.1099/ijs.0.2008/005330-0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Юнг, Дж.Y., Lee, S.H., Kim, J.M., Park, M.S., Bae, J.W., Hahn, Y., et al. (2011). Метагеномный анализ кимчи, традиционной корейской ферментированной пищи. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 77, 2264–2274. doi: 10.1128/AEM.02157-10

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Lapage, S.P., Sneath, PHA, Lessel, E.F., Skerman, VBD, Seeliger, HPR, and Clark, W.A. (eds) (1992). Международный кодекс номенклатуры бактерий: Бактериологический кодекс (редакция 1990 г. ). Вашингтон, округ Колумбия: ASM Press.

Академия Google

Лорейс, Д., Аэртс, М., Вандамм, П., и Де Вюйст, Л. (2018). Кислород и разнообразные питательные вещества влияют на процесс брожения водного кефира. Пищевой микробиол. 73, 351–361. doi: 10.1016/j.fm.2018.02.007

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Лорейс, Д., Нокарт, М., Де Вюйст, Л., и Вандамм, П. (2016). Bifidobacterium aquikefiri sp. nov., выделенный из водного кефира. Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 66, 1281–1286. doi: 10.1099/ijsem.0.000877

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Лорейс, Д., и Де Вюйст, Л. (2014). Видовое разнообразие микробов, динамика сообществ и кинетика метаболитов водного кефирного брожения. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 80, 2564–2572. doi: 10.1128/AEM.03978-13

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Лорейс, Д. , и Де Вюйст, Л.(2017). Инокулят водного кефира определяет характеристики полученного в результате процесса ферментации водного кефира. J. Appl. микробиол. 122, 719–732. doi: 10.1111/jam.13370

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ли, Х.К., Йи, Х., и Чун, Дж. (2011). rRNASelector: компьютерная программа для выбора последовательностей, кодирующих рибосомную РНК, из метагеномных и метатранскриптомных библиотек. J. Microbiol. 49, 689–691. дои: 10.1007/с12275-011-1213-з

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ли, Д. Х., Лю, К. М., Луо, Р. Б., Садакане, К., и Лам, Т. В. (2015). MEGAHIT: сверхбыстрое решение с одним узлом для большой и сложной метагеномной сборки с помощью краткого графа де Брейна. Биоинформатика 31, 1674–1676. doi: 10.1093/биоинформатика/btv033

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ли, Х. (2013). Выравнивание прочтений последовательностей, последовательностей клонирования и контигов сборки с помощью BWA-MEM. arXiv [Препринт]. архив: 1303.3997.

Академия Google

Li, Z., Feng, C., Luo, X., Yao, H., Zhang, D. и Zhang, T. (2018). Выявление влияния микробиоты на качество чая пуэр в процессе ферментации методом метагеномного и метаболомного анализа дробовика. Пищевой микробиол. 76, 405–415. doi: 10.1016/j.fm.2018.07.001

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Либкинд, Д., Хиттингер, К. Т., Валерио, Э., Goncalves, C., Dover, J., Johnston, M., et al. (2011). Одомашнивание микробов и идентификация дикого генетического фонда лагерных дрожжей. Проц. Натл. акад. науч. США 108, 14539–14544. doi: 10.1073/pnas.1105430108

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ломбард В., Голаконда Рамулу Х., Друла Э., Коутиньо П. М. и Хенриссат Б. (2014). База данных углеводно-активных ферментов (CAZy) в 2013 г. Nucleic Acids Res. 42, Д490–Д495.doi: 10.1093/nar/gkt1178

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Лю, К. , Чен, К., Гэ, Ф., Лю, Д., Чжао, С., и Чен, Д. (2013). Предварительное метагеномное исследование чая пуэр в процессе бурового брожения. J. Sci. Фуд Агрик. 93, 3165–3174. doi: 10.1002/jsfa.6149

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Магальяйнс, К.Т., де Перейра, Г.В., Диас, Д.Р., и Шван, Р.Ф. (2010). Микробные сообщества и химические изменения при брожении сахаристого бразильского кефира. World J. Microbiol. Биотехнолог. 26, 1241–1250. doi: 10.1007/s11274-009-0294-x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Марш, А. Дж., О’Салливан, О., Хилл, К., Росс, Р. П., и Коттер, П. Д. (2013). Последовательный анализ микробного состава водного кефира из нескольких источников. FEMS микробиол. лат. 348, 79–85. дои: 10.1111/1574-6968.12248

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Мигель, М.Г., Кардосо, П.Г., Магальяйнс, К.Т., и Шван, Р. Ф. (2011). Профиль микробных сообществ, присутствующих в зернах тибико (сахарного кефира) из разных штатов Бразилии. World J. Microbiol. Биотехнолог. 27, 1875–1884 гг. doi: 10.1007/s11274-010-0646-6

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Миямото М., Сето Ю., Хао Д. Х., Тешима Т., Сунь Ю. Б., Кабуки Т. и др. (2005). Lactobacillus harbinensis sp. nov., состоял из штаммов, выделенных из традиционных ферментированных овощей «Suan cai» в Харбине, Северо-Восточный Китай, и Lactobacillus perolens DSM 12745. Сист. заявл. микробиол. 28, 688–694. doi: 10.1016/j.syapam.2005.04.001

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Мойнас, М., Хорисбергер, М., и Бауэр, Х. (1980). Структурная организация зерна тиби по данным световой, сканирующей и просвечивающей микроскопии. Арх. микробиол. 128, 157–161. дои: 10.1007/BF00406153

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Налбантоглу У. , Чакар А., Доган Х., Абачи Н., Ustek, D., Sayood, K., et al. (2014). Метагеномный анализ микробного сообщества кефирных грибков. Пищевой микробиол. 41, 42–51. doi: 10.1016/j.fm.2014.01.014

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Паркс, Д. Х., Имельфорт, М., Скеннертон, К. Т., Хугенхольц, П., и Тайсон, Г. В. (2015). CheckM: оценка качества микробных геномов, восстановленных из изолятов, отдельных клеток и метагеномов. Рез. генома. 25, 1043–1055. дои: 10.1101/гр.186072.114

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Пиду, М. (1989). Микробная флора сахаристого кефирного грибка (растение имбиря): биосинтез зерна из Lactobacillus hilgardii с образованием полисахаридного геля. J. Appl. микробиол. 5, 223–238. дои: 10.1007/BF01741847

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Прадо, М.Р., Бландон, Л.М., Ванденберге, Л.П.С., Родригес, К. , Кастро, Г.Р., Томаз-Соккол В. и др. (2015). Молочный кефир: состав, микробные культуры, биологическая активность и сопутствующие продукты. Перед. микробиол. 6:1177. doi: 10.3389/fmicb.2015.01177

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Основная группа

R (2017 г.). R: Язык и среда для статистических вычислений. Вена: Фонд статистических вычислений R.

Академия Google

Ранджан Р., Рани А., Метвалли А., МакГи, Х.С., и Перкинс, Д.Л. (2016). Анализ микробиома: преимущества дробового секвенирования всего генома по сравнению с секвенированием ампликона 16S. Биохим. Биофиз. Рез. коммун. 4, 967–977. doi: 10.1016/j.bbrc.2015.12.083

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Роуз, С., Канчая, К., и ван Синдерен, Д. (2008). Lactobacillus hordei зр. nov., бактериоциногенный штамм, выделенный из ячменного солода. Междунар. Дж. Сист. Эвол.микробиол. 58, 2013–2017 гг. doi: 10.1099/ijs.0.65584-0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Команда RStudio (2015). RStudio: Комплексная разработка для R. Бостон, Массачусетс: Rstudio, Inc.

Академия Google

Salter, S.J., Cox, M.J., Turek, E.M., Calus, S.T., Cookson, W.O., Moffatt, M.F., et al. (2014). Загрязнение реагентами и лабораториями может критически повлиять на анализ микробиома на основе последовательности. БМС Биол. 12:87. doi: 10.1186/s12915-014-0087-z

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Salvetti, E., Campanaro, S., Campedelli, I., Fracchetti, F., Gobbi, A., Tornielli, G.B., et al. (2016). Профили сообщества Vitis vinifera L , основанные на секвенировании всего метагенома. резюме. Ягоды Corvina завяли в двух послеуборочных условиях. Перед. микробиол. 7:937. doi: 10.3389/fmicb.2016.00937

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Шуман, П. и Штакебрандт, Э. (2012). «Род II. Cellulosimicrobium », в Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology: The Actinobacteria , Vol. 5, ред. В. Уитмен, М. Гудфеллоу, П. Кемпфер, Х.-Дж. Буссе, М. Трухильо, В. Людвиг и др. (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer-Verlag), 1002–1006 гг.

Смоквина, Т., Велс, М., Полька, Дж., Шерво, К., Брис, С., и Боекхорст, Дж. (2013). Lactobacillus paracasei Сравнительная геномика: определение видового пангенома и использование разнообразия. PLoS One 8:e68371. doi: 10.1371/journal.pone.0068731

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Smukowski Heil, C., Burton, J.N., Liachko, I., Friedrich, A., Hanson, N.A., Morris, C.L., et al. (2018). Идентификация новых межвидовых гибридных дрожжей из метагеномной спонтанно инокулированной пробы пива с использованием Hi-C. Дрожжи 35, 71–84. doi: 10.1002/да.3280

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Стади, Дж. , Гулиц А., Эрманн М. А. и Фогель Р. Ф. (2013). Метаболическая активность и симбиотические взаимодействия молочнокислых бактерий и дрожжей, выделенных из водного кефира. Пищевой микробиол. 35, 92–98. doi: 10.1016/j.fm.2013.03.009

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Стернс П.Р., Ли Д., Кутина Д.Р. и Борнеман А.Р. (2017). Комбинированный мета-штрих-код и метагеномный анализ спонтанного винного брожения. Гигасайнс 6, 1–30.doi: 10.1093/gigascience/gix040

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Татусова Т., Чуфо С., Федоров Б., О’Нил К. и Толстой И. (2014). База данных микробных геномов RefSeq: новая стратегия представления и аннотации. Рез. нуклеиновых кислот. 42, Д553–Д559. doi: 10.1093/nar/gkt1274

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Truong, D.T., Franzosa, E.A., Tickle, T.L., Scholz, M., Weingart, G., Pasolli, E. , и другие. (2015). MetaPhlAn2 для расширенного метагеномного таксономического профилирования. Нац. Методы 12, 902–903. doi: 10.1038/nmeth.3589

