Стол 13 по певзнеру: Страница не найдена |

Содержание

Диета при острых инфекционных заболеваниях

Показания:

острые инфекционные заболевания.

Цель назначения диеты № 13: поддержание общих сил организма и повышение его сопротивляемости инфекции, уменьшение интоксикации, щажение органов пищеварения в условиях лихорадочного состояния и постельного режима.

Общая характеристика диеты № 13: диета пониженной калорийности за счет жиров, углеводов и в меньшей степени — белков; повышено содержание витаминов и жидкостей. При разнообразии продуктового набора преобладают легкоперевариваемые, не способствующие метеоризму и запорам продукты и блюда. Исключены источники грубой клетчатки, жирные, соленые, трудноперевариваемые продукты и блюда. Пищу готовят в рубленом и протертом виде, варят в воде или на пару. Блюда подают горячими (не ниже 55-60 град. С) или холодными (не ниже 12 град. С).

Химический состав и калорийность диетического стола № 13: углеводы — 300-350 г (30% легкоусвояемые), белки — 75-80 г (60-70% животные, особенно молочные), жиры — 60-70 г (15% растительные), калории — 2200—2300 ккал, натрия хлорид — 8-10 г (увеличивают при сильном потении, обильной рвоте), свободная жидкость — 2 л и больше.

Режим питания при диете № 13: 5-6 раз в день небольшими порциями.

Рекомендуемые и исключаемые продукты и блюда:

— хлеб и мучные изделия. Хлеб пшеничный из муки высшего и 1-го сорта, подсушенный или сухари; сухое несдобное печенье и бисквит. И с к л ю ч а ю т: ржаной и любой свежий хлеб, сдобу, выпечные изделия;

— супы. Некрепкие обезжиренные мясные и рыбные бульоны с яичными хлопьями, кнелями; суп-пюре из мяса; слизистые отвары из крупы с бульоном; супы на бульоне или овощном отваре с разваренной манной, рисовой, овсяной крупой, вермишелью, разрешенными овощами в виде пюре. И с к л ю ч а ю т: жирные бульоны, щи, борщи, супы из бобовых, пшена;

— мясо и птица. Нежирные сорта. Мясо зачищают от жира, фасций, сухожилий, кожи (птица). В мелкорубленном виде: паровые блюда из говядины, кур, индеек; отварные — из телятины, цыплят, кроликов. Суфле и пюре из отварного мяса; котлеты, фрикадельки паровые. И с к л ю ч а ю т: жирные сорта, утку, гуся, баранину, свинину, колбасу, консервы;

— рыба. Нежирные виды. Кожу удаляют. Отварные, паровые в виде котлетной массы или куском. И с к л ю ч а ю т: жирные виды, соленую, копченую рыбу, консервы;

— молочные продукты. Кефир, ацидофилин и другие кисломолочные напитки. Свежий творог и блюда из него (паста, суфле, пудинг, сырники паровые), сметана 10-20% жирности. Тертый сыр. Молоко, сливки добавляют в блюда. И с к л ю ч а ю т: цельное молоко и сливки, жирную сметану, острый, жирный сыр;

— яйца. Всмятку, паровые, белковые омлеты. И с к л ю ч а ю т: яйца вкрутую и жареные;

— крупы. Протертые, хорошо разваренные полужидкие и полу вязкие каши с добавлением бульона или молока, паровые пудинги и суфле из манной крупы, риса, молотой гречневой и геркулеса (или каши протирают). Отварная вермишель. И с к л ю ч а ю т: пшено, перловую, ячневую, кукурузную крупы, бобовые, макароны;

— овощи. Картофель, морковь, свекла, цветная капуста в виде пюре, суфле, паровых пудингов. Ранние кабачки и тыкву можно не протирать. Спелые томаты.

И с к л ю ч а ю т: белокочанную капусту, редис, редьку, лук, чеснок, огурцы, брюкву, бобовые, грибы;

— закуски. Заливное из протертого мяса, из рыбы. Икра. Форшмак из вымоченной сельди. И с к л ю ч а ю т: жирные и острые закуски, копчености, консервы, салаты из овощей;

— плоды, сладкие блюда и сладости. В сыром виде очень спелые. Мягкие фрукты и ягоды сладкие и кисло-сладкие, чаще протертые; печеные яблоки; пюре из сухофруктов; кисели, муссы, протертые компоты, самбуки, желе; крем и кисель молочные; меренги, снежки с киселем. Сахар, мед, варенье, джем, пас гида. мармелад. И с к л ю ч а ю т: плоды, богатые клетчаткой, с грубой кожицей, шоколад, пирожные;

— соусы и пряности. Белый соус на мясном бульоне, овощном отваре; молочный, сметанный, вегетарианский кисло-сладкий, польский. Муку для соуса подсушивают. И с к л ю ч а ю т: острые, жирные соусы, пряности;

— напитки. Чай с лимоном, чай и кофе некрепкие с молоком. Разбавленные соки фруктов и ягод, овощей; отвар шиповника и пшеничных отрубей, морсы.

И с к л ю ч а ю т: какао;

— жиры. Сливочное масло в натуральном виде и в блюда. До 10 г рафинированного растительного масла в блюда. И с к л ю ч а ю т: другие жиры.

Примерное меню диеты № 13.

Первый завтрак: каша манная молочная, чай с лимоном.

Второй завтрак: яйцо всмятку, отвар шиповника.

Обед: суп овощной протертый на мясном бульоне (½ порции), биточки мясные паровые, каша рисовая (½ порции), компот протертый.

Полдник: яблоко печеное.

Ужин: рыба отварная, картофельное пюре (½ порции), разбавленный фруктовый сок.

На ночь: кефир.

P.S. Перед переходом на лечебную диету обязательно проконсультируйтесь с врачом!

Вконтакте

Одноклассники

Facebook

Twitter

E-mail

Pinterest

Диета по Певзнеру - системы лечебного питания, меню, столы

Мануил Исаакович Певзнер – основатель советской лечебной диетологии. Диета по Певзнеру – это 15 систем питания, которые имеют еще несколько подкатегорий. Каждый из этих рациоvb[нов используется при лечении определенных заболеваний организма, но не является основным лечением, выступая сопутствующей методикой оздоровления организма.

Перечень диет Певзнера:

Каждая из диет по Певзнеру имеет свои ограничения в виде списков разрешенных и запрещенных продуктов и правил применения.

Список 15 столов и их дополнительных подгрупп распределяется исходя из заболеваний, при лечении которых должна помочь каждая диета. Это и заболевания ЖКТ, печени, мочевыводящих путей и почек, сердечно-сосудистой и нервной системы. Есть также отдельные столы для больных ожирением и сахарным диабетом второго типа, туберкулезом.

Интересно, что изначально диеты по Певзнеру разрабатывались для заведений общепита, санаториев и больниц.

«Индивидуальное лечебное питание, — писал сам Мануил Певзнер, — удовольствие дорогое, недоступное для большинства людей, находящихся в санатории или в больнице. А для тысяч и миллионов людей в то время можно было предложить лишь «групповое» питание, ориентированное «на болезнь, а не на конкретного больного».

Таким образом в наше время, когда практически каждый больной после выписки на амбулаторное лечение может позволить себе индивидуальную диету, рекомендации Певзнера следует применять с учетом этих данных. Большее разнообразие продуктов и блюд, а также рацион, который коррелирует с твоими личными предпочтениями в пище, поспособствуют скорейшему выздоровлению.

Идеальная диета: цели питания по Певзнеру

Мануил Певзнер посвятил более 30 лет своей жизни разработке системы столов лечебного питания. В его наработки включен не только личный опыт, но и клинические исследования медиков Германии, Австрии, Франции.

Сам диетолог всегда подчеркивал, что его диеты не могут заменить полноценного лечения при заболеваниях любой из систем. Но они в состоянии облегчить выздоровление и помочь убрать причины болезни, используя по минимуму медикаменты. Кроме того, система столов по Певзнеру — настоящая находка для людей с хроническими заболеваниями, ведь специальная диета делает их жизнь значительно комфортнее.

Вот каким видел идеальный рацион питания сам Мануил Исаакович Певзнер (выдержка из книги диетолога «Основы лечебного питания»):

«Лечебное питание должно удовлетворять следующим требованиям:

  • Не только поддерживать силы больного, но и являться лечебным средством.
  • Влиять на клиническую картину болезни, характер патологического процесса и темпы развития последнего.
  • Действовать на регуляторные механизмы и являться терапией нейрогуморальной и конституциональной.
  • Влияя на реактивную способность организма и его предрасположение к воспалительным процессам, не только повышать эффективность других терапевтических факторов, но и уменьшать склонность к рецидивам при хронических заболеваниях.
  • Являться самодовлеющим терапевтическим фактором при ряде заболеваний.
  • Быть эффективным в тех случаях, когда другие методы лечения не помогали.
  • Применяться при всех без исключения заболеваниях, так как химические ингредиенты пищи участвуют в процессах межуточного обмена, нарушения которого имеют место при всех заболеваниях.
  • Быть обязательным фоном, на котором применяются другие терапевтические факторы.
  • Назначаться с профилактической целью при диспансеризации населения в тех случаях, когда болезнь протекает скрыто.
  • Служить профилактической мерой против перехода острых заболеваний в хронические.
  • При периодическом назначении на короткое время задерживать дальнейшее развитие хронической болезни и появление рецидивов.
  • Закреплять положительный результат той или другой терапии».

Общие рекомендации для диетических столов по Певзнеру

Кроме индивидуальных запретов, которые существуют для каждого стола, есть ряд общих рекомендаций, которых придерживался М. Певзнер. Основаны они на его личном опыте диетолога и врачебных убеждениях.

1. Так, из воспоминаний коллег Мануила Исааковича узнаем о его нелюбви к специям. «Певзнер решительно выступал против применения пряностей и приправ в советской кухне, как возбуждающих и вредных», — пишут они. Максимум приправ, дозволенных к приему, ограничивался солью и черным перцем.

2. Также настоящим слом советский диетолог считал жареные блюда: «…яростно проклинал все жареные блюда и рекомендовал их приготавливать, в крайнем случае, на сливочном масле или маргарине».

3. Третья особенность всех систем питания по Певзнеру — учет состава потребляемых блюд. Мануил Певзнер и его последователи были первыми в советской диетологии, кто ратовал за формальный подход к оценке пищи и предлагал просчитывать, сколько в ней содержится жиров, белков, углеводов и минеральных солей.

4. Певзнер считал, что важнейшую роль в лечении и поддержании больных с хроническими заболеваниями играют минеральные соли и витамины. Потреблять их органичнее всего из сырых овощей, фруктов и ягод, утверждал диетолог. При заболеваниях ЖКТ, когда ни один из этих продуктов не мог быть введен в меню, Певзнер предлагал свежевыжатые скои.

Диета по Певзнеру: стол № 1

Этот рацион используется при лечении заболеваний двенадцатиперстной кишки и желудка, преимущественно на начальных стадиях.

Он позволяет минимизировать проявления язвы, гастрита. Основу меню при диете 1 составляют молокопродукты, овощные супы, каши. Запрещается прием горячей и холодной пищи, которая способна вредить стенкам кишечника. Придерживаться такого режима питания можно не более 2-х недель. Суточное количество потребляемых из пищи калорий должно составлять 2400-2600 кКал.

Диета по Певзнеру: стол № 2

Используется этот рацион при лечении болезней печени и ЖКТ. В основе рациона нежирные супы и бульоны. Исключить необходимо употребление продуктов и блюд, содержащих сахар, во избежание сахарного диабета.

Диета по Певзнеру: стол № 3

Этот рацион показан при запорах, которые чаще всего бывают следствием неправильного питания. Запоры же, свою очередь, способны привести к еще одной серьезной проблеме – аритмии. Чтобы нормализовать пищеварительный процесс, в пищу нужно употреблять яйца, мясо нежирных сортов, овощи, творог, кефир.

Диета по Певзнеру: стол № 4

Назначается этот режим питания при кишечных болезнях.

Употреблять в рамках этого режима питания следует теплую пищу, преимущественно отварные овощи, пюре, каши. Принимать еду нужно необильными порциями 6 раз/день.

Диета по Певзнеру: стол № 5

Диета номер 5 используется она при проблемах с печенью и после операции по удалению желчного пузыря. Из рациона нужно исключить острые, копченые блюда, маринованные продукты, кислые овощи, ягоды и фрукты, грибы, жирное мясо и рыбу, алкогольные напитки.

В меню необходимо включить молокопродукты, некислые овощи, ягоды, фрукты, белковую пищу, супы, бульоны, приготовленные на овощных бульонах либо на нежирном мясе.

Диета по Певзнеру: стол № 6

Показаниями к применению этого режима питания являются почечнокаменная и мочекаменная болезни. В его правила входит шестиразовый прием пищи небольшими порциями. Исключить из меню нужно колбасу, копченые продукты, мучные, сдобные, сладкие изделия. Употреблять в пищу рекомендуется фрукты, ягоды, овощи, кисломолочные продукты.

Диета по Певзнеру: стол № 7

Уместно использование стола №7 питания при почечных заболеваниях, в частности, при нефрите. Этот рацион называют еще «почечной» диетой. Суточная норма потребления калорий составляет минимум 3500 кКал, а принимать еду нужно 5-6 раз/день. Важным правилом при составлении меню является минимизация потребления соли – в день рекомендуется потреблять максимум 2-3 г соли. Если у тебя повышенное артериальное давление, соль исключи вообще. Количество жидкости, потребляемое в сутки, не должно превышать 1 л.

Исключи из рациона бобовые, жирную рыбу и мясо, маринованные продукты, копчености, острые продукты, консервации, колбасу.

Диета по Певзнеру: стол № 8

Целесообразно прибегнуть к этой диете при ожирении. Из рациона исключаются сладости, газированные напитки, хлеб из белой муки, жирное мясо, все высококалорийные продукты и блюда. Использовать этот режим питания можно даже для детей, у которых есть лишний вес.

Диета по Певзнеру: стол № 9

Используется она при начинающемся сахарном диабете. Пища принимается 6 раз/день маленькими объемами. В меню должны входить огурцы, помидоры, нежирная рыба, нежирный творог, капуста, соусы на основе грибов.