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Vermote, L., Verce, M., De Vuyst, L., and Weckx, S. (2018). Метагеномное секвенирование с помощью ампликона и дробовика указывает на то, что микробные экосистемы, присутствующие в сырных рассолах, отражают инокуляцию окружающей среды в процессе производства сыра. Междунар. Молочные продукты. Дж. 87, 44–53. дои: 10.1016/j.idairyj.2018.07.010

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Вальдхерр Ф.В., Долль В.М., Мейснер Д. и Фогель Р.Ф. (2010). Идентификация и характеристика фермента, продуцирующего глюкан, из Lactobacillus hilgardii TMW 1,828, участвующего в образовании гранул водяного кефира. Пищевой микробиол. 27, 672–678. doi: 10.1016/j.fm.2010.03.013

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уолш, А. М., Криспи, Ф., Даари К., О’Салливан О., Мартин Дж. К., Артур С. Т. и др. (2017). Метагеномный анализ ферментированного напитка нуну на уровне штамма выдвигает на первый план потенциальные риски для безопасности пищевых продуктов. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 83:e1144-17. doi: 10.1128/AEM.01144-17

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уолш, А. М., Криспи, Ф., Килколи, К., О’Салливан, О., О’Салливан, М. Г., Клаессон, М. Дж., и соавт. (2016). Микробная последовательность и вкусообразование в кисломолочном напитке кефире. mSystems 1:e00052-16. doi: 10.1128/mSystems.00052-16

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уолш, А. М., Криспи, Ф., О’Салливан, О., Финнеган, Л., Классон, М. Дж., и Коттер, П. Д. (2018). Выбор классификатора видов является ключевым фактором при анализе данных микробиома пищевых продуктов низкой сложности. Микробиом 6:50. doi: 10.1186/s40168-018-0437-0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ван, К. , Гаррити, Г.М., Тидже, Дж.М., и Коул, Дж.Р. (2007). Наивный байесовский классификатор для быстрого отнесения последовательностей рРНК к новой таксономии бактерий. Заяв. Окружающая среда. микробиол. 73, 5261–5267. doi: 10.1128/AEM.00062-07

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Уикхэм, Х. (2009). ggplot2: элегантная графика для анализа данных. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer-Verlag. дои: 10.1007/978-0-387-98141-3

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Вулф, Б.Э., Баттон, Дж. Э., Сантарелли, М., и Даттон, Р. Дж. (2014). Сообщества сырной корки обеспечивают удобные системы для in situ и in vitro исследований микробного разнообразия. Сотовый 158, 422–433. doi: 10.1016/j.cell.2014.05.041

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ву, Л.-Х., Лу, З.-М., Чжан, X.-Дж., Ван, З.-М., Ю, Ю.-Дж., Ши, Дж.-С., и др. др. (2017). Метагеномика раскрывает вкусовую метаболическую сеть микробиоты злакового уксуса. Пищевой микробиол. 62, 23–31. doi: 10.1016/j.fm.2016.09.010

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Wuyts, S., Wittouck, S., De Boeck, I., Allonsius, C.N., Pasolli, E., Segata, N., et al. (2017). Крупномасштабная филогеномика группы Lactobacillus casei выявляет таксономические несоответствия и выявляет новые черты, связанные с ветвями. mSystems 2:e00061-17. doi: 10.1128/mSystems.00061-17

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Сюй, Д., Фелс Л., Веферс Д., Бер Дж., Якоб Ф. и Вогер Р. Ф. (2018). Lactobacillus hordei декстраны вызывают агрегацию Saccharomyces cerevisiae и образование сети на гидрофильных поверхностях. Междунар. Дж. Биол. макромол. 115, 236–242. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2018.04.068

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Инь, Ю. , Мао, X., Ян, Дж., Чен, X., Мао, Ф. и Сюй, Ю. (2012). dbCAN: веб-ресурс для автоматической аннотации углеводно-активных ферментов. Рез. нуклеиновых кислот. 40, W445–W451. doi: 10.1093/nar/gks479

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Юн, С. Х., Ха, С. М., Лим, Дж. М., Квон, С. Дж., и Чун, Дж. (2017). Крупномасштабная оценка алгоритмов для расчета средней идентичности нуклеотидов. Антони Ван Левенгук 110, 1281–1286. doi: 10.1007/s10482-017-0844-4

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ю, Г., Смит, Д., Чжу, Х., Гуан Ю. и Лам Т. Т. (2017). ggtree: пакет R для визуализации и аннотирования филогенетических деревьев с их ковариатами и другими связанными данными. Методы Экол. Эвол. 8, 28–36. дои: 10.1111/2041-210X.12628

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Занирати, Д. Ф., Абатемарко, М. мл., де Чикко Сандес, С. Х., Николи, Дж. Р. , Кантини Нунес, А., и Нойманн, Э. (2015). Отбор молочнокислых бактерий из бразильских кефирных зерен для потенциального использования в качестве закваски или пробиотических культур. Анаэробы 32, 70–76. doi: 10.1016/j.anaerobe.2014.12.007

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Не все пробиотики полезны для здоровья кишечника

Хорошее здоровье начинается в вашем кишечнике, согласно большому количеству новых пробиотических продуктов и продуктов в продуктовом магазине. Йогурты, ферментированные овощи, жевательные резинки, тоники и даже мороженое обещают потребителям полезную нагрузку миллионов различных штаммов живых активных культур. Но что это за культуры и сколько из них вам действительно нужно? Как обстоят дела с пробиотиками?

Пробиотики — это полезные бактерии и штаммы дрожжей, на которые ваш организм рассчитывает, чтобы помочь в процессе переваривания пищи, когда она проходит через ваше тело.Это так называемые «хорошие микробы», необходимые вашему телу для нормального функционирования. Когда вы полностью здоровы, эти колонии бактерий саморегулируются и поддерживают оптимальный уровень в вашем желудке и кишечнике. Но идеальный гомеостаз здоровья трудно поддерживать, и ваш кишечный биом может нанести вам ущерб, когда он выходит из строя.

Приступы диареи, синдром раздраженного кишечника, проблемы со здоровьем мочевыводящих путей и влагалища, аллергии и даже экзема могут быть связаны с нарушением биома вашего кишечника.Вторжение плохих бактерий, когда вы больны, или даже антибиотики, используемые для борьбы с плохими парнями, могут, в свою очередь, истощить ваши хорошие бактерии, что приведет к более длительному времени восстановления после болезни или длительному переживанию симптомов болезни.

Замена этих хороших бактерий после приступа болезни — вот где пробиотические продукты и добавки приходят на помощь. К сожалению, не все пробиотические продукты созданы одинаковыми. Понимание различий между различными штаммами бактерий в разных продуктах имеет решающее значение для оценки их влияния на ваше здоровье.В конце концов, продукты, обогащенные пробиотиками, часто имеют премиальную цену.

Двумя наиболее распространенными штаммами полезных пробиотических бактерий являются Lactobacillus и Bifidobacterium. Lactobacillus является одной из основных культур, обнаруженных в йогурте, что делает его одной из основных активных культур, с которыми сталкиваются потребители. К сожалению, пробиотические свойства магазинного йогурта в лучшем случае преувеличены. Видите ли, хотя лактобациллы выделяются в йогурте при переваривании, они имеют тенденцию быстро погибать при попадании в кислые условия человеческого желудка.Очень немногие из этих бактерий выживают к тому времени, когда они достигают кишечника.

Родственный штамм под названием Lactobacillus acidophilus DDS-1, однако, устойчив к кислотам и желчи и может жить в течение восьми дней в самых суровых пищеварительных уголках вашего тела. Разница между штаммами родственных бактерий может показаться несущественной при покупке продуктов, но имеет огромное значение для эффективности того, что вы на самом деле потребляете.

Lifewise Kefir, например, на данный момент является довольно заметным пробиотиком в продуктовых магазинах.Я не знаю, назвал бы я это нарицательным как таковое, но если вы любите кефир и пробиотики, скорее всего, вы узнаете этот бренд в холодильном отделе. Бутылка Lifewise Kefir содержит не менее 15 миллиардов колониеобразующих единиц (КОЕ), состоящих из этих двенадцати различных штаммов:

  • Лактобациллы лактис
  • Лактобациллы рамнозус
  • Стрептококк диацетилактис
  • Лактобактерии подошвенные
  • Лактобациллы казеи
  • Сахаромицеты Флорентинус
  • Леуконосток Креморис
  • Бифидобактерии Лонгум
  • Бифидобактерии Бреве
  • Лактобактерии ацидофильные
  • Бифидобактерии лактис*
  • Lactobacillus Reuteri*

Запутанно? Ага! Но учтите: бактерии Leuconostoc Cremoris преимущественно содержатся в ферментированных овощах, таких как капуста, и обладают естественными антибиотическими свойствами, которые предотвращают рост патогенов в вашем организме. Bifidobacterium Breve, с другой стороны, поддерживает здоровье кожи и дыхательных путей и может предотвратить образование дрожжевых инфекций во влагалище. Lactobacillus Casei является мощным антигистаминным средством и может компенсировать действие кортизола, вызывающего стресс, на организм. Каждая из этих хороших ошибок поддерживает ваше здоровье и тело множеством различных способов.

Помимо молочных продуктов, пробиотики можно найти в таких продуктах, как кимчи, квашеная капуста, имбирное пиво, мисо и чайный гриб. Но знать, что пища содержит пробиотики, недостаточно.Чтобы гарантировать, что вы действительно почувствуете благотворное воздействие определенной пищи на свое здоровье, иногда лучший совет — просто погуглить.

Независимо от того, компенсируется ли конкретный разрекламированный штамм бактерий содержанием сахара в продукте — или нужно ли принимать другой штамм в виде защитной таблетки, чтобы выжить и попасть в кишечник — обычно достаточно одного щелчка мыши, если вы не торопитесь, чтобы действительно задать правильные вопросы.

Все пробиотики не одинаковы.Если вы хотите не смывать деньги в унитаз, вам придется потрудиться.

Что такое бифидобактерии и почему они важны для здоровья кишечника?

Вот почему пробиотик

Bifidobacteria помогает создать здоровую среду для ваших кишечных микробов, и как увеличить количество Bifidobacteria в кишечнике с пищей.