Диета по Певзнеру: стол № 10

Показание к ее применению (ссылка на подробное меню) – сердечно-сосудистая недостаточность. Суточная норма потребляемых калорий должна составлять около 2000 кКал. Исключить из меню необходимо кондитерские, сдобные, сладкие изделия, полуфабрикаты, фаст-фуд, спиртные и газированные напитки.

Диета по Певзнеру: стол № 11

Рекомендуется применять при борьбе с туберкулезом, а также во время беременности для повышения уровня гемоглобина. В рамках диеты 11 по Певзнеру нужно насытить меню фруктами, овощами, кашами, молокопродуктами, нежирными сортами мяса, рыбы.

Диета по Певзнеру: стол № 12

Используется этот стол при устранении проблем с нервной системой. Из меню исключаются спиртные напитки, кофе, жирные, жареные, острые блюда. В рацион нужно включить сухофрукты, яйца, молокопродукты с низким процентом жирности. Суточная норма калорийности при диете 12 составляет 2300-2400 кКал.

Диета по Певзнеру: стол № 13

Назначается при борьбе с инфекционными заболеваниями. Суточная норма калорий – 2200 кКал. Из меню исключаются жареные, тушеные, запеченные блюда.

Диета по Певзнеру: стол № 14

Применяется при лечении мочекаменной болезни. Суточная норма калорий – 2700-3100 кКал. В день необходимо потреблять 100 г белков, 100 г жиров, 400 г углеводов. Пища принимается 4 раза/день, а способ ее приготовления может быть любым.

Диета по Певзнеру: стол № 15

Разработан для пациентов (ссылка на стол №15), которые выходят из диеты и возвращаются к обычному рациону. В меню включаются фрукты, овощи, яйца, каши, бульоны.

Желательно, чтобы диета по Певзнеру назначалась врачом в зависимости от состояния пациента. А ты когда-нибудь прибегала к подобным режимам питания? Интересны твои комментарии.

Мнение редакции может не совпадать с мнением автора статьи.

Полезная диета. 15 «столов», разработанных учёными, по-прежнему актуальны | Правильное питание | Здоровье

У меня много знакомых, которые испытывают на себе заграничные новинки – диеты. Взахлёб рассказывают о достоинствах очередной, потом про неё забывают и садятся на другую. Но возможно ли так, чтобы полезная диета была одна на всех?

Валерия Ч., Москва

Всё больше становится тех, кто изводит себя многочисленными диетами: кремлёвская, голливудская, японская, гречневая, кефирная, капустная, на супе, на соках… 

В Роспотребнадзоре не советуют особо мудрить, поскольку главное правило здорового питания учёные сформулировали давным-давно: сколько человек получил энергии с пищей – столько и должен потратить. А в подборе конкретных продуктов следует учитывать состояние здоровья и при наличии заболеваний согласовать рацион с врачом-диетологом.

Глава Роспотребнадзора Анна Попова абсолютно уверена: «Быть здоровым должно быть модно, при этом надо в первую очередь думать, какую пользу приносят продукты из вашего рациона. Федеральный проект «Укрепление общественного здоровья» нацпроекта «Демо­графия» как раз предусматривает создание в нашей стране среды, которая будет способствовать ведению здорового образа жизни, включая здоровое питание».

Кстати, в ХХ веке един­ственной страной, где на государственном уровне занимались здоровым питанием, был Советский Союз. В 1930 году в СССР создан Институт питания, который и разработал сбалансированный рацион для людей разного состояния здоровья. Именно советские диетологи внедрили трёхразовое питание, горячие завтраки и обед из трёх блюд плюс компот.

Учёными под руководством Мануила Певзнера созданы знаменитые «столы» – диеты. Продукты поделили не на полезные и вредные, а на подходящие и неподходящие с учётом здоровья – в диетах они стали разрешёнными и запрещёнными.  

А суточное меню при этом должно быть дробным: принимать пищу нужно от 4 до 6 раз в день.

Общее для всех 15 столов – это исключение из рациона газировок, алкоголя и острых блюд.

Стол № 1. При язве желудка и двенадцати-перстной кишки

Разрешены протёртые супы, блюда, приготовленные на пару или сваренные. Белый чёрствый хлеб, молоко и молочные продукты, кисели.

Среди запрещённых в этой диете продуктов красная и белокочанная капуста, лук, чеснок, редис, репа, редька, брюква, шпинат, щавель, грибы, сырые яйца, мясные, грибные, рыбные отвары, чёрный хлеб, сдобная выпечка, бобы, горох, чечевица, фасоль, пшено.

Стол № 2. При атрофическом гастрите и колитах

Кулинарная обработка пищи разнообразная, но блюда подаются в измельчённом виде, от 15 до 60 °С.

Запрещённые продукты: жирная рыба и мясо, сало, мороженое, горячие и холодные напитки, тёплая сдоба, шоколад, изделия с кремом, инжир, финики, бобовые, редис, редька, болгарский перец, грибы, чеснок, лук, ягоды с грубой кожурой и зёрнами, виноградный сок, квас, маринады и соленья, копчёности, консервы.

Стол № 3. При хроническом воспалении кишечника с запорами

Продукты измельчённые, большое количество овощей и фруктов, кефир, чернослив, компоты, подсушенный хлеб.

Запрещены свежий пшеничный хлеб, сдобная и слоёная выпечка, волокнистое мясо (утятина, гусятина), мясные консервы и копчёности, солёная и копчёная рыба, вермишель, манная и рисовая крупа, чеснок, лук, редис, редька, грибы, кремы, шоколад, конфеты, кисели, кизил, черника, айва, смородина, крепкий чай и кофе.

Стол № 4. При болезнях кишечника, сопровождающихся поносом

Супы на слабом бульоне с рисовой или манной крупой и протёртым мясом, рисовая, гречневая каши на нежирном бульоне или воде. Нежирное мясо. Варёные или паровые блюда.

Запрещены хлебобулочные изделия, любые виды закусок, супы на жирных и крепких бульонах, жирные мясо и рыба, копчёности, консервы, молочные продукты, ячневая и перловая крупы, пшено, бобовые, сырые ягоды и фрукты, любые сладости, какао и кофе.

Стол № 5.

При заболеваниях желчных путей и печени

Еда не должна быть холодной. Умеренное ограничение соли. Блюда варёные, печёные, тушёные. Кисломолочные продукты, хлеб ржаной и отрубной, а пшеничный – подсушенный.

Запрещается употреблять жирные блюда, в т. ч. оливки, сало, свинину, язык, почки, а также бобовые, сдобу, соленья, маринады и копчёности, консервы, черный кофе, какао, шоколад.

Стол № 6. При мочекаменной болезни и подагре

Исключение продуктов с большим содержанием пуринов и щавелевой кислоты, ограничение соли. Мясо и рыба – только 2–3 раза в неделю в варёном виде (первый бульон слить). Температура блюд – от 15 до 60 °С.

Запрещены рыбные, мясные, куриные навары и экстракты, жирные сорта рыбы и мяса, субпродукты, копчёности, солёная рыба, консервы, свиной и говяжий жир, щавель, шпинат, бобовые, малина, цветная капуста, инжир, какао, шоколад, крепкий кофе и чай.

Стол № 7. При хроническом и остром нефрите и почечной недостаточности

Блюда на пару или на воде, тёплые. Ограничение соли.

К употреблению запрещены грибы, жиры, маринады и соленья, копчёности, бульоны, консервы, выпечка с содой и масляными кремами, кофе и крепкий чай, какао, шоколад.

Стол № 8. При ожирении

Ограничение калорийности до 1600–1700 ккал и соли. Овощи, фрукты, мясо, рыба, нежирный творог. Полезные жиры растительного происхождения: орехи, оливковое масло.

Запрещены дрожжевая и слоёная выпечка, хлебобулочные изделия из муки первого и высшего сорта, манная крупа, молочные продукты с жирностью больше 10%, бобовые, макаронные изделия, колбасы, жирное мясо, сало, наваристые овощные и мясные бульоны, хурма, бананы, соусы, маринады, кондитерские изделия, шоколад, какао, крепкий кофе, кисель, мёд.

Стол № 9. При сахарном диабете

Особенно важно соблюдать режим питания: маленькие порции каждые 3 часа. Ограничение углеводов, белка и соли, исключение сахара.

Запрещены изделия из слоёного и сдобного теста, жирные, крепкие буль­оны, рис, манная крупа, макаронные изделия, жирные мясо и рыба, гусь, утка, консервы, копчёности, солёная рыба, икра, маринады и соленья, изюм, виноград, бананы, инжир, финики, соки из сладких фруктов и ягод, конфеты и кондитерские изделия.

Стол № 10. При заболеваниях сердечно-сосудистой системы

Вегетарианские супы с крупами, картофелем, овощами, свекольник, молочные и фруктовые супы, отварные или запечённые овощи, нежирные мясо и рыба, свежие фрукты и ягоды, молоко и молочные продукты, но сметану, сливки и сыр нужно ограничить.

Запрещены жирные мясо и рыба, утка, гусь, копчёности, колбасы, икра, консервы, бобовые, маринады и соленья, редька, щавель, шпинат, грибы, лук, редис, чеснок, изделия из слоёного и сдобного теста, свежий хлеб, оладьи, блины, кофе, какао и шоколад.

Стол № 11. При туберкулёзе, пневмонии, анемии и истощённом состоянии после травм и операций

Продукты, богатые железом и белком. Жарка не запрещается, но не рекомендуется: полезнее щадящая термическая обработка. Овощи, фрукты, ягоды, свежая зелень, свежевыжатые соки. Творог, сыр, яйца, мёд, варенье.

Запрещены жирные мясо и рыба, консервы, солёные сыры, пирожные и торты с обилием крема.

Стол № 12.

При заболеваниях нервной системы

Увеличено потребление продуктов, насыщенных фосфорными солями, – молочка, печень, бобовые. Нежирные мясо и рыба, овощи, фрукты и ягоды. Вчерашний или подсушенный хлеб, сухофрукты, мёд, варенье, зефир, пастила, не шоколадные конфеты.

Запрещены жирные мясо, рыба и бульоны, пряности, какао и шоколад, крепкий чай и кофе.

Стол № 13. При острых инфекционных заболеваниях

Нежирные бульоны, мясо и рыба, вермишель, разваренные каши с добавлением молока или бульона, подсушенный пшеничный хлеб, кисломолочные продукты и творог, сладкие и кисло-сладкие фрукты и ягоды, сахар, мёд, джем, варенье, мармелад.

Запрещённые продукты: жирные бульоны и супы, пшено, перловка, бобовые и макароны, грибы, капуста, редис, редька, чеснок, огурцы, молоко, сливки и жирная сметана, пирожные и сдоба.

Стол № 14. При болезнях почек и нарушениях фосфорно-кальциевого обмена

Еда не должна быть слишком горячей или холодной. В способах приготовления блюд особых ограничений нет. Самые полезные продукты – которые помогают поддерживать кислую среду: мясо, рыба, хлеб, крупы и макаронные изделия.

Под запретом пища, содержащая много кальция и обладающая ощелачивающим действием: копчёности, консервы, молочные продукты, овощи, соленья, сдоба, соки.

Стол № 15. При состояниях, не требующих особых диет

Эта диета помогает перейти к привычному рациону после болезни. Поэтому блюда должны быть богаты витаминами, белками и минералами.

Запрещено жирное, в т. ч. мясо и рыба, колбасы, сыры, а также сметана и творог с высокой жирностью.

Мнение эксперта

Ведущий научный сотрудник ФИЦ питания и биотехнологий Алла Погожева:

– Проблема новомодных диет в том, что они несбалансированные – в них исключаются или резко ограничиваются либо белки, либо жиры, либо углеводы, а это приводит к различным нарушениям обмена веществ. Сбалансированную диету, т. е. ту, в которой в определённом количестве содержатся все необходимые организму элементы, может назначить врач-диетолог.

Смотрите также:

Питание | Санаторий Родник

В санатории Родник огромное значение уделяется качественному питанию отдыхающих. Именно с помощью нормализации процесса питания решается большое количество существующих проблем со здоровьем. Правильное и полезное питание поможет существенно дополнить лечебный процесс. А в случае, если человек нарушает сбалансированный, здоровый режим питания, у него возможны обострения существующих хронических заболеваний.

В лечебно-профилактическом учреждении «Родник» применяются все лечебные диеты (от 1 до 15), которые в свое время разработал М.И. Певзнер, известный терапевт. Диетическое питание учитывает и в полной мере удовлетворяет потребности организма пациентов в белках, углеводах, жирах, а также витаминах и минералах. Заказное семидневное сезонное меню представляет собой сочетание полезных и вкусных блюд.

Завтрак в санатории Родник организован по системе «шведский стол». Обед и ужин подаются по заказному меню. Элементом «шведского стола» являются салаты. Питание трехразовое + кефир на ночь. Для детей до 14 лет питание четырехразовое. Пятиразовое питание только по назначению врача. Можно заказать раздельное питание.

Рациональная организация приготовления пищи неразрывно связана с соблюдением технологического и санитарно-гигиенического режима и правильной организации труда. Пищеблок санатория полностью укомплектован полным набором современного технологического оборудования, что является немаловажным фактом для качества обслуживания.

В здравнице работают высококвалифицированные повара, любящие свое дело и занимающиеся им от души. Поэтому и блюда, приготовленные на кухне санатория, полезные и отличаются изумительным вкусом. Тем более, что пища готовится из самых свежих продуктов, которые закупаются у проверенных поставщиков. Благодаря команде профессионалов, питание в санатории отвечает всем требованиям здорового образа жизни.

Главный обеденный зал санатория Родник представляет собой просторное помещение площадью 500 м2, рассчитанное на 326 посадочных мест. В нем комфортно размещаются отдыхающие здравницы. Для гостей санатория, проживающих в номерах «Люкс» питание предусмотрено в отдельных залах. Грамотно подобранное и сбалансированное меню позволяет восстановить здоровье и вернуть хорошее самочувствие, а также дарит заряд энергии.

Для юных гостей санатория разработано детское меню с разумным чередованием мясных и рыбных блюд, молочными продуктами, сезонными фруктами и овощами. Рекомендации по назначению диетического питания осуществляет лечащий врач в индивидуальном порядке, учитывая заболевания пациента. Вашему вниманию приводится нумерация диет и информация о заболеваниях, при которых они применяются.

Таблица диет по Певзнеру

Диета

Показания

Стол № 1

Затихание обострения язвенной болезни, на протяжении 6-12 мес. после обострения, а также при гастритах с повышенной кислотностью

Стол № 1а

Обострения язвенной болезни, обострения хронического гастрита с повышенной кислотностью

Стол № 1б

Затихание обострения язвенной болезни и хронических гастритов с повышенной кислотностью

Стол № 2

Хронические гастриты с пониженной кислотностью или при ее отсутствии, хронические колиты (вне обострения)

Стол № 3

Атонические запоры

Стол № 4

Острые заболевания кишечника и обострения в период продолжающегося поноса

Стол № 4а

Колиты с преобладанием процессов брожения

Стол № 4б

Хронические колиты в стадии затухающего обострения

Стол № 4в

Острые заболевания кишечника в период выздоровления как переход к рациональному питанию; хронические заболевания кишечника в период затухания обострения, а также вне обострения

Стол № 5

Заболевания печени, желчного пузыря, желчевыводящих путей вне стадии обострения

Стол № 5а

Хронические панкреатиты

Стол № 6

Подагра, почечнокаменная болезнь с отхождением камней, состоящих преимущественно из уратов

Стол № 7

Хронические заболевания почек с отсутствием явлений хронической почечной недостаточности

Стол № 7а

Острые почечные заболевания (нефрит острый или его обострения)

Стол № 7б

Затихание острого воспалительного процесса в почках

Стол № 8

Ожирение как основное заболевание или сопутствующие при других болезнях, не требующие специальных диет

Стол № 9

Сахарный диабет средней и легкой тяжести

Стол № 10

Заболевания сердечно-сосудистой системы с недостаточностью кровообращения степени I-IIA

Стол № 11

Туберкулез легких, костей, лимфатических узлов, суставов при нерезком обострении или затухании, истощение после инфекционных болезней, операций, травм

Стол № 12

Функциональные заболевания нервной системы

Стол № 13

Острые инфекционные заболевания

Стол № 14

Мочекаменная болезнь (фосфатурия)

Стол № 15

Различные заболевания, не требующие специальных лечебных диет

Диетические столы (лечебные диеты) № 1-15 по Певзнеру

Диетические столы лечебного питания были разработаны одним из ведущих основоположников диетологии и гастроэнтерологии в СССР профессором М. И. Певзнером. Диеты, распределенные по лечебным столам, представляют собой систему питания, направленную на усиление комплексного лечения различных заболеваний. Она нашла широкое распространение и внедрялась в больницах, клиниках, санаториях, оздоровительных учреждениях. Также диеты назначали пациентам при выписке из лечебных заведений, которым им следовало придерживаться в течение определенного промежутка времени, который зависел от недуга пациента.

Система состоит из 15 столов лечебного питания, которые соответствуют определенным группам болезней. Столы, кроме номера, также имеют категорию, которая обозначается буквой. Категория указывает на стадию или период течения процесса заболевания – обострение, затухающее обострение, выздоровление.

Показания к назначению стола лечебного питания

Диета №1, 1а, 1б – язва желудка и двенадцатиперстной кишки;

Диета №2 – колиты, гастриты, в том числе и атрофический;

Диета №3 – нарушение перистальтики кишечника и частые запоры;

Диета №4, 4а, 4б, 4в – болезни, связанные с разжижением стула;

Диета №5, 5а, 5п, 5щ – болезни печени и желчевыводящих путей;

Диета №6 – заболевания мочевыделительной системы, подагра;

Диета №7,7а,7б, 7в, 7г – нефрит в хронической и острой форме, ХНП;

Диета №8 – лишний вес и ожирение разной степени;

Диета №9 – сахарный диабет всех типов;

Диета №10 – болезни сердца и сосудов;

Диета №11 – туберкулез;

Диета №12 – заболевания нервной системы;

Диета №13 – инфекционные заболевания в острой форме;

Диета №14 – камни в почках;

Диета №15 – болезни, которые не требуют соблюдения специальных диет.

Система столов по Пензеру не является заменой основному лечению, но она способна значительно облегчить жизнь и ускорить процесс выздоровления.

Основные рекомендации для составления меню всех диетических столов

  • отсутствие приправ, исключение составляют только соль и черный перец в небольшом количестве;
  • недопустимость жареных блюд;
  • просчет белков, жиров, углеводов и минеральных солей, входящих в состав приготовленного блюда;
  • предпочтение сырым овощам и фруктам перед свежевыжатыми соками.

Главные требования к лечебному питанию

  • кроме поддержания жизненных сил являться лечебным средством;
  • играть не последнюю роль в показателях клинического развития болезни;
  • влиять на регуляторные механизмы и оказывать нейрогуморальную и конституциональную терапию; 
  • увеличивать эффективность терапевтических факторов, снижать вероятность рецидивов при хронических формах заболеваний;
  • при скрытом течении болезни обязательно придерживаться диеты для профилактики.

Диетические столы от #когдаеда?

Мы предлагаем диетические лечебное питание для:

  • больниц, клиник, стационаров,
  • санаторно-курортного отдыха,
  • лечебных заведений.

Наши блюда отвечают всем медицинским требованиям и приготовлены из высококачественных продуктов.

диета при инфекциях и воспалениях

Лечебное питание, разработанное доктором Певзнером, известно, как «столы Певзнера». Всего их 15, каждый ориентирован на определенные показания и диагностированные заболевания. Выбирает номер диеты и назначает ее лечащий врач. Он же выявляет продолжительность питания. Каждый диетический стол включает список запрещенных и разрешенных продуктов, общие рекомендации по приготовлению, также режим. Стол №13 разработан для больных, перенесших недавно инфекционные заболевания. Организм нуждается в скорейшем восстановлении сил и укреплении иммунитета.

Общая характеристика

Особый режим, позволяет активировать внутренние механизмы детоксикации, скрытые в организме, укрепить иммунитет и усилить уровень сопротивляемости. Одновременно поддержать работу ЖКТ в период реабилитации. Стол №13 полноценный, в нем отсутствуют строгие ограничения, что упрощает использование методики на практике.

Калорийность
(Ккал)

Белки
(грамм)

Жиры
(грамм)

Углеводы
(грамм)

Поваренная соль
(грамм)
Жидкость
(литр)

230080
(60% – животного происхождения)
60-70300-3508-10
2-3
(при рвоте или потоотделение)
2
1,5
(рвота, диарея)

Кратность потребления еды в сутки – 5-6 раз, т.е. рекомендовано дробное питание. Когда человек ест часто, но небольшими порциями.

Приготовление – отваривание или на пару.

В меню используются легко усваиваемые продукты, не вызывающие у больного диарею или запоры. Свежие овощи/фрукты следует измельчить до состояния однородной массы.

Температура всех подаваемых блюд – 70-80 градусов, не желательно делать слишком холодные или наоборот, горячие.

Показания

Стол №13 назначается пациентам, проходящим реабилитацию после заболеваний:

  • инфекционно-воспалительных различных патологий легких, гортани или трахеи;
  • ларингита, фарингита;
  • бронхита – острая форма;
  • тонзиллита – острая форма;
  • воспаления легочных тканей;
  • других патологий инфекционно-воспалительных, сопровождающихся осложнениями в виде общей интоксикации, слабостью, болями и повышением температуры.

Продолжительность использования лечебного питания определяется специалистом. Средний срок – 2 недели. Главная задача – быстрее восстановить силы больного, подорванные длительным заболеванием. Особенный упор делается на иммунитет.

Лихорадочного больного нельзя кормить только днем, ему требуется полноценное питание. Самые большой из приемов пищи рекомендуется давать во время снижения температуры, когда у человека самого появляется аппетит и желание поесть. Часто больные, страдающие повышенной температурой, ночами бодрствуют, этим тоже следует пользоваться и давать им еду.

Список разрешенных и запрещенных продуктов

Меню допускается составлять индивидуальное, учитывает пожелания больного. С учетом данных таблицы ниже. Следует сохранить ее и использовать как шпаргалку.

Группы продуктовМожноНельзя
Хлеб, выпечкаПшеничный несвежий, сделанный из муки только 1 и высшего сортов. Желательно подсушенный.
Сухари
Несдобное подсушенное печенье
Бисквит
Ржаной, обычный, любой свежий.
Все разновидности сдобы – булочки, рогалики и прочее, сдобное тесто.
Первые блюдаОбезжиренные легкие мясные, куриные или рыбные бульоны. С добавлением кнели или яичных хлопьев.
Мясной суп-пюре
Слизистые (тягучие) крупяные отвары, овощные супы с добавлением разваренной крупы – манной, овсяной или рисовой (кроме пшена), вермишелевые.
Овощные супы-пюре из разрешенных овощей.
Жирные наваристые бульоны, щи, пшеничные супы, бобовые (как гороховые), борщи.
МясоБольшинство нежирных сортов – филе, на кости, фасции, кожа.
Кусочки мело нарубленные после варки или приготовления на пару.
Суфле, мясные пюре, котлеты мясные или паровые фрикадельки.
Жирные сорта – все. Птица, свинина или баранина. Сало.
Колбасы, копчености готовые, консервы.
РыбаТолько нежирные сорта, очищенные без кожи.
Можно куском отварным или на пару, котлеты
Жирные разновидности, соленая, малосольная или копченая рыба.
Все консервы.
Крупы, кашиБольшинство разновидностей – гречка, рис (отварные как гарнир, в суп, каша), геркулес. Каши полужидкие с молоком или легким бульоном.
Вермишель мелкая, отварная.
Перловка, пшено, также ячневая и кукурузная.
Все бобовые, большинство разновидностей макарон.
Молочные продуктыБольшинство кисломолочных напитков – кефир, «Тан», шубат.
Творог – свежий, в блюдах, творожная паста с добавками, пудинг, паровые сырники, легкое суфле.
Нежирные сорта сметаны
Сыр – тертый
Сливки – нежирные, в блюда, молоко.
Цельное молоко (отдельно, в чае). Жирные сливки, сметана
Овощи, зеленьКартофель, морковь, обычная свекла красная, цветная капуста (делать пюре). Овощные суфле, бульоны, паровые пудинги.
Томаты - спелые
Капуста белокочанная – исключена, редис, лук (даже в супы или котлеты), редька, брюква, обычные огурцы, чеснок.
Все виды грибов
ФруктыОчень спелые можно употреблять сырыми.
Мягкие фрукты, сладкие и кисло-сладкие ягоды желательно протертыми. Яблоки – печеные.
Из сухофруктов делать пюре
Кисели домашние, муссы, делать компоты протертые, желе домашнее и самбуки.
Молочный крем легкий, кисели.
Меренги, сладкие снежки с добавлением киселя.
Плоды, содержащие много клетчатки и имеющую грубую кожицу.
СладкоеМармелад – без ограничений, сухофруктыШоколад – все виды, пирожные без исключений, варенье, сладкие джемы.
НапиткиЧай, только черный с кусочком лимона. Или некрепкие чай, кофе с добавлением капли молока.
Разбавленные домашние фруктово-ягодные или натуральные овощные соки.
Отвар с пшеничными отрубями или шиповником, домашние морсы.
Какао, спиртные напитки, газировка, энергетики.
ЯйцаМожно всмятку, делать паровые или легкие белковые омлетыЖареные нельзя и сваренные вкрутую.
Соусы, специиДомашний белый соус, сделанный на легком мясном бульоне или же овощном отваре.
Молочный, из сметаны (нежирной), вегетарианский, польский.
При добавлении муки ее подсушивают
Готовые жирные или острые соусы (кетчуп, майонез, горчица).
Пряности
Жиры, маслаКусочки сливочного масла – делать бутерброды, в салаты или каши добавлять.
Растительное масло – только рафинированное.
Все остальные жиры
ДругоеЗаливное, сделанное из протертого заранее мяса/рыбы
Икра рыбная, кабачковая
Форшмак – из заранее вымоченной сельди
Все жирные, острые или пряные закуски, фастфуд, готовые копчености, все разновидности консервов, овощные салаты.

Мнение эксперта

Керимова Мила, диетолог, студия «Сан Шайн», составитель меню

Желательно, в восстановительный период после заболеваний, тем более инфекций и воспалительных процессов, не налегать на белковую пищу, хотя она и разрешена. Больше сделать упор на фрукты-овощи, а точнее овощи, которые способствуют выделению слизи, токсинов.

Иммунную систему не надо нагружать излишками пищи и она наградит быстрым выходом из кризисного состояния.

Написано статей

Активное долголетие. Старости — нет!

Диета и режим

Назначение диеты

Химический состав и калорийность диеты

Диета № 1
(стол № 1)

6 раз в день
6-12 месяцев

 Язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки

 Гастрит с повышенной кислотностью после обострения

Белки 110-120 г.
Жиры 100-120 г.
Углеводы 400-500 г

Калорийность 3000-3200 ккал.

Диета № 1а
(стол № 1)

Каждые 2-2,5 часа

 Острый гастрит

 Обострение хронического гастрита с повышенной кислотностью

 Обострение язвенной болезни желудка

Белки 80-100 г.
Жиры 100 г
Углеводы 200 г

Калорийность 1800-2100 ккал

Диета 1б
(стол № 1б)

6 раз в день

 Затихание обострения язвенной болезни и хронических гастритов с повышенной кислотностью

Белки 100-110 г
Жиры – 100-110 г
Углеводы 300 г.

Калорийность 2600-2700 ккал

Диета № 2
(стол № 2)

5 раз в день

 Хронические гастриты с недостаточной кислотностью

 Выраженные бродильные процессы

 Хронические запоры

Белки 100-110 г
Жиры 100 г
Углеводы 400 г

Калорийность 2800 ккал

Диета № 3
(стол № 3)

5-6 раз в день

 Атонические запоры

 Хронические запоры

Белки 90-100 г. (из них 60 % животные)
Жиры 100 г. (из них 30 % растительные)
Углеводы 400 г

Калорийность 2500-3000 ккал

Диета № 4
(стол № 4)

6 раз в день
4-5 дней

 Заболевания тонкого кишечника и толстой кишки (колиты, энтероколиты, начальная стадия гастероэнтероколита)

 Дизентерия

 Брюшной тиф

Белки 100 г
Жиры 75 г
Углеводы 300-350 г

Калорийность 2500 ккал

Диета № 4а
(стол № 4а)

6 раз в день

 Кишечные заболевания с преобладанием процессов брожения

Белки 120 г
Жиры 50 г
Углеводы 140-150 г

Калорийность 1600-1700  ккал

Диета № 4б
(стол № 4б)

4-6 недель

6 раз в день

 Острые и хронические формы заболеваний кишечника

 Одновременные заболевания кишечника и желудка, и/или поджелудочной железы, и/или печени и/или желчевыводящих путей

Пища только протертая

Белки 100 г. (из них 80 % животные)
Жиры 100 г. (из них 80 % животные)
Углеводы 250-300 г

Калорийность 1800-2300 ккал

Диета № 4в
(стол № 4в)

После диеты № 4б

 То же, в период восстановления, затем при необходимости переход к диете №2 или сразу к диете №15.