Бифидобактерии широко известны в отделе пробиотиков. Теперь это все хорошо, но вы не одиноки, если не знаете, что они делают или как они работают.Это то, что мы собираемся обсудить.

Сначала немного предыстории. Вы не просто человек, вы являетесь хозяином триллионов бактериальных клеток в толстой кишке, которые выполняют важные функции для вашего здоровья.

Фактически, они расщепляют большую часть пищевых волокон в вашем рационе и превращают их в полезные вещества, такие как витамины и жирные кислоты с короткой цепью, которые важны для здоровья.

Но если не хватает разнообразия видов бактерий, слишком много одного или мало некоторых — это грозит дисбактериозом. Это слово просто означает, что состав кишечного микробиома несбалансирован.

Может вызвать проблемы с пищеварением, такие как газы, судороги и диарея. Кроме того, несбалансированная экосистема может способствовать хроническому слабовыраженному воспалению слизистой оболочки кишечника, которое связано со многими заболеваниями вне кишечника.

Таким образом, хотя здоровый кишечный микробиом может помочь защитить вас от инфекций и хронических заболеваний, таких как болезнь Крона, диабет II типа, ожирение и сердечные заболевания, дисбактериоз связан со многими проблемами, такими как депрессия, болезнь Паркинсона, аутоиммунные заболевания и аллергии.

И вот почему Bifidobacteria так важны: этот род микробов выполняет множество функций, помогающих стабилизировать микробиом. У них есть специальное оружие, чтобы не дать потенциальным патогенам обосноваться в вашем кишечнике.

Более того, они помогают расщеплять важные фитонутриенты в вашей пище, чтобы сделать их полезными для вашего организма. И, как будто этого уже недостаточно, они даже служат пищей для других бактерий, таких как те, которые производят бутират.

Как они туда попали?

Бифидобактерии традиционно являются первыми бактериями, заселяющими кишечник.Это случилось, когда вы только родились, когда вы выскользнули из вагинального канала вашей матери.

Да, мы знаем, вам не хочется об этом думать, но это важно, потому что именно так эти бактерии проникли внутрь вас и начали строить основы здоровой кишечной экосистемы. И женские части вашей мамы были необходимы.

Пока ее тело готовилось к вашему большому выходу в мир, вагинальный микробиом изменился и приобрел много бифидобактерий , так что вы вышли бы покрытыми липкой оболочкой жизненно важных микробов для вашего будущего развития.Исследователи придумали для этого живописный термин: бактериальное крещение .

Затем, пока малыш-вы лежали, закутанные в мягкие одеяла, ваши первые кишечные микробы усиленно работали, тренируя вашу иммунную систему, препятствуя проникновению болезнетворных микробов и расщепляя материнское грудное молоко на полезные для вашего здоровья вещества.

На самом деле, Bifidobacteria составляют около 90% микробной экосистемы кишечника младенца от рождения до примерно 3 лет, после чего уровни резко снижаются до примерно 5% экосистемы.

Подождите секунду. Это была не ваша история? Вы были ребенком после кесарева сечения, которого удалили хирургическим путем и руками в латексных перчатках, а затем кормили молочной смесью? Возможно, вы были больны и вам тоже дали курс антибиотиков?

Не волнуйтесь, это не необычные истории. Многие люди были «современными» детьми, родившимися с использованием современных методов, таких как кесарево сечение, и выращенных на молочных смесях, которые продаются как полностью адекватная альтернатива грудному молоку.

Тем не менее, исследования показывают, что ранние факторы влияют на развитие кишечного микробиома и, поскольку они связаны, на вашу иммунную систему.Согласно исследованиям, это было связано с повышенным уровнем заболеваемости астмой, аллергиями, аутоиммунными расстройствами и ожирением.

Вещи, влияющие на раннее развитие микробиома кишечника

Но важно помнить, что роды — беспокойное и часто пугающее время для родителей; что врачи и медицинские работники обязаны оказывать помощь по самым высоким стандартам в пределах своих возможностей; что грудное вскармливание может быть очень болезненным, и что молочная смесь иногда является лучшим вариантом.

Так что, если у вас не было «идеальных» родов, не заморачивайтесь. Нет смысла размышлять о преимуществах машины времени, потому что вы все еще можете помочь своим кишечным микробам сегодня с помощью ваших маленьких друзей детства: Bifidobacteria .

Пробиотические бактерии нуждаются в пребиотиках

Эти бактерии способны расщеплять сложные углеводы (включая пищевые волокна и полифенолы, содержащиеся в этих продуктах).

Исследования показывают, что различные типы Bifidobacteria универсальны и могут развиваться на ряде различных соединений, называемых пребиотиками , которые в основном содержатся в растительных продуктах, таких как фруктоолигосахариды, галактоолигосахариды, пектины, инулин и арабиноксилан.

Если вам интересно, где они берут всю эту еду — это хороший вопрос. Дело в том, что человеческий организм не вырабатывает много ферментов, а наш пищеварительный тракт значительно меньше, чем у наших родственников-обезьян и горилл. Это означает, что он не очень хорошо использует трудноперевариваемые соединения, содержащиеся в цельных растительных продуктах (например, упомянутые выше).

Вместо этого эти пребиотика выживают в кислотной ванне желудка, проходят через тонкую кишку, где организм поглощает питательные вещества, которые он может извлечь из пищи, и в конечном итоге попадают в толстую кишку, где становятся обедом.


Фото Анны Пельцер / Unsplash

Пребиотики, причудливое слово для обозначения овощей, фруктов, орехов, цельного зерна и полезных продуктов

Здесь ваши кишечные бактерии (которые эволюционируют намного быстрее) разработали инструменты, чтобы расщеплять и прорезать себе путь через химические цепи и связи, из которых состоят пребиотики. Они используют эти субстраты в качестве пищи, питая и стимулируя численность своего вида.

Кроме того, кишечные микробы, в том числе Bifidobacteria , отвечают за расщепление большинства полифенолов в наших продуктах.Таким образом, полифенолы также считаются пребиотиками . Эти фитохимические вещества являются антиоксидантами и противовоспалительными агентами, которые уменьшают окислительный стресс в клетках, борются с раком, поддерживают здоровье мозга и многое другое.

Подобно пищевым волокнам, только около 5-10% полифенолов в вашем рационе всасываются в тонком кишечнике. Большинство из них подвергаются действию бактерий, что делает их доступными для всасывания в толстой кишке.

Существует ряд пребиотиков, которые также превращаются бактериями в полезные соединения.Подумайте об этом так: как люди, мы едим и какаем. Бифидобактерии (и другие полезные микробы) едят наши объедки, а потом какают радугой (иногда, не всегда).

Эти метафорические радуги представляют собой химические соединения, которые делают хорошие вещи. Либо они приносят пользу обществу, кишечнику или иммунной системе.

Бифидобактерии творят чудеса

Бифидобактерии способны производить ряд волшебных радужных соединений, включая витамины, жирные кислоты с короткой цепью и органические кислоты, борясь с захватчиками, которые могут вызвать у вас заболевание.Увлекательно, правда?! Потому что это то, что мы собираемся исследовать здесь.

Эти микробы-пробиотики производят витамины прямо в кишечнике. К ним относятся несколько витаминов группы В и витамин К. Мы суммировали функции этих витаминов ниже.

B1, тиамин Помогает преобразовывать питательные вещества в энергию
B3, ниацин Передача сигналов и метаболизм клеток, продукция и репарация ДНК
B5, пантотеновая кислота Помогает преобразовывать питательные вещества в энергию, поддерживает выработку гормонов
B6, пиридоксин Производство аминокислот, нейротрансмиттеров, эритроцитов
B7, биотин Помогает в метаболизме жиров и углеводов, регулирует экспрессию генов
B9, фолиевая кислота Рост и деление клеток, метаболизм аминокислот, образование эритроцитов/лейкоцитов
К Помогает регулировать свертываемость крови, костный метаболизм, уровень кальция в крови

Ацетат, короткоцепочечная жирная кислота, вырабатываемая Bifidobacteria , питает другие бактерии, вырабатывающие бутират, короткоцепочечную жирную кислоту (SCFA), которая предотвращает воспаление и питает слизистую оболочку кишечника.

Считается необходимым для поддержания здоровья пищеварительного тракта. Ученые называют это поведение перекрестным кормлением, потому что деятельность Bifidobacteria делает возможным существование и процветание других видов.

Не говоря уже о том, что они не очень дружелюбно относятся к нежелательным микробам. На самом деле, Bifidobacteria на самом деле производят противомикробные химические вещества, нацеленные конкретно на патогенные бактерии.

Это также не дает захватчикам остепениться и делать то, от чего вас тошнит.В то же время, просто прикрепляясь к слизистой оболочке кишечника, Bifidobacteria также способны сдерживать нежелательные бактерии в кишечнике.

☝️ ФАКТ ☝️ Некоторые штаммы Bifidobacteria могут даже облегчить депрессию и уменьшить воспаление.

Продукты, повышающие уровень бифидобактерий

Бифидобактерии помогают модулировать микробиоту кишечника, предотвращают воспаление и защищают от многих заболеваний, включая колоректальный рак, кишечные инфекции (кишечника) и диарею, воспалительные заболевания кишечника (болезнь Крона, язвенный колит) и даже депрессию.

В дополнение к широкой пользе для здоровья, эти бактерии всеядны, и им нравится ряд продуктов, которые вы можете включить в свой рацион. И они также играют важную роль в создании вкусных кисломолочных продуктов, таких как йогурт и кефир, поэтому они также присутствуют в этих продуктах.

Мы разделили этот список на пробиотики и пребиотики. Помните, что пробиотик Bifidobacteria в пищевых источниках уже содержит эти микробы и может способствовать восполнению их уровня в кишечнике (хотя эти эффекты могут прекратиться, когда вы перестанете принимать пробиотик).Пребиотические продукты содержат соединения, которые питают бифидобактерий , которые уже находятся в вашем кишечнике, способствуя увеличению их уровня и, таким образом, стимулируя их полезную деятельность.

Единственный современный способ надежно отследить, как ваши Bifidobacteria реагируют на пребиотики и пробиотики (добавки и продукты питания), — это провести тест микробиома, как мы делаем в Atlas Biomed. Используя технологию секвенирования ДНК, мы можем определить с точностью 99,8 %, кто находится у вас в кишечнике, и помочь вам понять, что они делают.