То же, но уже не только протертая пища

Диета № 5
(стол № 5)

5 раз в день

 Заболевания печени, желчного пузыря, желчевыводящих путей вне стадии обострения

 Гепатит

 Хронические холецистит, гастрит, колит

 Цирроз печени

Белки 100 г
Жиры 80-100 г
Углеводы 400-450 г.

Витамины обязательны

Калорийность 2800-3000 ккал

Диета № 5а
(стол № 5а)

6 раз в день
7-14 дней

 Острые холецистит, гепатит

 Хронические холециститы и гепатиты в период обострения

 Желчнокаменная болезнь

Протертая пища

Белки 100 г
Жиры 80-100 г
Углеводы 400-450 г.

Витамины обязательны

Калорийность 2800-3000 ккал

Диета № 5п
(стол № 5п)

6 раз в день

 Хронический и острый панкреатит

Белки 150 г.(из них 80 % животные)
Жиры 60-80 г
Углеводы 180-200 г.

Калорийность 1600-1800 ккал

Диета № 6
(стол № 6)

5 раз в день

 Подагра

 Мочекаменная болезнь с уратурией

Белки 80 г.(из них 80 % животные)
Жиры 90 г
Углеводы 240-400 г.

Калорийность 2600-2900 ккал

Диета № 7
(стол № 7)

6 раз в день

 Хронические заболевания почек при отсутствии почечной недостаточности

 Хронический нефрите вне обострения

 Острый нефрит в период выздоровления

Белки 70-80 г
Жиры 90 г
Углеводы 400 г

Калорийность 2800-3000 ккал

Диета № 7а
(стол № 7а)

6 раз в день по назначению врача

 Острые заболевания почек

Белки 20-25 г
Жиры 90 г
Углеводы 400 г

Калорийность 2800-3000 ккал

Диета № 7б
(стол № 7б)

6 раз в день

 Переходная диета к столу № 7в при затихании острого воспалительного процесса в почках

То же

Снижение потребления соли и жидкости

Диета № 7в
(стол № 7в)

6 раз в день

 Хронические заболевания почек, сопровождающиеся нефротическим синдромом (туберкулез почек, амилоидоз, нефропатия беременных)

Белки 100-120 г
Жиры 80 г
Углеводы 400 г

Соль <2 г

Диета № 8
(стол № 8)

6 раз в день

 Ожирение, вызванное нарушением обмена веществ и постоянным перееданием (без серьезных нарушений в деятельности органов пищеварения и сердечно-сосудистой системы)

Белки 90-120 г
Жиры 60-85 г
Углеводы 200-250  г
Соль 5-6 г

Калорийность 1800-2000 ккал

Диета № 9
(стол № 9)

5 раз в день с частыми перекусами

 Сахарный диабет средней и легкой тяжести

Белки 100 г
Жиры 70-80 г . (из них 75 % животные)
Углеводы (желательно сложные) до 300 г

Калорийность 2100-2400 ккал

Диета № 10
(стол № 10)

5-6 раз в день

 Заболевания сердечно-сосудистой системы с недостаточностью кровообращения (кроме тяжелых форм)

 Нарушения сердечного ритма, учащенное сердцебиение

 Снижение работоспособности, повышение утомляемости

Белки 90-110 г
Жиры 65-75 г
Углеводы 400-500  г

Калорийность 2500-3000 ккал

Диета № 11, лечебная диета для набора веса
(стол № 11)

5 раз в день

 Туберкулез легких, костей, лимфатических узлов, суставов при нерезком обострении или затухании

 Истощение после инфекционных болезней, операций, травм

 Истощение, пониженная масса тела

Белки 110-130 г
Жиры 100-120 .(из них 60 % животные) г
Углеводы 400-500  г
Соль 15 г

Калорийность 3000-3400 ккал

Диета № 12
(стол № 12)

6 раз в день

 Функциональные заболевания центральной нервной системы, в том числе:
 • депрессии
 • снижение концентрации внимания, памяти, интеллекта
 • нарушение сна

Белки 90 г (из них 60% растительных)
Жиры 70 . (из них 60 % животные) г
Углеводы 350  г

Калорийность 2300-2400 ккал

Диета № 13
(стол № 13)

5 раз в день

 Острые инфекционные заболевания

 Поддержка общих сил организма и повышение его сопротивляемости инфекции

 Для снижения интоксикации

Белки 75-80 г .(из них 70 % животные и молочные)
Жиры 100-120 г (из них 85-90% животные)
Углеводы 300-350  г
Соль 8-10 г

Калорийность 2200-2300 ккал

Диета № 14
(стол № 14)

4 раза в день (в промежутках и натощак— питье)

 Мочекаменная болезнь (фосфатурия), сопровождаемая щелочной реакцией мочи и выпадением фосфорно-кальциевых солей в виде осадка

Белки 90 г
Жиры 100 г
Углеводы 380-400  г
Соль 10-12 г

Калорийность 2700-2800 ккал

Диета № 15
(стол № 15)

5 раз в день

 Заболевания, не требующие соблюдения специальных диет и без нарушенной работы пищеварительной системы

 Диета для перехода к обычной пище в период выздоровления и после использования других лечебных диет

Белки 90-95 г (из них 55% животные)
Жиры 100 г (из них 70% животные)
Углеводы 380-400  г
Соль 15 г

Калорийность 2800-2900 ккал

Геномные последовательности человека и мыши демонстрируют многократное повторное использование контрольных точек в эволюции млекопитающих

Реферат

Геномные последовательности человека и мыши свидетельствуют о большем количестве перестроек, чем считалось ранее, и выявляют обширное повторное использование точек останова из одних и тех же коротких хрупких областей. Кластеризация контрольных точек в регионах, вовлеченных в рак и бесплодие, сообщалось в предыдущих исследованиях; мы сообщаем здесь о кластеризации точек останова в эволюции хромосом.Эта кластеризация выявляет ограничения широко принятой теории случайного разрушения, не оспариваемой с середины 1980-х годов. Анализ перестройки генома в геномах человека и мыши предполагает наличие большого количества очень коротких «скрытых» блоков синтении, которые были невидимы в данных сравнительного картирования и игнорировались в модели случайных разрывов. Эти блоки определяются близко расположенными точками останова, и их часто трудно обнаружить. Наши результаты предлагают модель эволюции хромосом, которая постулирует, что геномы млекопитающих представляют собой мозаику хрупких регионов с высокой склонностью к перестройкам и твердых регионов с низкой склонностью к перестройкам.

В знаменательной статье Надо и Тейлор (1) ввели понятие консервативных сегментов (т.е. сегментов с сохраненными порядками генов без нарушения реаранжировками) и подсчитали, что существует ≈180 консервативных сегментов у человека и мыши. В той же статье они представили убедительные аргументы в пользу модели случайных разрывов геномной эволюции, постулированной Оно (2). Модель предполагает случайное (то есть равномерное и независимое) распределение точек разрыва хромосомной перестройки и подтверждается наблюдением, что длина блоков синтении, общих для человека и мыши, хорошо согласуется с предсказанным распределением, наложенным моделью случайного разрыва.С тех пор, как модель была впервые представлена, она была проанализирована Надо и другими (1, 3–6) и получила широкое распространение. Это было дополнительно подтверждено исследованиями значительно более крупных наборов данных, которые подтвердили, что недавно обнаруженные блоки синтении все еще очень хорошо соответствуют предсказанному экспоненциальному распределению (7–11). Эти исследования с прогрессивно увеличивающимся уровнем разрешения сделали модель случайных разрывов теорией de facto эволюции хромосом.

Аргументы в пользу модели случайных поломок обычно сводятся к следующему. Сначала строят распределение длин сохраняющихся сегментов и сопоставляют полученную гистограмму с теоретическим распределением, предсказанным моделью случайного обрыва. Важным следствием этой модели является то, что длины сегментов аппроксимируют экспоненциальное распределение с функцией плотности f ( x ) = 1/ L e - x / L , где L - средняя длина всех сегментов.Надо и Тейлор (1) не имели информации обо всех сегментах, потому что большинство из них еще не были обнаружены в 1984 году. Однако они смогли оценить L (и, следовательно, количество еще неоткрытых сегментов) из небольшого набора уже обнаруженных сегментов. сегменты. Относительно небольшое отклонение от экспоненциального распределения объяснялось отсутствием информации о некоторых сохраненных сегментах. Конечно, всегда существовала опасность, что вновь обнаруженные сегменты сместят эту оценку и даже отклонятся от экспоненциального распределения, предсказанного моделью. Однако в прошлом этого не происходило, и модель случайного разрушения была усилена в ряде влиятельных исследований за последнее десятилетие (7, 9, 12, 13). Санкофф и др. (14, 15) проанализировал точность модели случайного разрушения и дополнительно усилил ее, несмотря на некоторые отклонения, особенно для относительно коротких сохраняющихся сегментов. Эти отклонения часто связывают с ошибками отображения, статистическим шумом или другими эволюционными процессами, такими как частые короткие инверсии (16).В результате предсказания Надо-Тейлора считаются одними из наиболее значимых результатов в «... истории и развитии мыши как инструмента исследования» (17).

Результат Надо и Тейлора (1) заложил основу статистического подхода к изучению хромосомной истории, который был далее развит Надо и Санкофф (3, 4) и другими. Статистический подход не касается деталей истории перестановок. Санкофф и его коллеги (18, 19) первыми разработали комбинаторный подход к изучению перестроек генома, который пытается вывести сценарий перестройки, объясняющий различия между геномными организациями. Они также подняли проблему интеграции статистического и комбинаторного подходов, чего никогда не было в прошлом (20). В этой статье мы демонстрируем, что такой комбинированный анализ выявляет ограничения модели случайного разрушения и приводит к модели хрупкого разрушения.

Наброски последовательностей человека и мыши выявляют многие ранее не обнаруженные блоки синтении и подвергают модель случайного обрыва новому тесту. Мы (21) идентифицировали 281 блок синтении, общий для человека и мыши размером не менее 1 Мб (таблицы 1 и 2, которые опубликованы в качестве вспомогательной информации на веб-сайте PNAS www.pnas.org). Хотя количество блоков синтении выше, чем предсказания Надо – Тейлора, длины блоков все еще соответствуют экспоненциальному распределению (рис. 1 слева ), что является еще одним аргументом в пользу модели случайного разрушения. Однако другой тип свидетельств, полученных из исследований перестройки генома, показывает неожиданно большое количество близко расположенных точек останова, которые не могут быть объяснены с помощью модели случайных разрывов. Этот анализ предполагает, что помимо сегментов, показанных на рис.1 Слева , существуют еще 190 «коротких» блоков синтении, обычно длиной <1 Мбайт. Эти блоки никогда не были обнаружены в исследованиях сравнительного картирования, и, более того, большинство из них трудно найти даже с доступными последовательностями человека и мыши. Если точки останова расположены очень близко друг к другу (например, в пределах нескольких нуклеотидов или даже в одном и том же положении), соответствующие очень короткие блоки могут не обнаруживаться анализом выравнивания. Более того, некоторые короткие блоки могут быть удалены в процессе эволюции.Однако анализ реаранжировки подтверждает существование таких точек останова даже в отсутствие статистически значимых выравниваний последовательностей. Существование этих коротких блоков сразу означает, что экспоненциальное распределение не соответствует действительности, что указывает на ограничения модели случайного разрушения (Рис. 1 Центр ). Другими словами, анализ реаранжировки геномов человека и мыши выявляет скопления близко расположенных точек останова, которые нельзя объяснить с помощью модели случайных разрывов.

Рис.1.

( слева ) Гистограмма длин блоков синтении у человека для N b = 281 блок синтении длиной не менее 1 Мбайт, аппроксимируемых экспоненциальным распределением со средней длиной блока L = G b N b = 9,6 Мб, где G b = 2707 Мб - общая длина синтенических блоков. Размер корзины 2,5 Мб. ( Центр ) Та же самая гистограмма, наложенная на 190 скрытых блоков синтении, выявленных анализом перестройки генома, в предположении, что все скрытые блоки короткие, т.е.е., длиной <1 Мб. ( Справа ) Гистограмма длин участков точки останова в геноме человека (размер ячейки 100 т.п.н.). Большинство областей точек останова очень короткие, 109 из 258 областей имеют размер <100 kb. Однако существует небольшое количество областей с длинными точками останова: 17 областей имеют размер от 1 до 2,5 Мбайт, а 15 - <2,5 Мбайт (показано одной полосой на правом конце). На концах хромосом также могут быть точки останова, но они не включены.

Удивительно большое количество скоплений точек разрыва является аргументом в пользу другой модели эволюции хромосом, которую мы называем моделью хрупкого разрыва.Эта модель постулирует, что точки разрыва возникают в основном в относительно коротких хрупких областях (горячих точках перегруппировок). Существование некоторых уязвимых регионов на уровне популяции подтверждалось предыдущими исследованиями рака и бесплодия (22, 23), но масштабы этого явления в молекулярной эволюции стали ясны только после того, как стали доступны последовательности ДНК человека и мыши. Хотя многие клинические точки останова при перестройке образуют кластеры (24, 25), ранее не было сообщений об эволюционной кластеризации точек останова, и взаимосвязь между цитогенетическими процессами и эволюцией остается неясной.Более того, предыдущие эволюционные исследования неявно (и ошибочно) предполагали, что существует единственный сайт реаранжировки между любыми двумя последовательными консервативными сегментами, общими для человека и мыши, и поэтому упускали из виду потенциальную кластеризацию контрольных точек. Наше понимание хрупкости все еще неполно; в частности, есть сообщения о корреляции между некоторыми общими хрупкими сайтами и эволюционными точками разрыва (26) и об отсутствии корреляции для других (27). Недавнее исследование (28) некоторых точек останова на хромосоме 19 и соответствующих повторов показало, что клинические и эволюционные перестройки могут быть вызваны схожими силами.Наше исследование открывает возможность корреляции подробных карт контрольных точек рака, недавно созданных Volik et al. (29) с повторным использованием точки останова, влияющим на эволюционно уязвимые сайты, несмотря на совершенно разные временные масштабы.

Если предположить, что хрупкие области равномерно распределены по геному, то модели хрупкого и случайного разрушения приводят к идентичным оценкам количества длинных сегментов (например, сегментов> 1–2 Mb). В некотором смысле модель случайных разрывов можно рассматривать как отличную нулевую гипотезу для определенного уровня разрешения и неоднородностей генома. Однако модели случайного разрушения и хрупкого разрушения дают очень разные прогнозы, когда речь идет о коротких сегментах, которые были ниже уровня детализации сравнительных картографических исследований.

Блоки Synteny

Геномные последовательности свидетельствуют о том, что геномы человека и мыши значительно более реорганизованы, чем считалось ранее. Большая часть ранее идентифицированных консервативных сегментов оказалась не совсем консервативной, поскольку во многих из них есть свидетельства множественных микроорганизмов (10).Эти микроорганизмы не были видны на сравнительных генетических картах, которые использовались для определения ≈180 консервативных сегментов в прошлом. Черновые варианты геномных последовательностей человека и мыши обнаруживают несколько тысяч консервативных сегментов; многие из них могут быть вызваны микроупорядочениями, тогда как другие могут быть артефактами ошибок сборки. Поэтому мы разработали алгоритм GRIMM-Synteny (21) для обнаружения блоков синтении, то есть фрагментов, которые могут быть преобразованы в консервативные сегменты с помощью микроорганизмов. Блоки, сгенерированные GRIMM-Synteny, аналогичны блокам, сгенерированным в исх. 30 и основаны на одних и тех же версиях черновых вариантов геномных последовательностей человека и мыши. GRIMM-Synteny обнаружил N b = 281 блок синтений, общих для человека и мыши размером не менее 1 Мб у человека, и N b - N c = 281 - 23 = 258 областей точек останова , т.е. области между последовательными блоками синтении, где N c - количество хромосом.Многие из этих блоков синтении ранее рассматривались как «консервативные сегменты» Nadeau и Taylor (1), потому что микроперестройки внутри этих блоков были вне разрешающей способности сравнительных карт человека-мыши. Из-за недостаточности данных секвенирования мы игнорируем области точек останова на концах хромосом. Наши оценки необходимо пересмотреть, когда станет доступным больше данных о секвенировании концов хромосом. Мы не исключаем возможность того, что на концах хромосом могут находиться горячие точки множественных перестроек.

Ошибки в черновиках геномных последовательностей человека и мыши поднимают вопрос о том, влияют ли недостатки сборки последовательностей на нашу оценку повторного использования точки останова. Хотя черновые варианты геномных последовательностей действительно содержат много ошибок, эти ошибки носят скорее локальный, чем глобальный характер. Например, черновик человеческой последовательности может включать некоторые неправильно собранные бактериальные искусственные хромосомы, что приводит к появлению микроорганизмов с промежутками <200 т.п.н. Такие локальные ошибки обычно приводят к микроупорядочениям, которые являются артефактами секвенирования, а не реальными эволюционными событиями.Мы идентифицировали 3170 микроорганизмов между черновыми последовательностями человека и мыши, и ожидается, что только часть из них соответствует реальным эволюционным перестройкам, тогда как остальные вызваны ошибками сборки (21). Однако нет никаких сомнений в том, что большие блоки синтении (например, блоки> 1 МБ) размещены правильно, потому что их расположение согласуется с существующими генетическими и физическими картами (30). Наш анализ точек останова основан только на расположении таких больших блоков синтении, и поэтому существующие локальные ошибки сборки не влияют на наши выводы.

Эти большие блоки синтении были строго получены из тех же 558 678 мелких ортологических ориентиров, что и в исх. 30 и в значительной степени согласуются с другими недавними исследованиями блоков синтении у человека и мыши (21). См. Исх. 30 для обсуждения качества этих 558 678 мелких ортологических ориентиров. Мы подчеркиваем, что даже если меньшие блоки синтении (например, <1 Мб в длину) и области точек останова повреждены из-за ошибок сборки, это не влияет на наши выводы; информация о коротких блоках синтении не используется при установлении феномена повторного использования точки останова.

Мы подчеркиваем, что в отличие от предыдущих подходов к анализу порядков генов, наш подход учитывает сходство как в кодирующих, так и в некодирующих последовательностях. Это позволяет нам обойти проблему ненадежных аннотаций генов и принять во внимание неопровержимые доказательства того, что сходства хорошо сохраняются и в некодирующих регионах. Хотя большинство блоков синтении содержат большое количество аннотированных генов (см. Таблицы 1 и 2), некоторые блоки содержат очень мало генов, и их будет трудно найти с помощью традиционных подходов к порядку генов.В частности, есть блок синтении только с одним аннотированным геном человека и другой только с одним аннотированным геном мыши. Мы подчеркиваем, что эти результаты относятся к аннотированным генам, и более точные прогнозы генов могут доказать, что эти блоки синтении содержат больше генов. Мы также обнаружили ряд генов, находящихся в областях точек останова, и даже некоторые гены, охватывающие целые области точек останова. Такие «покрывающие гены», вероятно, являются примерами генов, которые были нарушены перестройками в ходе эволюции.Нарушение генов в клинических перестройках было обнаружено в прошлом; например, ген Абельсона на хромосоме 9 и ген BCR на хромосоме 22 разрушены и слиты вместе у многих больных лейкемией (31). Наше открытие указывает на то, что аналогичные эффекты разрушения генов происходят в ходе эволюции, что противоречит существующей точке зрения, согласно которой эволюционные перестройки генома являются нейтральными событиями видообразования.

Рис. 1 Слева представляет гистограмму длин этих 281 блока синтении (у человека), подогнанную экспоненциальным распределением.Однако эмпирическое распределение на рис. 1 Left не включает длины коротких блоков синтении (т. Е. Блоков <1 Мб), которые трудно обнаружить даже с доступными последовательностями человека и мыши. Надо и Тейлор (1) обошли эту проблему, объявив такие короткие блоки еще неоткрытыми, и даже оценили количество таких блоков с помощью прогнозируемой кривой (4). Наше ключевое понимание состоит в том, что, хотя большинство этих блоков все еще не обнаружено, количество таких блоков можно надежно оценить с помощью анализа реаранжировки генома.Каждый такой короткий блок создает впечатление повторного использования точки останова, потому что точки останова, фланкирующие короткие блоки синтении, трудно разделить. Анализ реаранжировки генома подразумевает, что существует очень большое количество таких повторных использований точки останова (и, следовательно, короткие блоки синтении) N r ( N r - не менее 190), что добавляет дополнительную полосу для эмпирическое распределение длины блока (рис. 1 Центр ).

Это новое распределение не может быть согласовано с экспоненциальным, что дает веский аргумент против модели случайного обрыва.Большинство областей точек останова короткие (<1 МБ) за очень немногими исключениями, такими как область точки останова размером 23,2 МБ у человека и область точки останова размером 6,7 МБ у мыши (распределение длин областей точки останова у человека показано на рис.1 Справа ). Однако средний размер областей контрольных точек составляет всего 668 т.п.н. у человека и 458 т.п.н. у мышей, и каждая из них содержит в среднем 1,9 контрольных точки (а не единственную контрольную точку, как неявно предполагалось в предыдущих исследованиях). Общий размер областей точек останова равен 172.5 Мб у человека (5,7% длины генома) и 119 Мб у мыши (4,7% длины генома). Интуитивно модель случайного разрыва противоречит тому факту, что 5,7% генома заполнено таким большим количеством близко расположенных точек останова (в среднем 1,9 точки останова на область точки останова, если исключить концы хромосомы). 190 повторных использований контрольных точек, выявленных анализом перегруппировки, и 258 областей контрольных точек, выявленных GRIMM-Synteny, подразумевают оценку n = N b - N c + N r = 281 - 23 + 190 = 448 для общего количества точек останова.† Мы предполагаем, что эти точки останова расположены в областях точек останова, и игнорируем концы хромосом (см. Выше). Можно оценить ожидаемое количество сгустков (например, пары последовательных точек, находящихся на «небольшом» расстоянии w друг от друга) в положениях n равномерно распределенных точек в интервале ‡ [0,1] как ( n - 1) (1 - (1 - w ) n ] (34). Если нас интересует количество групп из n контрольных точек на расстоянии 0.668 Мб (средний размер областей контрольных точек у человека) в геноме общей длины § G = 2 983 Мб, тогда w = 0,668 / 2 983, а количество сгустков ≈43. Это резко контрастирует с оценкой N r = 190 повторных использований точки останова, что является сильным аргументом против модели случайных поломок.

Мы подчеркиваем, что это понимание стало возможным только с доступными геномными последовательностями человека и мыши. Оказалось, что большинство областей точек останова довольно короткие, что означает, что еще не обнаруженные блоки синтении (находящиеся в областях точек останова) короткие, что делает невозможным соответствие эмпирического распределения экспоненциальным.

Перестройки генома и повторное использование точек останова

Доказательства существования 190 близко расположенных точек останова предоставлены анализом реаранжировки генома. Каждое исследование перестройки генома включает решение комбинаторной головоломки, чтобы найти серию перестроек генома, чтобы преобразовать один геном в другой. Для мультихромосомных геномов наиболее распространенными перестройками являются инверсии (также известные как инверсии), транслокации, слияния и деления, а количество таких перестроек в наиболее экономном сценарии известно как геномное расстояние. Следуя Надо и Тейлору (1), мы предполагаем, что транспозиции редки и поэтому их можно игнорировать. Определение геномного расстояния - сложная комбинаторная задача. В самых первых вычислительных исследованиях перестройки генома Watterson et al. (35) и Надо и Тейлор (1) ввели понятие точки останова (нарушение порядка генов) и заметили некоторую корреляцию между геномным расстоянием и количеством точек останова. Недостатком ранних исследований перестройки генома является то, что они рассматривали точки останова независимо, не обнаруживая комбинаторных зависимостей между связанными точками останова.Простейшим примером связанных точек останова являются две точки останова, образованные одной инверсией или перемещением. Ханненхалли и Певзнер (36, 37) и Теслер (38) разработали алгоритм с полиномиальным временем для решения проблемы геномного расстояния. Мы использовали быструю реализацию алгоритма Ханненхалли-Певзнера (39) для анализа сценария перегруппировки человека и мыши (доступного через веб-сервер GRIMM по адресу www-cse. ucsd.edu/groups/bioinformatics/GRIMM). Наш анализ показывает, что по крайней мере 245 перегруппировок из 281 блока синтении произошли из-за расхождения человека и мыши.Этот результат в сочетании с формулами для вычисления количества повторных использований точки останова означает, что любой сценарий перестановки человек-мышь требует не менее 190 повторных использований точки останова.

На рис. 2 представлены два различных наиболее экономных сценария, которые преобразуют порядок 11 блоков синтении на X-хромосоме мыши в порядок на X-хромосоме человека. Хотя сценарии сильно различаются, в обоих есть три повторных использования области точки останова.

Рис.2.

Два разных наиболее экономных сценария, которые преобразуют порядок 11 блоков синтении на X-хромосоме мыши в порядок на X-хромосоме человека.Расположение блоков синтении в предке не определено (и предполагается, что оно совпадает с одним из промежуточных расположений), поскольку оно не может быть выведено без наличия третьего генома (33, 41). Использование точки останова показано короткими вертикальными желтыми линиями, а повторное использование области точки останова показано двойными желтыми линиями. В первом сценарии ( слева ) повторные использования точки останова расположены у человека в областях точек останова (3,4), (4,5) и (5,6), тогда как во втором сценарии ( справа ) они находится в (5,6), (6,7) и после блока 11.Во втором сценарии потенциальный скрытый блок показан черной точкой; он ограничивает набор возможных наиболее экономных сценариев и разделяет два использования точки останова, которые могли бы быть повторным использованием области точки останова. Наша теория подразумевает, что любой сценарий реаранжировки, основанный на этих 11 блоках, имеет по крайней мере три повторного использования областей контрольных точек (возможно, включая концы хромосом).

Наше расширение теории Ханненхалли – Певзнера подразумевает, что любой сценарий реорганизации, основанный на этих 11 блоках, имеет как минимум три повторного использования областей точки останова (хотя мы не можем однозначно сделать вывод, где эти повторные использования точки останова произошли). Это указывает на то, что есть еще как минимум три «скрытых» блока синтении в дополнение к нашим 11 «большим» блокам синтении. Некоторые из этих блоков могут быть обнаружены путем понижения порога обнаружения блока синтении, тогда как другие могут избежать такого обнаружения. Наш анализ также показывает, что по крайней мере 190 повторных использований областей контрольной точки во всем геноме на эволюционном пути от мыши к человеку.

Определение точного положения скрытых блоков - сложная задача. Если последовательные точки останова очень близки (например,g., в пределах десятков нуклеотидов друг от друга), то получающиеся в результате очень короткие скрытые блоки синтении не будут обнаруживаться, поскольку сходство между ними несущественно в масштабе генома. Кроме того, даже более длинные скрытые блоки (например, десятки тысяч нуклеотидов) могут ускользнуть от обнаружения, потому что эти блоки могут не являться хозяевами генов, и, следовательно, сходство между ними может быстро исчезнуть из-за частых мутаций в некодирующих областях. Несмотря на эти трудности, мы смогли указать на некоторые потенциальные скрытые блоки.Черная точка, окруженная двойными желтыми линиями на рис. 2 Справа , показывает положение такого потенциального скрытого блока на Х-хромосоме человека. Отслеживание позиции этого блока до мыши подразумевает, что он находится между блоками 11 и 3 на X-хромосоме мыши. Действительно существует область значительного сходства (≈350 п.н.) между областями контрольных точек у человека и мыши, обозначенными черными точками на фиг. 2 Right . Мы подчеркиваем, что это не сходство, вызванное повторением, а скорее существенное совпадение с выравниванием, которое не распространяется ни на какие другие регионы.

Два одинаковых сегмента в областях точек останова мыши и человека образуют потенциальный скрытый блок, если один из них может быть возвращен в другой в рамках некоторого наиболее экономичного сценария эволюции существующих блоков, но они не просто удлиняют существующий блок. Технические подробности см. В определении ( g, b ) -сплит в исх. 37.