Мы также предлагаем подписку на микробиом, чтобы вы могли отслеживать изменения в своем кишечном микробиоме в долгосрочной перспективе и видеть, как ваши микробы реагируют на изменения в вашем рационе и образе жизни, с помощью свежих рекомендаций, которые помогут сохранить баланс этой экосистемы.

Часто задаваемые вопросы

Что такое кефир?

Кефир — это живой и активный кисломолочный напиток с терпко-острым вкусом и кремообразной консистенцией. Он возник более 2000 лет назад в горах Кавказа и ассоциируется с хорошим здоровьем.

Как долго Lifeway Kefir остается свежим после открытия?

Lifeway Kefir останется свежим и вкусным с момента открытия бутылки до даты продажи. Для максимального пробиотического здоровья мы рекомендуем употреблять кефир до этой даты.

Что такое пробиотики?

Пробиотики — это живые микроорганизмы, которые могут принести пользу для здоровья при употреблении в адекватных количествах. Преимущества этих хороших бактерий могут включать поддержку иммунитета и здоровой пищеварительной системы.

Какие виды бактерий (пробиотиков) содержатся в Lifeway Kefir?

Все продукты Lifeway Kefir содержат от 25 до 30 миллиардов колониеобразующих единиц (КОЕ) живых и активных культур кефира на чашку. К кефирным закваскам относятся:

  • Лактобациллы лактис
  • Лактобациллы рамнозус
  • Стрептококк диацетилактис
  • Лактобактерии подошвенные
  • Лактобациллы казеи
  • Сахаромицеты Флорентинус
  • Леуконосток Креморис
  • Бифидобактерии Лонгум
  • Бифидобактерии Бреве
  • Лактобактерии ацидофильные
  • Бифидобактерии лактис*
  • Lactobacillus Reuteri*

*Наши продукты с замороженным кефиром не содержат Bifidobacterium Lactis или Lactobacillus Reuteri

Являются ли продукты Lifeway Kefir безглютеновыми?

Содержат ли продукты Lifeway Kefir арахис или лесные орехи?

Вся питьевая продукция Lifeway Kefir производится на предприятиях, которые на 100 % не содержат арахиса и лесных орехов. Наши замороженные продукты, в том числе Frozen Kefir, Frozen Kefir Bars и Frozen ProBugs, упаковываются под номером на предприятии, которое также упаковывает продукты, содержащие арахис и лесные орехи . Если вам нужна дополнительная информация о наших процедурах управления аллергенами, отправьте электронное письмо по номеру [email protected]

.

Являются ли продукты Lifeway Kefir кошерными?

Все продукты Lifeway Kefir сертифицированы как кошерные Чикагским раввинским советом (CRC). Они не кошерны для Песаха.Чтобы получить дополнительную информацию о наших сертификатах кошерности, отправьте электронное письмо по номеру [email protected] .

Зачем мне добавлять в свой рацион пробиотики?

Бактерии в пищеварительной системе важны для здоровья и легко выводятся из равновесия ежедневным стрессом. Факторы, которые также могут нарушить этот баланс, включают антибиотики, инфекции, употребление алкоголя, хроническую диарею и путешествия. Потребление продуктов с высокой степенью обработки или недостаточное потребление клетчатки также может негативно повлиять на этот баланс.Пробиотики — это простой способ борьбы с этими факторами и они могут помочь регулировать вашу пищеварительную систему.

Сколько Lifeway Kefir следует выпивать каждый день?

Это полностью зависит от вас, но мы рекомендуем потреблять от одной до двух порций кефира по 8 унций каждый день для максимального пробиотического здоровья. Все по-разному реагируют на кефир, поэтому поэкспериментируйте со своей порцией и посмотрите, что подходит именно вам. Некоторые люди выпивают несколько унций в день, в то время как другие выпивают 32 унции или больше каждый день!

Как работают пробиотики?

Представьте себе путь, который пища проходит через пищеварительную систему.Пища проходит через рот, попадает в очень кислый желудок и попадает в тонкую кишку, где продолжается расщепление бактерий. Именно в этих двух последних пищеварительных процессах находится большинство бактерий. В зависимости от баланса «хороших» и «плохих» штаммов бактерии могут оставаться в кишечнике в течение достаточно долгого времени, занимая значительную часть стенок кишечника и увеличивая излишки вредоносных патогенов, таких как Candida (разрастание дрожжей). Каждый раз, когда вы потребляете пробиотики, такие как кефир, они конкурируют за это пространство и вытесняют вредные бактерии.

Как определить пробиотик?

Пробиотик — это просто штамм бактерий, полезных для здоровья. Чтобы пробиотическая пища была эффективной, бактерии должны быть живыми и активными в момент употребления. Некоторые продукты, помеченные как пробиотические, содержат очень мало живых бактерий, тогда как порция кефира Lifeway содержит 12 живых и активных пробиотических культур с 25–30 миллиардами КОЕ.

Чего мне ожидать, когда я попробую Lifeway Kefir?

Lifeway Kefir похож на питьевой йогурт по текстуре и имеет восхитительно терпкий и острый вкус.Кефир влияет на людей по-разному, но в целом вы можете рассчитывать на улучшение пищеварения, повышение иммунитета и пополнение кишечной флоры. Lifeway Kefir также может помочь регулировать перистальтику кишечника.

Что такое натуральные ароматизаторы?

Натуральные ароматизаторы, как следует из названия, получены из настоящих природных источников. Все натуральные ароматизаторы, которые использует Lifeway, сделаны из фруктовых соков, фруктовых эссенций и эфирных масел. Фруктовый ароматизатор получают из самого фрукта. Источники натуральных ароматизаторов существуют в природе, и их можно есть.

Почему вкус кефира отличается от бутылки к бутылке?

Lifeway Kefir – это живой и активный продукт, вкус, текстура, вязкость и степень шипения которого варьируются от бутылки к бутылке и от партии к партии. Мы не добавляем в наш кефир никаких химических стабилизаторов или добавок, поэтому существуют естественные вариации.

Если вы купили бутылку кефира, который стал более терпким, кислым или шипучим, чем вы привыкли, это не значит, что кефир плохой; это просто характеристика активных культур. Кефир на самом деле производит множество антимикробных и антипатогенных соединений, которые предотвращают порчу.

Наконец, густота кефира может варьироваться в зависимости от температуры и времени года. В теплое время года коровы, дающие нам молоко, потребляют больше воды, из-за чего наш кефир становится более жидким. Это опять же происходит потому, что мы стремимся сделать наш кефир максимально натуральным. В то же время в процессе заквашивания могут образовываться комки, что является естественной характеристикой кефира.

В чем разница между кефиром и йогуртом?

Lifeway Kefir содержит 12 живых и активных пробиотических культур и ферментируется в течение 14-18 часов после пастеризации. Это приводит к большему количеству КОЕ на порцию (25–30 миллиардов) по сравнению с большинством других коммерчески доступных кисломолочных продуктов, включая йогурт. Пробиотическая активность — это то, что производит фирменное шипение кефира, поэтому мы восхитительно называем его молочным шампанским!

Где я могу найти продукты Lifeway Kefir?

Lifeway Kefir доступен по всей стране в большинстве крупных супермаркетов и магазинов здоровой пищи. Проверьте поиск магазинов на нашей удобной странице Где купить , чтобы узнать, где можно найти его рядом с вами. Если вы не можете найти его в местном магазине, попросите принести его в бакалейном магазине, и мы обязательно его доставим!

Откуда берется молоко в неорганическом кефире?

Lifeway Foods использует молоко из небольших кооперативов и семейных ферм на Среднем Западе. Это молоко не содержит ВСЕХ синтетических гормонов и антибиотиков, включая rBGH (рекомбинантный бычий гормон роста) и rBST (рекомбинантный бычий соматотропин).Фермы обязуются проявлять большую заботу о коровах и обращаться с ними гуманно.

Содержит ли кефир Lifeway алкоголь?

Нет. Мы разработали наш кефир так, чтобы он не содержал спирта и был безопасен для всей семьи! Если вам нужна дополнительная информация о нашем процессе, отправьте электронное письмо по номеру [email protected] .

Могу ли я давать Lifeway Kefir своему ребенку?

Да! Lifeway Kefir не содержит глютена и до 99 % лактозы, поэтому он бережно относится к детским животикам. Кроме того, исследования показывают, что употребление кефира может поддерживать иммунитет и пищеварительную систему у маленьких детей. Ознакомьтесь с нашими продуктами ProBugs , созданными специально для детей!

Пастеризован ли кефир Lifeway? Содержит ли он вредные бактерии?

Все молоко, используемое для приготовления кефира Lifeway, пастеризуется перед ферментацией. Пастеризация перед ферментацией гарантирует, что наши кефирные культуры живы и активны при употреблении. Кроме того, в процессе ферментации Lifeway Kefir образуются различные соединения, обладающие антимикробным действием.Они подавляют и защищают от роста патогенов.

Сохраняются ли пробиотики в Lifeway Frozen Kefir при замораживании?

Да! Пробиотические культуры в нашем замороженном кефире находятся в состоянии покоя во время заморозки. При употреблении пробиотики возобновляют свою активность и могут обеспечить все преимущества культур в охлажденном кефире.

Можно ли заморозить питьевой кефир? Выживут ли пробиотики?

Заморозить питьевой кефир сложно, но можно! Мы не рекомендуем ставить питьевой кефир в морозильную камеру, пока он находится в бутылке, так как это приведет к разделению жидкости и твердой фазы. Кефир может потерять кремообразную консистенцию после оттаивания. Вместо этого мы рекомендуем налить кефир в лоток для кубиков льда и смешать перед употреблением, если вы решите его заморозить.

Если ваш кефир замерзнет в холодильнике, его можно пить! Просто не забудьте очень хорошо встряхнуть бутылку (с надежно закрытой крышкой) перед употреблением.

Где указана дата продажи на моем Lifeway Kefir?

Дата продажи на пакете ProBugs всегда будет напечатана в правом нижнем углу на задней стороне пакета.Для наших Мини и Биокефира дата указана на крышке из фольги.

Для бутылок емкостью 8 унций, 24 унции и 32 унции он будет отличаться: он будет указан на закругленном краю бутылки или будет проштампован в верхней передней части панели.

См. ниже:

Безопасен ли кефир для беременных/кормящих женщин?

Lifeway Kefir безопасен и может быть полезен беременным и кормящим женщинам.

Можно ли варить или запекать на кефире? Если да, то почему я должен?