Мы разработали алгоритм для поиска всех таких потенциальных скрытых блоков, учитывая наш список из 281 блока синтений и отдельный список регионов-кандидатов.Он идентифицировал 111 потенциальных скрытых блоков между областями точек останова у человека и мыши (см. Приложение , которое опубликовано в качестве вспомогательной информации на веб-сайте PNAS). Более того, мы обнаружили 81 пару ортологичных генов в областях точек останова, удовлетворяющих требованиям потенциального скрытого блока. Мы подчеркиваем, что большинство пар ортологичных генов, попадающих в области точек останова, не являются потенциальными скрытыми блоками, потому что не существует сценария перегруппировки, в котором они удовлетворяли бы комбинаторным ограничениям, налагаемым процедурой отслеживания с возвратом, показанной на рис.2 Правый . Однако вопрос о том, какой из этих 81 ортологичных генов соответствует реальным скрытым блокам синтении, остается открытым, потому что процедура обратного отслеживания предполагает, что эволюционный сценарий известен. Хотя это еще не так, секвенирование других видов млекопитающих выявит вероятный сценарий перестройки и укажет нам на настоящие скрытые блоки синтении.

Поскольку каждая перестройка создает не более двух новых точек останова, геномное расстояние составляет не более половины числа точек останова в геноме.Если повторного использования точки останова нет, то реальный эволюционный сценарий является наиболее экономным, как рассчитывается с помощью алгоритма Ханненхалли – Певзнера (36). Однако оценка геномного расстояния с точки зрения точек останова неточна, поскольку предполагает, что точки останова не используются повторно в эволюции. В большинстве исследований реаранжировки генома есть свидетельства повторного использования точки останова (по крайней мере, на определенном уровне разрешения блока синтении), что указывает на то, что повторное использование точки останова является скорее правилом, чем исключением.Мы подчеркиваем, что под повторным использованием точек останова мы имеем в виду не многократное использование одной и той же геномной позиции в качестве конечной точки реаранжировки, а скорее тот факт, что в регионах точки останова находятся конечные точки для множественных событий реаранжировки. Следовательно, наша оценка 190 событий повторного использования контрольных точек в эволюции человек-мышь не подразумевает, что было 190 повторных использований точно таких же нуклеотидов в качестве конечных точек реаранжировки.

Модель хрупкого разрушения в сравнении с моделью случайного разрушения

Ниже мы описываем наши тесты модели случайного разрушения и представляем альтернативную модель хрупкого разрушения.Если позиции n контрольных точек в геноме задаются случайными величинами u i в [0, 1], размеры сегмента будут y i = u i - u i - 1. Для следующего анализа n = N b - 1 = 280, потому что мы игнорируем конечные точки хромосомы (см. выше) и, подобно Надо и Тейлору (1), не рассматриваем короткие блоки (<1 Мб). Мы также отбрасываем любой другой геномный материал, не обнаруженный внутри блоков синтении.Чтобы проверить модель случайного разрушения, мы следуем подходу, описанному в Churchill et al. (40) и используйте критерий Колмогорова – Смирнова, который измеряет наибольшую разницу между эмпирической и теоретической функциями распределения: вычисленная статистика Колмогорова – Смирнова составляет D 280 = 0,085, что близко к расчетной оценке 0,095. Автор: Sankoff et al. (14) на основе данных сравнительного картирования 1423 генов и всего 130 блоков.Вероятность (значение P ) того, что статистика Колмогорова – Смирнова D 280 будет> 0,085 для равномерного распределения, равна 0,032. Мы также обнаружили, что существует достаточно хорошее соответствие между наибольшим блоком синтении длиной 79,6 Мб и ожидаемой максимальной длиной фрагмента L [γ + ln ( n + 1)] = 59,8 Мб, где L - это средняя длина фрагмента, а γ = 0,5772 - постоянная Эйлера.

В идеале эти выводы должны основываться на полных данных о длинах сегментов.Однако информацию о коротких сегментах может быть трудно получить даже с доступными черновыми последовательностями человека и мыши. Черчилль и др. (40) моделирует отсутствующие данные, предполагая, что если два сайта точки останова находятся в пределах расстояния блокировки , то сохраненный сегмент остается необнаруженным. Однако даже эта более гибкая модель не может объяснить очень большое количество N r = 190 коротких ненаблюдаемых сегментов, выявленных нашими исследованиями перестройки генома.

Таким образом, тесты модели случайных разрывов показывают ее неспособность объяснить большое количество коротких блоков синтении, обнаруженных с помощью анализа реаранжировки генома. В то же время усеченная экспоненциальная функция плотности 1/ L e x - a / L хорошо соответствует экспериментальным данным для блоков синтении длиной более a = 1 Мбайт. Поэтому возникает вопрос, существует ли другая модель хромосомных перестроек, которая ( i ) объясняет соответствие между распределением длинных блоков синтении и усеченной экспоненциальной функцией плотности, наблюдаемой Надо и Тейлором (1) и ( ii). ) объясняет большое количество коротких блоков, которые не удалось объяснить статистикой Надо – Тейлора.Ниже мы описываем модель естественного хрупкого разрушения, которая объясняет как хорошую посадку длинных блоков, так и большое количество коротких блоков.

В модели хрупкого разрушения геном состоит из (коротких) хрупких и (длинных) твердых участков с разной склонностью к точкам разрыва. В целях пояснения мы предполагаем, что вероятность точки излома в хрупкой области следует за процессом Пуассона, в то время как вероятность точки излома в твердой области равна нулю (крайний случай). Общий размер хрупких участков может быть очень маленьким, например.g., 5% генома, что резко контрастирует с моделью случайной поломки. Однако, если хрупкие области распределены в геноме случайным образом, как модели случайного разрушения, так и модели хрупкого разрушения предсказывают одинаковое распределение длинных блоков синтении. Это может быть причиной пророческой предсказательной силы модели случайных поломок в прошлом. Однако модель случайного разрушения плохо работает в тесте с недавно появившимися данными секвенирования, тогда как модель хрупкого разрушения легко объясняет большое количество коротких блоков, тем самым укрепляя нашу уверенность в том, что модель хрупкого разрушения может быть лучше. приближение к реальности, чем модель случайной поломки.Кроме того, модель хрупкого разрушения позволяет оценить количество еще ненаблюдаемых хрупких регионов, которые могут быть обнаружены при секвенировании у других видов млекопитающих. Предположим, что в геноме m хрупких участков и n = N b - N c + N r = 448 случайных разрывов, из которых N b - N c = 258. Вероятность того, что данная хрупкая область не пострадает от поломки, составляет (1 - 1/ м ) n .Таким образом, ожидаемое количество наблюдаемых хрупких участков (т.е. хрупких участков, разрушенных в результате обломов) составляет м [1 - (1 - 1/ м ) n ]. Решение m [1 - (1 - 1/ m ) 448 ] = 258 дает m ≈364. Оценка количества еще неоткрытых уязвимых регионов составляет м - ( N b - N c ) ≈106, большинство из которых, вероятно, находятся в пределах существующих блоков синтении.Эта высокая оценка количества еще неоткрытых хрупких регионов может объяснить недавно наблюдаемый феномен, согласно которому высоко рекомбиногенный локус FRA3B никогда не нарушался в ходе эволюции мышь-человек (27).

Заключение

Провидческие идеи Надо и Тейлора (1) и пророческая точность их оценок пережили множество сравнительных картографических исследований и (на определенном уровне детализации) все еще остаются в хорошем соответствии с доступными геномными последовательностями человека и мыши.Модель случайных разрывов оказалась чрезвычайно ценной эволюционной теорией, особенно в сравнении со случайным скремблированием генов и другими моделями, которые рассматривались в начале 1980-х годов. Однако доступные геномные последовательности человека и мыши резко повысили уровень разрешения, на котором мы можем анализировать геномы и показать, что с новым уровнем детализации модель случайных разрывов не может объяснить очень большое количество скоплений точек разрыва. Следовательно, необходима новая более точная модель для сравнительных исследований геномов многих млекопитающих, которые будут секвенированы.

Отметим, что наши выводы о повторном использовании точки останова основаны на предположении (сделанном в ссылке 1), что транспозиции относительно редки. Хотя считается, что инверсии и транслокации более распространены, чем транспозиции, мы не полностью исключаем возможность того, что значительная часть повторного использования точек останова вызвана транспозициями (потому что каждое транспонирование может быть смоделировано тремя инверсиями, которые повторно используют три точки останова).

Благодарности

Мы благодарны Ричарду Дурбину, Майклу Камалу, Ури Кейчу, Эрику Ландеру и Дэвиду Санкофф за полезные обсуждения и предложения.

Сноски

  • ↵ * Кому следует направлять корреспонденцию. Электронная почта: gptesler {at} cs.ucsd.edu.

  • Этот документ был отправлен напрямую (Трек II) в офис PNAS.

  • ↵ † Более точная оценка количества контрольных точек будет включать количество хромосом у общего предка человека и мыши, которое остается неизвестным. См. Ссылки.32 и 33 для анализа хромосомной организации предка млекопитающих.

  • ↵ ‡ Подобно Надо и Тейлору (1), мы представляем геном как единый интервал, а не как набор интервалов, соответствующих хромосомам. Мы также оцениваем количество контрольных точек в областях контрольных точек как n = N b - N c + N r , хотя некоторые из этих контрольных точек могут приходиться на концы хромосом и в этом случае не следует засчитывать. Кроме того, точные границы синтенических блоков не определены четко и могут распространяться на области точек останова. Однако эти упрощения лишь незначительно влияют на наш анализ.

  • § G - это общая длина чернового варианта человеческой последовательности, состоящего из блоков синтении (2707 МБ), областей контрольных точек (172,5 МБ) и концов хромосом.

  • ↵¶ В целях пояснения, эта оценка использует среднюю длину области точки останова, а не распределение длин областей точки останова.Оценка должна быть пересмотрена в (что весьма маловероятно) случае, когда хромосомные концы и небольшое количество длинных областей точек останова являются причиной почти всех событий повторного использования точки останова.

  • Получено 21 января 2003 г.
  • Принято 5 мая 2003 г.
  • Авторские права © 2003, Национальная академия наук

Введение в алгоритмы биоинформатики, Н.С. Джонс и П.А. Певзнер

Введение в алгоритмы биоинформатики (вычислительная молекулярная биология)

АВТОРЫ:

  • Neil C.Jones

  • Павел А. Певзнер

ОПИСАНИЕ ПРОДУКТА:

  • Твердый переплет: 448 страниц

  • Издатель: MIT Press (1 августа 2004 г.)
  • Английский язык : 0262101068
  • ISBN-13: 978-0262101066
  • Размеры продукта: 9,3 x 7,2 x 1 дюйм
  • Вес в упаковке: 1,94 фунта

Описание книги

9045 изложение алгоритмических принципов, способствующих развитию биоинформатики. Доступный для студентов, изучающих как биологию, так и информатику, он обеспечивает уникальный баланс между строгой математикой и практическими приемами, уделяя особое внимание идеям, лежащим в основе алгоритмов, вместо того, чтобы предлагать набор явно не связанных между собой проблем.

Книга представляет биологические и алгоритмические идеи вместе, увязывая вопросы информатики с биологией и, таким образом, вызывая интерес студентов к обоим предметам. Он демонстрирует, что относительно немного методов проектирования можно использовать для решения большого количества практических задач в биологии, и представляет этот материал интуитивно.

Введение в алгоритмы биоинформатики - одна из первых книг по биоинформатике, которую могут использовать студенты на уровне бакалавриата. Он включает двойное оглавление, организованное по алгоритмической идее и биологической идее; обсуждение биологически значимых проблем, включая подробную формулировку проблемы и одно или несколько решений для каждой; и краткие биографические очерки ведущих деятелей отрасли. Эти интересные виньетки предлагают студентам взглянуть на источники вдохновения и мотивации для реальной работы в биоинформатике, делая концепции, представленные в тексте, более конкретными, а методы - более доступными.

Презентации в формате PowerPoint, практические задачи по биоинформатике, примеры кода, диаграммы, демонстрации и другие материалы можно найти на сайте автора.

Об авторе

Нил С. Джонс - доктор философии. кандидат факультета компьютерных наук и инженерии Калифорнийского университета в Сан-Диего. Павел Певзнер - профессор компьютерных наук Рональда Р. Тейлора в Калифорнийском университете в Сан-Диего. Он является автором книги «Вычислительная молекулярная биология: алгоритмический подход» (MIT Press, 2000).

ОТЗЫВЫ КЛИЕНТОВ

Превосходные алгоритмы, упражнения и биоинформатика, введение , 24 сентября 2005 г.

Это первая книга, которую я прочитал по биоинформатике, поэтому я буду обновлять ее по мере продвижения моего класса. Вам лучше иметь представление об основных структурах данных, прежде чем начинать эту книгу, и иметь опыт работы с языком программирования, поскольку в этом тексте очень мало внимания уделяется. Биологический фон делает все интереснее, но, конечно, не критично.Вместе с книгой не напечатаны образцы кода или исходники, нет прилагаемого компакт-диска или ответов на упражнения. Есть связанный веб-сайт, на котором могут быть высказаны некоторые идеи и найдены / сообщены об ошибках, но он не очень активен, что я видел. Псевдокод в книге очень похож на Python, поэтому его легко использовать. Я лично без особых проблем переношу концепции книги на C / C ++ (привычка), за исключением того, что иногда мои результаты отличаются от книги. По всей видимости, это книжные ошибки, поэтому обязательно загляните на сайт, если вдруг появятся неожиданные вещи.
В настоящее время мой класс находится в главе 8 (из 12), и, оглядываясь назад, я хотел бы предостеречь, что некоторые алгоритмы обработки данных сильно нагружают ЦП компьютера, поэтому помните о перегреве и перегреве батареи. Пока что единственное, что мне мешает с этой книгой, - это алфавитный суп из переменных и отсутствие ответов на упражнения. Было бы неплохо, если бы определения переменных обновлялись в начале примеров псевдокода.
Мне нравится эта книга как текст с алгоритмами по сравнению с традиционными текстами, потому что приложения гораздо более увлекательны.Представьте, что вы что-то ищете, но не знаете, где это что-то. Вдобавок к этому добавьте, даже не зная, что именно вы ищете. И когда вы его найдете, его даже нет в искомых данных! Это может показаться маловероятным или даже невозможным, но это не так. Скорее это очень круто.
4 звезды

2017 Достижение ISCB Премия старшего ученого, присужденная Павлу Певзнеру

Образец цитирования: Fogg CN, Kovats DE, Berger B (2017) Премия ISCB в 2017 г. присуждена Павлу Певзнеру.PLoS Comput Biol 13 (6): e1005561. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005561

Опубликовано: 30 июня 2017 г.