Абсолютно! Мы любим использовать кефир на нашей кухне, и у нас есть целый раздел на нашем сайте, посвященный тому, что мы создаем! Посетите нашу страницу Recipe   , чтобы узнать о простых, вкусных идеях, подходящих для всей семьи.

Используйте Lifeway Kefir везде, где вы будете использовать пахту, сметану, йогурт или майонез, чтобы улучшить вкус и пользу для здоровья холодных соусов, заправок, смузи и соусов. Хотя многие пробиотические бактерии не выживают при приготовлении пищи, кефир — отличный способ придать аромат и текстуру теплым блюдам, а также сделать выпечку более пушистой!

Различное действие ферментированного кефира на поведение хозяина, иммунитет и микробиомные модули кишечника и мозга у мышей | Микробиом

  • Абильдгаард А., Эльфвинг Б., Хокланд М., Вегенер Г., Лунд С.Лечение пробиотиками уменьшает депрессивное поведение у крыс независимо от диеты. Психонейроэндокринология. 2017;79:40–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Abubucker S, Segata N, Goll J, Schubert AM, Izard J, Cantarel BL, Rodriguez-Mueller B, Zucker J, Thiagarajan M, Henrissat B. Метаболическая реконструкция метагеномных данных и ее применение к микробиому человека. PLoS Comput Biol. 2012;8(6):e1002358.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Аккаше Г., Кашани-Пур З., Таджабади-Эбрахими М., Джафари П., Акбари Х., Тагизаде М., Мемарзаде М.Р., Асеми З., Эсмаилзаде А. Клинический и метаболический ответ на введение пробиотиков у пациентов с большим депрессивным расстройством: A рандомизированное, двойное слепое, плацебо-контролируемое исследование. Питание. 2016;32(3):315–20.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Асникар Ф., Вайнгарт Г., Тикл Т.Л., Хаттенхауэр С., Сегата Н.Компактное графическое представление филогенетических данных и метаданных с помощью GraPhlAn. Пир Дж. 2015;3:e1029.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • Bagga D, Reichert JL, Koschutnig K, Aigner CS, Holzer P, Koskinen K, Moissl-Eichinger C, Schopf V. Пробиотики управляют микробиомом кишечника, вызывая эмоциональные сигнатуры мозга. Кишечные микробы. 2018: 1–11.

  • Барретт Э., Росс Р.П., О’Тул П.В., Фицджеральд Г.Ф., Стэнтон С.Производство гамма-аминомасляной кислоты культивируемыми бактериями из кишечника человека. J Appl Microbiol. 2012;113(2):411–7.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Bienenstock J, Forsythe P, Karimi K, Kunze W. Нейроиммунные аспекты приема пищи. Int Dairy J. 2010;20(4):253–8.

    КАС Статья Google Scholar

  • Беме М., Ван де Вау М., Бастиансен ТФС, Олаваррия-Рамирес Л., Лайонс К., Фуи Ф., Голубева А.В., Молони Г.М., Минуто С., Сандху К.В., Скотт К.А., Кларк Г., Стэнтон С., Динан Т.Г., Шеллекенс Х., Крайан Дж. Ф.Кризисы микробиоты среднего возраста: средний возраст связан с широко распространенными нейроиммунными изменениями, которые обращаются вспять путем нацеливания на микробиом кишечника. Мол Психиатрия. 2019.

  • Boonstra E, de Kleijn R, Colzato LS, Alkemade A, Forstmann BU, Nieuwenhuis S. Нейротрансмиттеры в качестве пищевых добавок: влияние ГАМК на мозг и поведение. Фронт Псих. 2015;6:1520.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Bosco AM, Pereira PP, Almeida BF, Narciso LG, Dos Santos DB, Santos-Neto AJ, Ferreira WL, Ciarlini PC.Свободный п-крезол изменяет функцию нейтрофилов у собак. Артиф Органы. 2016;40(5):480–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Bourrie BCT, Cotter PD, Willing BP. Традиционный кефир снижает прибавку в весе и улучшает липидный профиль плазмы и печени более успешно, чем коммерческий эквивалент в мышиной модели ожирения. J Funct Foods. 2018;46:29–37.

    КАС Статья Google Scholar

  • Браво Дж. А., Форсайт П., Чу М. В., Эскаравэдж Э., Савиньяк Х. М., Динан Т. Г., Биненшток Дж., Крайан Дж. Ф. Прием внутрь штамма Lactobacillus регулирует эмоциональное поведение и экспрессию центрального рецептора ГАМК у мышей через блуждающий нерв. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011;108(38):16050–5.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Бурокас А., Арболея С., Молони Р.Д., Петерсон В.Л., Мерфи К., Кларк Г., Стэнтон С., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф.Ориентация на ось микробиота-кишечник-мозг: пребиотики обладают анксиолитическим и антидепрессантным действием и устраняют последствия хронического стресса у мышей. Биол психиатрия. 2017;82(7):472–87.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Кларк Г., Гренхэм С., Скалли П., Фитцджеральд П., Молони Р.Д., Шанахан Ф., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф. Ось микробиом-кишечник-мозг в раннем возрасте регулирует серотонинергическую систему гиппокампа в зависимости от пола. Мол Психиатрия. 2013;18(6):666–73.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Коллинз С.М., Суретт М., Берчик П.Взаимодействие микробиоты кишечника и головного мозга. Nat Rev Microbiol. 2012;10(11):735–42.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Крайан Дж. Ф., Момберо К.В поисках депрессивной мыши: полезность моделей для изучения поведения, связанного с депрессией, у генетически модифицированных мышей. Мол Психиатрия. 2004;9(4):326–57.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Cryan JF, O’Riordan KJ, Cowan CSM, Sandhu KV, Bastiaanssen TFS, Boehme M, Codagnone MG, Cussotto S, Fulling C, Голубева AV, Guzzetta KE, Jaggar M, Long-Smith CM, Lyte JM, Мартин Дж. А., Молинеро-Перес А., Молони Г., Морелли Э., Морильяс Э., О’Коннор Р., Крус-Перейра Дж. С., Петерсон В. Л., Ри К., Ритц Н. Л., Шервин Э., Спичак С., Тейчман Э. М., ван де Вау М., Вентура-Сильва А.П., Уоллес-Фицсаймонс С. Е., Хайленд Н., Кларк Г., Динан Т.Г.Ось микробиота-кишечник-мозг. Physiol Rev. 2019; 99 (4): 1877–2013.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Дерриен М., ван Хилкама Влиг Дж. Э. Судьба, активность и влияние проглоченных бактерий на микробиоту кишечника человека. Тенденции микробиол. 2015;23(6):354–66.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Десбонне Л., Кларк Г., Шанахан Ф., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф.Микробиота необходима для социального развития мышей. Мол Психиатрия. 2014;19(2):146–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Дхаливал Дж., Сингх Д.П., Сингх С., Пиннака А.К., Бопараи Р.К., Бишной М., Кондепуди К.К., Чопра К. Добавка Lactobacillus plantarum MTCC 9510 защищает от хронического непредсказуемого поведения, вызванного лишением сна, биохимических и некоторых кишечных микробных аберраций у мышей. J Appl Microbiol.2018;125(1):257–69.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Динан Т.Г., Стэнтон С., Крайан Дж.Ф. Психобиотики: новый класс психотропных средств. Биол психиатрия. 2013;74(10):720–6.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Добсон А., О’Салливан О., Коттер П.Д., Росс П., Хилл С. Высокопроизводительный последовательный анализ бактериального состава кефира и связанных с ним кефирных зерен.FEMS Microbiol Lett. 2011;320(1):56–62.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Эбрахим А., Лерман Дж.А., Палссон Б.О., Хайдук Д.Р. COBRApy: реконструкция и анализ на основе ограничений для Python. BMC Сист Биол. 2013;7(1):74.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Finger BC, Dinan TG, Cryan JF. Диета с высоким содержанием жиров избирательно защищает мышей от последствий хронического социального стресса. Неврология. 2011;192:351–60.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Фостер Дж.А., Ринаман Л., Крайан Дж.Ф. Стресс и ось кишечник-мозг: регуляция микробиомом.Нейробиол стресс. 2017;7:124–36.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Gao J, Ding G, Li Q, Gong L, Huang J, Sang Y. Тибетское кефирное молоко уменьшает отложение жира, регулируя микробиоту кишечника и экспрессию генов Lpl и Angptl4 у крыс, получавших диету с высоким содержанием жиров. Фуд Рез Инт. 2019;121:278–87.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Голубева А.В., Джойс С.А., Молони Г., Бурокас А., Шервин Э., Арболея С., Флинн И., Хочанский Д., Моя-Перес А., Петерсон В., Ри К., Мерфи К., Макарова О., Буравков С., Хайланд Н.П. , Стэнтон С., Кларк Г., Гаан К.Г.М., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф.Связанные с микробиотой изменения метаболизма желчных кислот и триптофана связаны с дисфункцией желудочно-кишечного тракта в мышиной модели аутизма. ЭБиоМедицина. 2017; 24:166–78.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Гурураджан А., Ван де Вау М., Беме М., Беккер Т., О’Коннор Р., Бастиансен ТФС, Молони Г.М., Лайт Дж.М., Паула Вентура Сильва А., Меркс Б., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф. Устойчивость к хроническому стрессу связана со специфическими нейробиологическими, нейроэндокринными и иммунными реакциями. Мозг Behav Immun. 2019.

  • Hilimire MR, DeVylder JE, Forestell CA. Ферментированные продукты, невротизм и социальная тревожность: модель взаимодействия. Психиатрия рез. 2015;228(2):203–8.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • Сюй Ю.Дж., Хуан В.К., Линь Д.С., Чен Ю.М., Хо С.Т., Хуан К.С., Тун Ю.Т. Добавка кефира изменяет состав кишечной микробиоты, снижает физическую усталость и улучшает физическую работоспособность у мышей.Питательные вещества. 2018;10(7).