Авторские права: © 2017 Fogg et al. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Финансирование: ISCB заплатил CNF за написание этой статьи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что конкурирующих интересов не существует.

Международное общество вычислительной биологии (ISCB) ежегодно награждает признанного ученого Премией «Достижение старшего ученого» за значительный вклад, который он или она внес в эту область. Эта награда присуждается ученым, которые внесли свой вклад в развитие вычислительной биологии и биоинформатики посредством своих исследований, услуг и образовательной работы.Павел Певзнер, доктор философии, профессор компьютерных наук Рональда Р. Тейлора и директор Центра вычислительной масс-спектрометрии NIH при Калифорнийском университете в Сан-Диего, был выбран в качестве победителя премии 2017 года за достижения в области науки и техники.

Комитет по наградам ISCB под председательством доктора Бонни Бергер из Массачусетского технологического института выбрал Певзнера победителем 2017 года. Певзнер получит свою награду и выступит с основным докладом на совместном заседании Европейской конференции по вычислительной биологии и интеллектуальной системы молекулярной биологии (ISMB / ECCB 2017), которое состоится в Праге, Чешская Республика, с 21 по 25 июля 2017 года.ISMB / ECCB - это проводимое раз в два года совместное совещание, на котором собираются ведущие ученые в области вычислительной биологии и биоинформатики со всего мира.

Павел Певзнер: В поисках идеальных головоломок для жизни

Павел Певзнер (рис. 1) родился в Курске, Россия, и провел детство в городе Муром, который был центром советской электронной промышленности. Его отец был инженером-электриком, а мать была учительницей, но он признает, что его раннее образование пошло не так быстро.Он описал себя как бедного ученика, которого больше интересовали развлечения, но примерно в 10 лет он стал больше интересоваться книгами [1]. Интерес и способности Певзнера к математике вскоре были признаны, и в 14 лет его отправили в школу-интернат при МГУ, основанную всемирно известным математиком Андреем Колмогоровым для детей, одаренных математикой и физикой. Несмотря на тщательное изучение математики в старшей школе, ему было трудно поступить в МГУ из-за антисемитской политики приема, направленной на этнических евреев [2].

Будучи студентом, Певзнер учился в Российском институте инженеров железнодорожного транспорта, который был известен своей программой прикладной математики. Он хорошо учился и опубликовал ряд статей по дискретной математике, будучи студентом. В 1985 году он поступил в лабораторию биоинформатики Института генетики микроорганизмов ВНИИГЕНЕТИКА, а в 1988 году получил степень кандидата математических и физических наук в Московском физико-техническом институте.

Певзнер заканчивал дипломную работу в эпоху «перестройки» и «гластности», и впервые за десятилетия ученым разрешили выезд за границу и даже сказали, что государство оплатит их поездки. Певзнер ухватился за эту возможность и уведомил российское правительство о своем желании работать с Майком Уотерманом из Университета Южной Калифорнии (USC), пионером в области биоинформатики и лауреатом премии ISCB 2006 года за достижения в области науки и техники. В 1989 году Певзнер лично связался с Уотерманом, не совсем веря, что его просьба к правительству будет достаточной для облегчения его поездок (она так и не была удовлетворена). Во время их переписки Уотерман отправил ему открытую задачу, которую Певзнер решил.Уотерман был удивлен, что кто-то решил эту проблему, и в конце концов пригласил его продолжить докторскую работу в своей лаборатории. Певзнер проработал 2 года в качестве постдока с Уотерманом в Университете Южной Калифорнии.

В 1992 году Певзнер зарекомендовал себя как независимый исследователь и открыл свою лабораторию на факультете компьютерных наук Университета штата Пенсильвания. Он вернулся в USC 3 года спустя в качестве профессора кафедры математики. В 2000 году он переехал в Сан-Диего и был назначен профессором кафедры компьютерных наук Рональда Р. Тейлора Калифорнийского университета в Сан-Диего (UCSD).В 2006 году он был назначен профессором Медицинского института Говарда Хьюза.

Научные интересы Певзнера охватывают область биоинформатики, и его работа основана на применении алгоритмических идей к проблемам биоинформатики. Певзнер внес значительный вклад в широкий спектр подполей, включая сборку генома, понимание того, как перестройки генома влияют на эволюцию, и разработку новых алгоритмов для секвенирования антител и антибиотиков с использованием масс-спектрометрии. Он по-прежнему восхищается и поражается научным открытием, и он объяснил: «Самым удивительным для меня было осознание того, что доминирующая биологическая теория часто разваливается, когда становятся доступными новые данные и новые методы их анализа.Трижды за свою карьеру мне приходилось опровергать биологические теории, над которыми я работал: теорию повторной эволюции Мастера Алу, теорию NME, которая связывает удаление N-концевого метионина и период полураспада белка, и теорию случайного разрушения хромосом. эволюция ».

В эту эпоху обилия данных о геноме Певзнер в настоящее время заинтересован в реконструкции детальной эволюции генома человека, вплоть до каждого нового повтора и перестройки, которые повлияли на геном, с использованием сотен геномов приматов, которые будут секвенированы в ближайшем будущем.В более практической области другой целью Певзнера является разработка вычислительного подхода к открытию антибиотиков, проблема огромной важности из-за возникающей устойчивости к антибиотикам. Он описывает открытие антибиотиков как один из последних бастионов современной биологии, который почти не затрагивается биоинформатикой.

Помимо академического вклада Певзнера, он во многом служил сообществу вычислительной биологии. Он помог запустить RECOMB (Конференцию по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии) 17 лет назад вместе с Уотерманом и Сорином Истрайлом.Он был членом многочисленных редакционных советов в области вычислительной биологии и информатики.

На протяжении своей карьеры Певзнер обучал многих студентов; 22 его бывших аспиранта и стажера теперь являются профессорами различных университетов. По пути он увидел значительные изменения в том, как он преподает на курсах бакалавриата. Он объяснил: «То, как я преподаю своим студентам, полностью изменилось: я не читал традиционных аудиторных лекций уже 3 года.Я чувствую, что традиционная 1000-летняя образовательная технология (аудиторные лекции) подходит к концу и скоро будет заменена более эффективными «интеллектуальными системами обучения». В последние годы моей целью было разработать первую такую ​​систему для биоинформатики, которая будет запущена весной 2017 года на edX ».

Певзнер удручен тем, что он был выбран победителем конкурса ISCB за достижения в области научных исследований 2017 г. - он признает, что заслужил это признание не один. Он сказал: «Эта награда действительно вручается моим учителям, студентам и аспирантам за последнюю четверть века.”

Михаил Певзнер - Университет Балтимора

Рецензируемые статьи журнала

Чи В. , Лисич Л., Майерс Л., Певзнер М. Б. и Зидель Т. (2019). Последствия проведения аудитов более низкого качества на уровне партнера по проекту. Журнал международных бухгалтерских исследований. 18 (3), 63-82.

Кнечель, Р., Минчик Н., Певзнер М. Б., Велури У. (2019). Влияние всеобщего доверия и гражданского сотрудничества на присутствие Big N и плату за аудит по всему миру. Аудит: журнал практики и теории. 38 (1), 193-219.

Ким, Дж., Певзнер, М. Б., Синь, X., &. (2019). Иностранная институциональная собственность и выбор аудитора: свидетельства всемирной институциональной собственности. Журнал международных бизнес-исследований. 50 (1), 83-110.

Феликс Р., Гейнор Г., Певзнер М. Б. и Уильямс Дж. Л. (2017). Общественное доверие и экономическое поведение некоммерческих организаций. Успехи в бухгалтерском учете. 39 (декабрь 2017 г.), 21-31.

Певзнер, М. Б., и Гейнор, Г.(2016). Влияние слабых сторон внутреннего контроля на денежную политику компаний. Международный журнал бухгалтерского учета, аудита и оценки эффективности.

Рукопись

Голден, Дж., Машрувала, Р., и Певзнер, М. Б. (2020). Неоднородность рабочей силы и асимметричное поведение затрат. Исследования в области управленческого учета. 46.

Информационный бюллетень

Певзнер, М. (2017). Что нужно знать бухгалтерам 21-го века. Блог MACPA.

Рукопись

Китчинг К., Машрувала Р. и Певзнер М. Б. (2016). Культура и поведение в отношении затрат: межстрановое исследование. Международный журнал бухгалтерского учета. 51 (3), 402-417.

Певзнер, М. Б. Бухгалтерская конференция Сеульского национального университета, «Экономические последствия потери репутации аудитора: свидетельства скандала с аудиторской проверкой», Сеульский национальный университет, Сеул, Корея. (2021 год).

Певзнер, М. Б. Семинар на факультете бухгалтерского учета Университета Стони Брук, «Экономические последствия потери репутации аудитора: свидетельства скандала с аудиторской проверкой», Университет Стони Брук, (2020).

Певзнер, М. Б. Бухгалтерский семинар Университета Делавэра, «Исчезающая местная газета: последствия для агентств некоммерческих организаций», Колледж бизнеса Университета Делавэра, (2020).

Pevzner, M. B. Kennesaw State University Coles College of Business Research Workshop, "Auditing Project", Kennesaw, GA. (2019).

Певзнер М. Б. и Феликс Р. Конференция по конвергенции финансового и управленческого учета, «Аудиторский проект», Университет Калгари, Лейк-Луиза, Альберта, Канада.(2019).

Феликс Р. и Певзнер М. Б. Семинар отдела анализа экономических рисков SEC, «Аудиторский проект», Университет Балтимора, Вашингтон, округ Колумбия. (2019).

Певзнер, М. Б. Вашингтонский университет в Сент-Луисе Глобальная программа магистров финансов, «Бизнес SEC - Введение в регулирование рынков ценных бумаг США», Вашингтонский университет / Институт Брукингса, Вашингтон, округ Колумбия. (2019).

Певзнер, М.Б. Семинар факультета бухгалтерского учета Университета Джорджа Вашингтона, "Информативность малого пробела деловой репутации", GWU, Вашингтон, округ Колумбия. (2019).

Певзнер, М. Б. Исследовательский семинар Университета Буффало, "Дуру, А., Я. Фан и М. Певзнер (2016). Террористические события и оптимизм прогнозов доходов руководства компаний." Университет Буффало, Буффало, штат Нью-Йорк. (2018).

Певзнер, М. Б. Раз в две недели исследовательский семинар отдела исследований и данных отдела анализа экономики и рисков SEC, «Прогнозы доходов от терроризма и менеджмента» (2018 г.).

Певзнер, М. Б. Исследовательский семинар для отдела анализа экономики и рисков (DERA), «Аналитик прогнозирует предвзятость и макроэкономический оптимизм», Комиссия по ценным бумагам и биржам США, Вашингтон, округ Колумбия. (2018).

Певзнер, М. Б. «Право собственности на иностранные учреждения и выбор аудитора», Американский университет, (2018).

Певзнер, М. Б. Knowledgeworks Веб-конференция CPE, «Обновление новой модели аудиторской отчетности PCAOB», Knowledgeworks, онлайн.(2018).

Морс, Дж. Н. и Певзнер, М. Б. КРАСНЫЕ РАЗГОВОРЫ UB, «Обесценение гудвилла: интерпретация и полезность», Langsdale, UB. (2018).

Певзнер, М. Б. Университет Северного Техаса, «Влияние всеобщего доверия и гражданского сотрудничества на профессию аудитора во всем мире» (2017 г.).

Певзнер, М. Б. Бухгалтерский семинар Денверского университета, «Иностранная институциональная собственность и выбор аудитора: свидетельства всемирной институциональной собственности., "Университет Денвера, Денвер, Ко (2017).

Певзнер, М. Б. Бухгалтерский семинар Университета Мемфиса, «Иностранная институциональная собственность и выбор аудитора: свидетельства всемирной институциональной собственности», Университет Мемфиса, Мемфис, Теннесси. (2017).

Певзнер, М. Б. Морган, Практикум по бухгалтерскому учету и финансам Государственного университета, «Дискреционное раскрытие информации о слабости деловой репутации», Балтимор, Мэриленд. (2017).

Певзнер, М.B. Академический семинар Отдела экономического анализа и анализа рисков Комиссии по ценным бумагам и биржам, «Информативность раскрытия информации о слабой репутации гудвилла» (2017 г.).

Певзнер, М. Б. Заседание в середине 2017 года Аудиторской секции AAA, «Иностранная институциональная собственность и выбор аудиторов большой четверки», Аудиторская секция AAA, Орландо, Флорида. (2017).

Певзнер, М. Б. Приглашенная презентация семинара в Университете Дрекселя, «Информативность раскрытия слабой репутации доброй воли», Университет Дрекселя, (2016).

Певзнер, М. Б. Приглашенная презентация семинара в Тель-Авивском университете, «Информативность раскрытия слабой репутации доброй воли», Тель-Авивский университет, Тель-Авив, Израиль. (2016).

Морс, Дж. Н. и Певзнер, М. Б. СОВЕЩАНИЕ АССОЦИАЦИИ ФИНАНСОВОГО ОБРАЗОВАНИЯ, 2016 г., «Обесценение деловой репутации - случай», «АССОЦИАЦИЯ ФИНАНСОВОГО ОБРАЗОВАНИЯ, Футы. Лодердейл, Флорида. (2016).

Певзнер, М. Б. Приглашенная презентация семинара в Университете Лихай «Информативность раскрытия информации о слабости доброй воли», Университет Лихай, Вифлеем, Пенсильвания.(2016).

Певзнер, М. Б. История регулирования и дерегулирования в Соединенных Штатах, «История регулирования и дерегулирования в Соединенных Штатах», Американский университет / Правительство Кореи, Вашингтон, округ Колумбия. (2016).

Певзнер, М. Б. Приглашенная презентация семинара в Государственном университете Кеннесо, «Детерминанты и последствия раскрытия слабой деловой репутации», Государственный университет Кеннесо, Кеннесо, Джорджия. (2016).

Ее секрет долгой жизни? «Много работать - это хорошо»

Упорный труд - залог долголетия, - говорит 89-летняя Белла Певзнер.