  • Izquierdo A, Wellman CL, Holmes A. Кратковременный неконтролируемый стресс вызывает ретракцию дендритов в инфралимбической коре и устойчивость к исчезновению страха у мышей. Дж. Нейроски. 2006;26(21):5733–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Joffe H, Partridge A, Giobbie-Hurder A, Li X, Habin K, Goss P, Winer E, Garber J. Увеличение венлафаксина и селективных ингибиторов обратного захвата серотонина с помощью золпидема улучшает сон и качество жизни у больных раком молочной железы с приливами: рандомизированное двойное слепое плацебо-контролируемое исследование.Менопауза. 2010;17(5):908–16.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • Канг Д.Д., Фрула Дж., Иган Р., Ван З. MetaBAT, эффективный инструмент для точной реконструкции отдельных геномов из сложных микробных сообществ. Пир Дж. 2015;3:e1165.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • Као А.С., Харти С., Бернет П.В. Влияние пребиотиков на нейробиологию и поведение.Int Rev Neurobiol. 2016; 131:21–48.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Каземи А., Ноорбала А.А., Азам К., Эскандари М. Х., Джафарян К. Влияние пробиотиков и пребиотиков по сравнению с плацебо на психологические исходы у пациентов с большим депрессивным расстройством: рандомизированное клиническое исследование. Клин Нутр. 2019;38(2):522–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Kim DH, Kim H, Jeong D, Kang IB, Chon JW, Kim HS, Song KY, Seo KH.Кефир облегчает ожирение и стеатоз печени у мышей, получавших диету с высоким содержанием жиров, путем модуляции кишечной микробиоты и микобиоты: целевой и нецелевой анализ сообщества с корреляцией биомаркеров. Дж. Нутр Биохим. 2017;44:35–43.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Ли М.Ю., Ан К.С., Квон О.К., Ким М.Дж., Ким М.К., Ли И.Ю., О С.Р., Ли Х.К. Противовоспалительное и противоаллергическое действие кефира на модели мышиной астмы.Иммунобиология. 2007;212(8):647–54.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Ли Х., Хэндсейкер Б., Высокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н., Март Г., Абекасис Г., Дурбин Р.Формат выравнивания/карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика. 2009;25(16):2078–9.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • Лян Л., Чжоу Х., Чжан С., Юань Дж., Ву Х. Влияние нарушения микробиоты кишечника, вызванного в раннем возрасте, на экспрессию внесинаптических субъединиц альфа5 и дельта рецептора ГАМК-А в гиппокампе взрослых крыс. Мозг Рес Бык. 2017; 135:113–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Лин К. Погружная ферментация Lactobacillus rhamnosus YS9 для производства гамма-аминомасляной кислоты (ГАМК). Браз Дж Микробиол. 2013;44(1):183–7.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Лю младший, Ван С.Ю., Чен М.Дж., Юэ П.Ю., Линь К.В.Антиаллергенные свойства молочного кефира и соевого кефира и их благотворное влияние на микрофлору кишечника. J Sci Food Agric. 2006;86(15):2527–33.

    КАС Статья Google Scholar

  • Лонг-Смит К.М., О’Риордан К.Дж., Кларк Г., Стэнтон С., Динан Т.Г., Крайан Д.Ф. Ось микробиота-кишечник-мозг: новые терапевтические возможности. Annu Rev Pharmacol Toxicol. 2019;60.

  • Мачадо Д., Трамонтано М., Андреев С., Патил К.Р.Быстрая автоматическая реконструкция метаболических моделей в масштабе генома для микробных видов и сообществ. Нуклеиновые Кислоты Res. 2018;46(15):7542–53.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Mayer EA, Knight R, Mazmanian SK, Cryan JF, Tillisch K. Микробы кишечника и мозг: смена парадигмы в неврологии. Дж. Нейроски. 2014;34(46):15490.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Мияке Ю., Танака К., Окубо Х., Сасаки С., Аракава М.Потребление молочных продуктов и кальция и распространенность депрессивных симптомов во время беременности в Японии: перекрестное исследование. BJOG Int J Obstet Gynaecol. 2014;122(3):336–43.

    Артикул КАС Google Scholar

  • Мобини Р., Тремароли В., Сталман М., Карлссон Ф., Левин М., Юнгберг М., Солин М., Бертеус Форслунд Х., Перкинс Р., Бакхед Ф., Янссон П.А. Метаболические эффекты Lactobacillus reuteri DSM 17938 у людей с диабетом 2 типа: рандомизированное контролируемое исследование.Сахарный диабет Ожирение Metab. 2017;19(4):579–89.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Mu Q, Tavella VJ, Luo XM. Роль Lactobacillus reuteri в здоровье и заболеваниях человека. Фронт микробиол. 2018;9:757.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • О’Лири О.Ф., Феличе Д., Галимберти С., Савиньяк Х.М., Браво Дж.А., Кроули Т., Эль Якуби М., Вожуа Дж.М., Гассманн М., Беттлер Б., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф.Изоформы субъединиц рецептора ГАМКВ(1) по-разному регулируют стрессоустойчивость. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(42):15232–7.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • О’Махони С.М., Кларк Г., Борре Ю.Е., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф. Серотонин, метаболизм триптофана и ось мозг-кишечник-микробиом. Поведение мозга Res. 2015; 277:32–48.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Оксанен Дж., Киндт Р., Лежандр П., О’Хара Б., Стивенс М.Х.Х., Оксанен М.Дж., предлагает М.Веганский пакет. Пакет Comm Ecol. 2007; 10: 631–7.

    Google Scholar

  • Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW. CheckM: оценка качества микробных геномов, восстановленных из изолятов, отдельных клеток и метагеномов. Геном Res. 2015;25(7):1043–55.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Паттерсон Э., Райан П.М., Уайли Н., Карафа И., Шервин Э., Молони Г., Франциози Э., Мандал Р., Уишарт Д.С., Туохи К., Росс Р.П., Крайан Дж.Ф., Динан Т.Г., Стэнтон С.Лактобациллы, продуцирующие гамма-аминомасляную кислоту, положительно влияют на метаболизм и депрессивно-подобное поведение в мышиной модели метаболического синдрома. Научный доклад 2019;9(1):16323.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Пэн Ю., Леунг Х.К., Ю С.М., Чин Ф.Ю. IDBA-UD: сборщик de novo для данных одноклеточного и метагеномного секвенирования с очень неравномерной глубиной. Биоинформатика. 2012;28(11):1420–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Ри С.Х., Потулакис С., Майер Э.А.Принципы и клинические последствия оси мозг-кишечник-энтеральная микробиота. Нат Рев Гастроэнтерол Гепатол. 2009;6(5):306–14.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Rodrigues KL, Caputo LRG, Carvalho JCT, Evangelista J, Schneedorf JM. Антимикробная и заживляющая активность кефира и кефиранового экстракта. Противомикробные агенты Int J. 2005;25(5):404–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Роза Д.Д., Диас М.М.С., Гжешковяк Л.М., Рейс С.А., Консейсао Л.Л., Пелуцио М. д. К.Г.Молочный кефир: питательные, микробиологические и полезные для здоровья свойства. Nutr Res Rev. 2017;30(1):82–96.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Сабат Р., Груц Г., Варшавска К., Кирш С., Витте Э., Волк К., Гегинат Дж. Биология интерлейкина-10. Cytokine Growth Factor Rev. 2010;21(5):331–44.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Саркар А., Лехто С.М., Харти С., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф., Бернет П.В.Дж.Психобиотики и манипулирование сигналами бактерий, кишечника и мозга. Тренды Нейроси. 2016;39(11):763–81.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Сасаджима Н., Огасавара Т., Такемура Н., Фудзивара Р., Ватанабэ Дж., Сонояма К. Роль кишечных Bifidobacterium pseudolongum в ингибировании пищевыми фруктоолигосахаридами контактной гиперчувствительности, вызванной 2,4-динитрофторбензолом, у мышей. Бр Дж Нутр. 2009;103(4):539–48.

    ПабМед Статья КАС Google Scholar

  • Scholz M, Ward DV, Pasolli E, Tolio T, Zolfo M, Asnicar F, Truong DT, Tett A, Morrow AL, Segata N. Эпидемиология микробов на уровне штаммов и популяционная геномика из метагеномики дробовика. Нат Методы. 2016.

  • Зееманн Т. Прокка: быстрая аннотация генома прокариот. Биоинформатика. 2014;30(14):2068–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Сегата Н., Бёрниген Д., Морган Х.С., Хаттенхауэр К.PhyloPhlAn — это новый метод улучшенного филогенетического и таксономического размещения микробов. Нац коммун. 2013;4:2304.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L, Garrett WS, Huttenhower C. Открытие и объяснение метагеномных биомаркеров. Геном биол. 2011;12(6):R60.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Шарма А., Гербарг П., Боттильери Т., Массуми Л., Карпентер Л.Л., Лаврецкий Х., Маскин П.Р., Браун Р.П., Мишулон Д., Р.в качестве рабочей группы Совета Американской психиатрической ассоциации. S-аденозилметионин (SAMe) при нейропсихиатрических расстройствах: обзор исследований, ориентированный на клиницистов. Дж. Клин Психиатрия. 2017;78(6):e656–67.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Шервин Э., Борденштейн С.Р., Куинн Дж.Л., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф. Микробиота и социальный мозг. Наука. 2019;366(6465).

  • Шевач Э.М., Торнтон А.М.tTreg, pTreg и iTreg: сходства и различия. Immunol Rev. 2014;259(1):88–102.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Сильва-Кутини М.А., Алмейда С.А., Насименто А.М., Абреу Г.Р., Биссоли Н.С., Ленц Д., Эндрингер Д.К., Бразилия Г.А., Лима Э.М., Бьянкарди В.К., Андраде Т.Ю. Длительное лечение кефирными пробиотиками улучшает сердечную функцию у крыс со спонтанной гипертензией. Дж. Нутр Биохим. 2019;66:79–85.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Силва Р.Л., Лопес А.Х., Гимарайнш Р.М., Кунья Т.М. Передача сигналов CXCL1/CXCR2 при патологической боли: роль в периферической и центральной сенсибилизации. Нейробиол Дис. 2017; 105:109–16.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Слэттери С., Коттер П.Д., О’Тул П.В. Анализ пользы для здоровья, приносимой видами лактобацилл из кефира.Питательные вещества. 2019;11(6).

  • Стинберген Л., Селларо Р., ван Хемерт С., Бош Дж. А., Колзато Л. С. Рандомизированное контролируемое исследование для проверки влияния пробиотиков разных видов на когнитивную реакцию на грустное настроение. Мозг Behav Immun. 2015; 48: 258–64.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • Страндвитц П., Ким К.Х., Терехова Д., Лю Дж.К., Шарма А., Леверинг Дж., Макдональд Д., Дитрих Д., Рамадхар Т.Р., Лекбуа А., Мроу Н., Листон С., Стюарт Э.Дж., Дубин М.Дж., Зенглер К., Найт Р., Гилберт Дж. А., Кларди Дж., Льюис К.ГАМК-модулирующие бактерии микробиоты кишечника человека. Нат микробиол. 2019;4(3):396–403.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Sudo N, Chida Y, Aiba Y, Sonoda J, Oyama N, Yu XN, Kubo C, Koga Y. Послеродовая микробная колонизация программирует гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковую систему на реакцию на стресс у мышей. Дж. Физиол. 2004; 558 (часть 1): 263–75.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Тан Дж., Маккензи С., Вюллермин П.Дж., Говерс Г., Винуэса К.Г., Мебиус Р.Э., Масия Л., Маккей К.Р.Пищевые волокна и бактериальные SCFA улучшают переносимость при пероральном приеме и защищают от пищевой аллергии посредством различных клеточных путей. Cell Rep. 2016;15(12):2809–24.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Таноуэ Т., Атараши К., Хонда К. Развитие и поддержание регуляторных Т-клеток кишечника. Нат Рев Иммунол. 2016;16(5):295–309.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Томас А., Бурант А., Буй Н., Грэм Д., Юва-Пейлор Л.А., Пейлор Р.Закапывание мрамора больше отражает повторяющееся и настойчивое поведение, чем тревогу, вызванную новизной. Психофармакология. 2009;204(2):361–73.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Tillisch K, Labus J, Kilpatrick L, Jiang Z, Stains J, Ebrat B, Guyonnet D, Legrain-Raspaud S, Trotin B, Naliboff B. Потребление кисломолочного продукта с пробиотиком модулирует активность мозга. Гастроэнтерология. 2013;144(7):1394–401 e1394.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Truong DT, Franzosa EA, Tickle TL, Scholz M, Weingart G, Pasolli E, Tett A, Huttenhower C, Segata N. MetaPhlAn2 для расширенного метагеномного таксономического профилирования. Нат Методы. 2015;12(10):902–3.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • Truong DT, Tett A, Pasolli E, Huttenhower C, Segata N.Структура популяции микробного штамма и генетическое разнообразие метагеномов. Геном Res. 2017;27(4):626–38.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Валлес-Коломер М., Фалони Г., Дарзи Ю., Тигчелаар Э.Ф., Ван Дж., Тито Р.Ю., Шивек С., Курильщиков А., Йооссенс М., Вейменга С., Клас С., Ван Оуденхове Л., Жернакова А., Виейра-Силва С. , Raes J. Нейроактивный потенциал микробиоты кишечника человека в качестве жизни и депрессии.Нат микробиол. 2019.

  • ван де Вау М., Беме М., Динан Т.Г., Крайан Дж.Ф. Мобилизация моноцитов, микробиота и психические заболевания. Мозг Behav Immun. 2019.

  • Уокер М.К., Боберг М.Р., Уолш М.Т., Вольф В., Трухильо А., Дьюк М.С., Пальме Р., Фелтон Л.А. Менее стрессовая альтернатива пероральному зонду для фармакологических и токсикологических исследований на мышах. Toxicol Appl Pharmacol. 2012;260(1):65–9.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Уолш А.М., Криспи Ф., Килколи К., О’Салливан О., О’Салливан М.Г., Клаессон М.Дж., Коттер Д.Д.Микробная последовательность и вкусообразование в кисломолочном напитке кефире. mSystems. 2016;1(5):e00052–16.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • Wickham H. ggplot2: элегантная графика для анализа данных: Springer; 2016.

  • Йилмаз И., Долар М.Э., Озпинар Х. Влияние приема кефира на изменения фекальной микробиоты и симптомы воспалительного заболевания кишечника: рандомизированное контролируемое исследование.Терк Дж. Гастроэнтерол. 2019;30(3):242–53.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • Высокопроизводительный последовательный анализ бактериального состава кефира и связанных с ним кефирных грибков | Письма FEMS по микробиологии

    » data-legacy-id=»ss1″> Введение

    Кефир — слабогазированный ферментированный напиток, изготавливаемый путем ферментации молока с использованием кефирной закваски. Эти зерна являются уникальными заквасками для молочных продуктов, которые содержат симбиотический консорциум микроорганизмов, на который сильно влияет происхождение зерна и условия культивирования (Garrote et al. , 2010). Хотя общее количество микроорганизмов и их относительный состав в зернах изменчивы и плохо определены, было показано, что кефирные зерна содержат молочнокислые бактерии (LAB; в первую очередь лактобациллы и лактококки), дрожжи и иногда уксуснокислые бактерии в белковой среде. липидно-полисахаридная твердая матрица (Lopitz-Otsoa et al., 2006). Закваски являются жизненно важными компонентами для брожения кефира, так как конечный продукт не обладает таким же количеством или сложностью микроорганизмов и, следовательно, не может быть использован для повторного инициирования дальнейшего брожения кефира (Simova et al. , 2002; Farnworth, 2005). После процесса ферментации кефирные зерна можно восстановить, повторно использовать и выращивать, часто в течение нескольких десятилетий. В дополнение к ценности связанного с кефиром микробного сообщества в целом, определенные штаммы, выделенные из кефира, могут иметь ценность в качестве пробиотиков (Golowczyc et al., 2008) или как продуценты противомикробных соединений (Ryan et al. , 1996; Rodrigues et al. , 2005). Однако симбиотическая природа микробиоты кефира может затруднить идентификацию таких штаммов и их последующее исследование. Хотя культуральные методы и традиционные молекулярные методы, такие как денатурирующий градиентный гель-электрофорез (DGGE) и секвенирование по Сэнгеру, использовались для характеристики кефирного сообщества (Ninane et al. , 2007; Zhou et al., 2009; да Мигель и др. , 2010), такие методы могут давать неточное описание общей микробной структуры, поскольку они выявляют только доминирующие популяции, которые не обязательно могут играть важную роль в общей динамике сообщества.

    Лактицин 3147 представляет собой сильнодействующий двухпептидный лантибиотик широкого спектра действия (бактериоцин класса I или антимикробный пептид), продуцируемый Lactococcus lactis DPC3147 (рис. 1; Ryan et al. , 1996; Martin et al. , 2004; Лоутон и др., 2007). Впервые выделенный из ирландского кефирного зерна в 1996 году, он, возможно, является одним из наиболее широко изученных бактериоцинов, и было показано, что он ингибирует такие клинически значимые патогены, как Clostridium difficile , метициллин-резистентный Staphylococcus aureus и ванкомицин-резистентные энтерококки (Rea и др. , 2007; Piper и др. , 2009). Хотя микробный состав кефирных грибков хорошо задокументирован (Rea et al. , 1996; Ninane et al., 2007; Чжоу и др. , 2009), насколько нам известно, не было сообщений о характеристике микробиоты кефирного грибка, из которого были выделены штаммы, продуцирующие бактериоцины. В последние годы в области микробной экологии произошли революционные изменения благодаря разработке и применению высокопроизводительных технологий секвенирования ДНК, таких как платформа 454 GS-FLX (Roche Diagnostics Ltd, Западный Сассекс, Великобритания; Keijser et al. , 2008; Urich и др., 2008; Маклеллан и др. , 2009), что позволяет получить более полное представление об общем составе сообщества без искажений, обычно связанных с клонированием или культивированием. Здесь мы используем высокопроизводительное секвенирование ампликонов гена 16S рРНК, чтобы охарактеризовать бактериальный состав исходного ирландского кефира, из которого первоначально был выделен L. lactis DPC3147.

    1

    (a) Ирландский кефир. (b) Производство лактицина 3147 лактококками, выделенными из зерна ирландского кефира, что было обнаружено с помощью анализа диффузии в лунках агара с использованием Lactococcus lactis ssp. cremoris HP в качестве индикатора.

    1

    (a) Ирландский кефир. (b) Производство лактицина 3147 лактококками, выделенными из зерна ирландского кефира, что было обнаружено с помощью анализа диффузии в лунках агара с использованием Lactococcus lactis ssp. cremoris HP в качестве индикатора.

    » data-legacy-id=»ss3″> Результаты и обсуждение

    » data-legacy-id=»ss5″> Анализ последовательности

    Таксономические отнесения кефирного молока и соответствующего ему заквасочного зерна (внутреннего и внешнего) представлены на рис. 3. В общей сложности 17416 уникальных вариабельных областей V4 гена 16S рРНК были амплифицированы из внутреннего кефирного заквасочного зерна (4883 прочтения), внешняя закваска (3455 прочтений) и соответствующий кефирно-молочный ферментат (9078 прочтений).Для каждого набора данных были рассчитаны оценки разнообразия, охвата и равномерности (таблица 1). Оценка видового богатства Chao1 при уровне сходства 98% составила 609,3 для кефирного молока, 170 для внешней закваски и 358 для внутренней закваски. Для каждой выборки охват товара при уровне сходства 98% составлял примерно 98%. Более низкий уровень микробного разнообразия наблюдался на внешней поверхности закваски с индексом разнообразия Шеннона 1,04 при уровне сходства 98%, в то время как индексы разнообразия Шеннона для кефирного молока и внутренней закваски превышали 2.0. Анализ кривой разрежения показал, что общее присутствующее бактериальное разнообразие хорошо представлено (рис. 4). Хотя общее бактериальное разнообразие, наблюдаемое в кефирном молоке и закваске, было намного ниже, чем в сложных экосистемах, таких как почва или желудочно-кишечный тракт млекопитающих (Urich et al. , 2008; Turnbaugh et al. , 2009), с за исключением внешней поверхности стартового зерна, разнообразие было намного выше, чем у единственной другой пищевой системы, которая была подвергнута такому статистическому анализу, т.е.е. ферментированные морепродукты (Roh и др. , 2010). Возможно, что неэффективное прилипание к поверхности кефирных зерен, приводящее к повышенному проникновению микроорганизмов в кефирное молоко, может быть причиной уменьшения разнообразия, наблюдаемого на внешней поверхности. В качестве альтернативы, другие микроорганизмы, не идентифицированные анализом состава 16S (например, дрожжи), могут колонизировать большую часть внешней поверхности кефирных зерен, что приводит к недооценке общего разнообразия в этой области. Примечательно, что предыдущие исследования с использованием сканирующей электронной микроскопии показали, что дрожжи могут быть плотно упакованы на внешней стороне кефирных грибков (Rea et al., 1996).

    3

    Разнообразие микробных сообществ на уровне семьи, присутствующих в кефирном молоке, снаружи и внутри ирландской закваски для кефира. Затенение столбцов представляет относительную долю назначаемых тегов, присутствующих в каждом образце.

    3

    Разнообразие микробных сообществ на уровне семьи, присутствующих в кефирном молоке, снаружи и внутри закваски для ирландского кефира. Затенение столбцов представляет относительную долю назначаемых тегов, присутствующих в каждом образце.

    1

    Оценки разнообразия в Кефире Молоко и его соответствующее стартовое зерно

    916,3 609,37
    Kefir Milk Kefir Interior Kefir интерьер
    сходство 97% 98% 97% 98% 97% 98%
    Оценка богатства Chao1 396,6 170 262,4 358,4
    Индекс Шеннона для разнообразия 1,97 2,61 0,83 1,04 1,42 2,1
    покрытия Гуда 98,7 98,2 98,9 98,7 98,4 98
    Набор данных Кефир молоко Кефир внешний Кефир интерьера
    схожесть 97% 98% 97% 98% 97% 98%
    Оценка богатства Chao1 396.6 609,3 124,7 170 262,4 358,4
    Индекс Шеннона для разнообразия 1,97 2,61 0,83 1,04 1,42 2,1
    Охват Гуда 98.7 98.2 98.9 98.9 98.7 98.4 98.4 98
    1

    1

    Набор данных Keфир Кефир Экстерьер Kefir интерьер сходство 97% 97% 97% 97% 98% 12 98% 98% CHAO1 Оценка богатства 396.6 609,3 124,7 170 262,4 358,4 Индекс Шеннона для разнообразия 1,97 2,61 0,83 1,04 1,42 2,1 Охват Гуда 98,7 98,2 98,9 98,7 98,4 98

    3
    Набор данных Кефир молоко Кефир внешний Кефир интерьера
    схожесть 97% 98 % 97% 98% 97% 98%
    Chao1 оценка богатства 6 609,3 124,7 170 262,4 358,4
    Индекс Шеннона для разнообразия 1,97 2,61 0,83 1,04 1,42 2,1
    Охват Гуда 98,7 98,2 98,9 98,7 98,4 98

    4

    Кривые разрежения для кефирного молока и кефирной закваски при уровне подобия 98%.

    4

    Кривые разрежения кефирного молока и кефирной закваски при уровне подобия 98%.

    Чтения последовательности были репрезентативными для четырех различных типов бактерий, то есть Firmicutes, Bacteriodetes, Proteobacteria и Actinobacteria . Firmicutes были доминирующим типом, составляющим 92% или более от общего числа последовательностей во всех образцах, в то время как остальные типы в совокупности составляли всего 3,7%, 3,2% и 0,2% считываний секвенирования в кефирном молоке, внутренней закваске. и внешнее стартовое зерно соответственно.Однако было очевидно, что состав субпопуляции Firmicutes в молоке и зерне сильно различается. Например, в общей сложности 2393 прочтения, связанных с кефирным молоком, были отнесены к семейству Lactobacillaceae (что соответствует 27% от общего числа назначенных последовательностей), в то время как большее количество Lactobacillaceae наблюдалось в коллективном закваске, что составляет 88 % (4287 прочтений) и 96% (3327 прочтений) от общего числа назначений для внутреннего и внешнего стартового зерна соответственно (рис.3). Хотя выходные данные мегана могли однозначно отнести последовательности такой длины к родовому уровню, дальнейшие ручные исследования необработанных попаданий взрывной волны, все с одинаковым битовым счетом, процентной идентичностью и e-значением (баллами), позволили классифицировать прочитанные назначения в виде числа. из Lactobacillus spp. подгруппы, включая Lactobacillus kefiranofaciens, Lactobacillus kefiri, Lactobacillus parabuchneri, Lactobacillus kefiranofaciens ssp. кефиргранум, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus acidophilus и Lactobacillus.паракефири . Кроме того, риды, соответствующие семействам Leuconostocaceae (в основном Leucoconstoc spp.) и семействам Clostridiaceae , следовали аналогичным закономерностям в том, что в целом было больше отнесений таксонов, соответствующих внутреннему кефирному зерну, чем внешнему или кефирному молоку. Назначения Leuconostocaceae составляли всего 0,1% от назначений во внутренней кефирной закваске, но снижались до неопределяемых уровней в кефирном молоке и на внешней поверхности.Назначения Clostridiaceae составляли 0,3% назначенных считываний для внешней закваски и увеличивались до 0,7% и 0,82% для кефирного молока и внутренней закваски соответственно. Напротив, Ruminococcaceae назначений увеличились с неопределяемых уровней в кефирном зерне (как внутри, так и снаружи) до 0,1% в кефирном молоке. Возможно, что локальные взаимодействия (как антагонистические, так и симбиотические), происходящие между микроорганизмами в непосредственной близости, способствуют относительным различиям в численности микробов в этих двух средах (Farnworth & Mainville, 2003).

    И наоборот, назначений Streptococceae (в состав которых входят стрептококки и лактококки) составляли всего 0,25% назначений таксонов (или 20 показаний) в коллективной кефирной закваске (включая внешние и внутренние), но на их долю приходилось 65% назначений (5673 прочтения). ) в образце кефирного молока. бластные хиты с таким же битовым счетом включали L. lactis, Lactococcus garvieae , а также некультивируемые видов Streptococceae и Lactococcus .Преобладание Streptococcaceae в кефирном молоке хорошо задокументировано (Rea et al. , 1996; Simova et al. , 2002; Witthuhn et al. , 2005). Предположительно, это связано с тем, что штамм Streptococceae более конкурентоспособен в молоке по сравнению с зерном, в окружающей среде вследствие их метаболических способностей и, возможно, в данном случае более эффективной продукции бактериоцина. Эти данные подтверждают предыдущие выводы, полученные с использованием традиционных подходов, о том, что микробиота кефирного продукта и его закваски может сильно различаться (Farnworth, 2005).Эти данные также согласуются с нашими культуральными исследованиями, демонстрирующими преобладание Lactococcus spp. в кефирном молоке (рис. 2а).

    В отношении популяции не- Firmicutes также имелся ряд примечательных особенностей. Тип Proteobacteria был второстепенным компонентом общего сообщества кефира, на долю которого приходилось всего 1,9% назначений во внутренней части закваски и 0,96% считываний последовательностей в кефирном молоке. Протеобактерии назначений не были обнаружены во внешней области заквасочного зерна. Уксуснокислые бактерии (подгруппа Proteobacteria ), иногда связанные с кефирным консорциумом, не были идентифицированы в ирландском кефирном сообществе, вместо этого Enterobacteriaceae были доминирующим семейством бактерий, составляющим 1,3% от общего числа назначений во внутреннем закваске и 1,67% читает в кефирном молоке. Pseudomonadaceae назначений соответствовали 0.35% и 0,63% назначенных показаний в кефирном молоке и закваске для внутреннего применения соответственно. Напротив, Pasteurellaceae составляли 0,45% от общего количества выделений во внутреннем зерне, но их количество снижалось до неопределяемых уровней во внешнем зерне и кефирном молоке. Напротив, содержание Alcaligenaceae выросло с неопределяемых уровней в кефирном зерне до 0,24% в кефирном молоке.

    Остальные типы, Bacteroidetes и Actinobacteria , также составляли незначительную часть кефирного сообщества, что в совокупности составляло 2.73%, 1,3% и 0,2% кефирного молока, внутренней закваски и внешней закваски соответственно. Из назначений Bacteroidetes Bacteriodaceae были преобладающим бактериальным семейством с 0,68% назначенных прочтений во внутренней закваске и 0,8% в кефирном молоке (рис. 3). Bacteroidetes не был обнаружен во внешнем сообществе закваски. Из Actinobacteria назначений Bifidobacteriaceae были единственным семейством бактерий, идентифицированным в коллективной кефирной закваске и кефирном молоке.Насколько нам известно, бифидобактерии ранее не были идентифицированы как часть сообщества кефира (Farnworth, 2005; Lopitz-Otsoa et al. , 2006). Здесь популяция Bifidobacterium составляла всего 0,2% от общего количества таксонов в коллективной закваске и 0,4% в кефирном молоке. Взрывные хиты с одинаковым битовым счетом включали Bifidobacterium breve, Bifidobacterium choerinum, Bifidobacterium longum и Bifidobacterium pseudolongum как в кефирной закваске, так и в кефирном молоке.Методы, зависящие от культуры, не смогли обнаружить видов Bifidobacterium ни в одном образце, что подчеркивает преимущества использования молекулярного подхода. Низкий процент прочтений, соответствующих Bifidobacterium spp. указывает на то, что другие молекулярные подходы, такие как DGGE или секвенирование по Сэнгеру, вероятно, также не смогли бы обнаружить эту субпопуляцию (Ercolini, 2004). Необходимы дальнейшие исследования с участием ряда различных зерен, чтобы установить, являются ли представители этого рода, обычно связанного с желудочно-кишечным трактом, частыми членами популяций кефирных зерен или это единичный случай.

    Интересно отметить, что при использовании традиционных подходов, зависящих от культуры, более чем 1000-кратная разница между предполагаемым Lactococcus (1,1 × 10 9 КОЕмл -1 ) по сравнению с предполагаемым Lactobacillus 6 (3,1 × 10 9 КОЕмл -1 × 10 5 CFUmL -1 ) популяций (рис. 2а). Однако данные секвенирования показали, что разница между Streptococcaceae и Lactobacillaceae различается менее чем в три раза.Эта резкая разница между данными культивирования и результатами секвенирования, скорее всего, отражает сложные симбиотические отношения, наблюдаемые в кефирном сообществе (Farnworth & Mainville, 2003). Вполне вероятно, что ряд лактобацилл, присутствующих в этом сообществе, нельзя культивировать с использованием стандартных сред и реагентов, что приводит к неточному представлению всего сообщества.

    «> Благодарности

    Авторы благодарят Фиону Фуи за техническую помощь. Эта работа была поддержана Научным фондом Ирландии, финансируемым Центром науки, техники и технологий, Пищевым фармакологическим центром (APC).

    jQuery(document).ready(function($) { $.post('https://osteohondroz24.ru/wp-admin/admin-ajax.php', {action: 'wpt_view_count', id: '26244'}); });

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.