«Я всю жизнь много работала, - сказала она. «Вот почему я остаюсь здесь так долго. Так что хорошо работать ».

Операция на сердце в 2002 году остановила некогда неудержимую трудовую этику. «Я вышла на пенсию в возрасте 74 лет, - сказала недавно г-жа Певзнер. «Если бы не операция, возможно, я бы больше работал. Я был трудоголиком. Что я могу сказать?"

Эта упорная решимость идти дальше уходит корнями в годы ее становления. В подростковом возрасте она покинула свою родную Беларусь Беларусь в 1941 году после вторжения нацистов.

Ее родители и сестра сбежали, но были убиты многие другие родственники, в том числе дедушка и бабушка г-жи Певзнер и младшая сестра.

После мучительного 300-мильного путешествия семья нашла убежище в Казахстане. Продовольствия и ресурсов не хватало годами. Она вспомнила, как шла босиком по снегу. Ее отец, портной, шил для семьи одежду из мешков с мукой.

«Мы останавливались здесь и там», - сказала г-жа Певзнер. «Это была тяжелая жизнь».

После войны семья поселилась на Украине, где жила в небольшой квартире в подвале.Они спали на железных кроватях, используя тряпки вместо матрасов. В течение многих лет у г-жи Певзнер был только один комплект одежды: нижнее белье, тапочки и платье вишневого цвета с белыми точками.

«Я стирала каждый день и каждый день ходила на работу в одной и той же одежде», - сказала она.

Госпожа Певзнер работала бухгалтером. В 1953 году сваха познакомила ее с мужчиной, за которого она выйдет замуж. Через год у них родился сын.

Вскоре после смерти матери г-жа Певзнер, которой тогда было 50 лет, иммигрировала в Соединенные Штаты вместе со своим мужем и сыном.Она не знала ни слова по-английски, но, не теряя времени, выучила его.

«Мне было трудно учить по словарю, поэтому я учился на устной речи», - сказала г-жа Певзнер. «В Бруклине, когда я шел по улице, и евреи встречали меня и говорили со мной на идиш, я сказал им:« Нет, это мой родной язык. Я никогда не забуду. Мне нужно говорить по-английски. Говори со мной по-английски! »Я был очень настойчив».

Г-жа Певзнер продолжала работать до 70 лет у разных работодателей, в качестве бухгалтера и бухгалтера, что, по ее мнению, за то, что она тренировала свой ум и сохраняла остроту.Она вспомнила одну работу в пекарне, где начальник угрожал уволить ее, если она не воспользуется калькулятором для расчета скидок, предлагаемых постоянным клиентам.

«Я все продумала в своей голове», - сказала г-жа Певзнер. «Моя голова была в порядке. Все еще неплохо.

Сегодня г-жа Певзнер говорит, что ей повезло, что ее 63-летний сын живет в квартире через дорогу от ее дома в Бенсонхерсте, Бруклин.

Ее муж умер от рака печени в 2011 году, и возраст сказался на ее здоровье.У нее диабет, апноэ во сне, гипертония, подагра, респираторные заболевания, проблемы с щитовидной железой и заболевания сетчатки.

«У меня много болезней - лучше сказать вам, чего у меня нет», - сказала г-жа Певзнер. «Это сложно, очень сложно, но я справляюсь. Я стараюсь изо всех сил."

В 2014 году Еврейская ассоциация помощи пожилым людям, также известная как JASA, бенефициарное агентство UJA-Federation of New York, начала доставлять кошерные блюда г-жи Певзнер. UJA-Federation of New York - одна из восьми организаций, поддерживаемых Фондом самых нуждающихся дел The New York Times.

Г-жа Певзнер получает 1 322 доллара в месяц в качестве дохода по социальному обеспечению. В апреле ассоциация использовала 75 долларов из фонда, чтобы госпожа Певзнер могла купить фрукты для приготовления блюд к пасхальной трапезе. Деньги также пошли на покупку специальных глазных капель для лечения ее заболевания сетчатки. Еще 46 долларов было потрачено в августе на то, чтобы предоставить г-же Певзнер скамейку для душа.

Выход на пенсию позволил ей открыть для себя новые интересы. Она начала рисовать в 80 лет во время посещения центра для пожилых людей.Большая часть ее работ изображает животных и пейзажи, и многие из ее творений висят в рамах на ее стенах. Остальные картины остаются незаконченными; ее слабое зрение задержало их завершение.

Госпожа Певзнер говорит, что надеется и дальше процветать, несмотря на свои многочисленные болезни. Ее отец дожил до 97 лет, и она намерена дожить как минимум до 100 лет. По ее словам, еще многое предстоит сделать.

«Я не теряю надежды», - сказала г-жа Певзнер. «У меня есть незавершенные картины, поэтому мне нужно закончить.

Исследования в области вычислительной молекулярной биологии

Об этих разбирательствах

Введение

Этот том содержит доклады, представленные на 9-й ежегодной международной конференции по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB 2005), которая проходила в Кембридже, штат Массачусетс, 14–18 мая 2005 г.Серия конференций RECOMB была начата в 1997 году Сорином Истраилом, Павлом Певзнером и Майклом Уотерманом. Список предыдущих собраний приведен ниже в разделе «Предыдущие собрания RECOMB. «RECOMB 2005 был организован Институтом Броуда Массачусетского технологического института и Гарварда, а также Центром передовых технологий Бостонского университета и был прекрасно организован сопредседателями Организационного комитета Джиллом Месировым и Саймоном Касифом. В этом году было подано 217 докладов, из которых Программный комитет передал 39 для представления на собрании и включения в этот сборник. Каждую заявку рецензировали не менее трех членов Программного комитета. После завершения отчетов судей, для принятия решений состоялось обширное обсуждение в сети. Начиная с RECOMB 2005, Руководящий комитет решил опубликовать сборник материалов в виде сборников лекций по биоинфматике (LNBI), редакторами которых также являются основатели RECOMB. Этому делу был присвоен заметный номер тома LNBI 3500. Серия конференций RECOMB тесно связана с Журналом компьютерной биологии, который традиционно публикует специальные выпуски, посвященные представлению полных версий избранных докладов конференции.Программный комитет РЕКОМБ состоял из 42 членов, перечисленных на отдельной странице. Я хотел бы поблагодарить членов Программного комитета РЕКОМБ 2005 за их самоотверженность и упорный труд.

Ключевые слова

Аннотация Алгоритмы разрешения микрочипов биоинформатика исчисление познание вычислительная биология вычислительная теория графов вычислительная молекулярная биология анализ данных гаплотипа генома сопоставление шаблонов распознавание складок белков сети взаимодействия белков

Редакторы и филиалы

  • Сатору Мияно
  • Джилл Месиров
  • Саймон Касиф
  • Сорин Истрайл
  • Павел А.Певзнер
  • Майкл Уотерман
  1. 1. Центр генома человека, Институт медицинских наук, Университет Токио, Минато-ку, Токио, Япония,
  2. 2. Широкий институт Массачусетского технологического института и Гарвард, Кембридж, США
  3. 3. Лаборатория компьютерной геномики, Департамент биоинженерии .Центр молекулярной биологии и факультет компьютерных наук, Браунский университет, США,
  4. 5.Университет Калифорнии, Сан-Диего, США,
  5. 6. Кафедра молекулярной и компьютерной биологии, Университет Южной Калифорнии, Лос-Анджелес, США,
.

Библиографическая информация

  • Название книги Исследования в области вычислительной молекулярной биологии
  • Подзаголовок книги 9-я ежегодная международная конференция, RECOMB 2005, Кембридж, Массачусетс, США, 14-18 мая 2005 г. Труды
  • Редакторы Сатору Мияно
    Джилл Месиров
    Саймон Касиф
    Сорин Истрайл
    Павел Певзнер
    Майкл Уотерман
  • Название серии Конспект лекций по информатике
  • DOI https://doi.org/10.1007/b135594
  • Информация об авторских правах Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2005
  • Имя издателя Шпрингер, Берлин, Гейдельберг
  • электронные книги Информатика Компьютерные науки (R0)
  • Печатать ISBN 978-3-540-25866-7
  • Интернет ISBN 978-3-540-31950-4
  • Серия Печать ISSN 0302-9743
  • Серия Интернет ISSN 1611-3349
  • Номер издания 1
  • Число страниц XVII, 632 г.
  • Количество иллюстраций 0 ч / б иллюстраций, 0 иллюстраций в цвете
  • Темы Анализ алгоритмов и сложность задач
    Структуры данных
    Дискретная математика в информатике
    Управление базами данных
    Искусственный интеллект
    Биоинформатика
  • Купить эту книгу на сайте издателя

mmcco / RepeatScout: RepeatScout 1.0.5, написанный Певзнером и др., Исходный код для просмотра. Официальный выпуск и дополнительная информация доступны по адресу http://bix.ucsd.edu/repeatscout/

.
 ВВЕДЕНИЕ
============
Этот каталог содержит исходный код, связанный с RepeatScout, который
подробно описано в следующей статье:
Прайс А. Л., Джонс Н.С., Певзнер П.А. 2005. De novo идентификация
повторяющиеся семейства в больших геномах. Появиться в трудах
13-я ежегодная международная конференция по интеллектуальным системам для
Молекулярная биология (ISMB-05).Детройт, штат Мичиган.

Цель программного обеспечения RepeatScout - выявить повторяющееся семейство
последовательности из геномов, в которых вручную созданы базы данных повторов (а-ля
RepBase update) недоступны. Фактически, вывод этой программы
может использоваться в качестве входных данных для RepeatMasker как способ автоматического маскирования
недавно секвенированные геномы.

В этот пакет включены более или менее произвольные 3 Мб человеческого X
хромосома для целей тестирования и отладки.

Какие новости
==========
1.0.5 Исправление ошибки в filter-stage-1.prl сообщил Эрик Ганко.
1.0.4 filter-stage-1.prl пропустил последнюю последовательность во входном файле.
       Спасибо Дьердю Абрусану за сообщение об этом.
1.0.3, Границы последовательности теперь учитываются при расчетах.  Предыдущий
          версия объединяет последовательности вместе и позволяет семенам
          распространяются через границы последовательности.
          (Представлено Робертом Хабли, Институт системной биологии
            )
1.0.1 - 1.0.2, Исправление ошибки для обработки кодов IUPAC в build_lmer_table

1.0.0 - 1.0.1, Исправление ошибки (настройки параметров)

УСТАНОВКА
============
Для создания программного обеспечения вам понадобится стандартный вариант make и C
компилятор. Чтобы отфильтровать вашу библиотеку повторов, чтобы удалить несложные и тандемные
последовательностей, вам понадобится Perl 5.5 (или лучше; см. http://www.perl.com),
nseg (Wooton and Federhen, 1993; см. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/seg/nseg) и
trf (Бенсон, 1999; см. http://tandem.bu.edu/trf/trf.html). Чтобы отфильтровать ваш
библиотека повторов против сегментарных дупликаций, экзонов или других функций
вам понадобится RepeatMasker-open3.0 (или лучше; см.
 http://www.repeatmasker.org), а также интересующие функции в
Формат GFF. 

Мы проверили, что этот исходный код компилируется и правильно работает на
Linux, FreeBSD, Mac OS X и DEC Tru64. Он должен работать на любом * nix
система и может работать на компьютерах Windows, если скомпилирована с помощью gcc
Cygwin). Если у вас есть опыт компиляции этого программного обеспечения для
Windows, сообщите нам об этом.

Чтобы создать программу RepeatScout, выполните следующие действия:
  1) скачать tarball с исходным кодом RepeatScout- #.#. #. tar.gz
     из http://repeatscout.bioprojects.org
  2) распаковать и распаковать его (например, tar -xvfz RepeatScout - #. #. #. Tar.gz).
     Будет создан каталог с именем RepeatScout - ###.
  3) "cd RepeatScout - ###"
  4) "make" Программное обеспечение должно собираться без ошибок или предупреждений.
     Будут созданы две программы: build_lmer_table и RepeatScout - ###.
     Вы можете оставить эти двоичные файлы там, где они есть, или скопировать их на любой
     другое место, которое вы сочтете подходящим; нет внешних библиотек
     необходимы. ЗАПУСК ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ
====================
Запуск RepeatScout проходит в четыре этапа. Сначала build_lmer_table
создает файл, в котором заносится в таблицу частоту всех l-мер в
последовательность для анализа. Во-вторых, RepeatScout берет эту таблицу и
последовательность и создает файл fasta, содержащий все повторяющиеся
элементы, которые он мог найти. В-третьих, скрипт "filter-stage-1.prl"
запускается на выходе RepeatScout для удаления несложных и
тандемные элементы; RepeatMasker запускается в интересующей последовательности с использованием
эта отфильтрованная библиотека RepeatScout.Программа "фильтр-стадия-2.прл"
затем отфильтровывает любой повторяющийся элемент, в котором нет определенного числа
раз (по умолчанию 10). Наконец, расположение найденных повторов
by RepeatMasker используются вместе с файлами GFF, которые описывают
сегментарные дупликации или экзоны или другие подобные «неинтересные» области
для удаления из библиотеки последовательностей, которые, скорее всего, не будут мобильными
элементы; программа "compare-out-to-gff. prl" делает именно это.

Программа RepeatScout требует значительного объема памяти
и изрядное количество времени.На Х-хромосоме человека требуется
примерно _ часов на ПК с частотой 3 ГГц при использовании _ ГБ памяти. Мы
в настоящее время работает над способом уменьшить использование памяти программой, чтобы
что он может работать с гораздо более крупными последовательностями (целыми геномами) в разумных
количество времени.

Вы можете увидеть список параметров командной строки для каждой программы, вызвав
программа с флагом "--h".

Выбор параметров
-----------------
Библиотека повторов, созданная в статье, была создана с помощью
параметр "-stopafter" установлен на 500.("-stopafter" - это, по сути, насколько далеко
RepeatScout продолжит поиск совмещения, когда
оценка не улучшается.) Текущее значение по умолчанию для этого параметра
равно 100, что значительно сокращает время работы.

Значение по умолчанию l, которое является «длиной рассматриваемого l-мера», установлено.
быть ceil (log_4 (L) +1), где:
  ceil (x) = наименьшее целое число больше x
  log_4 (x) = log по основанию 4 x
  L - длина входной последовательности
Это значение можно изменить, задав параметр "-l", но это важно. 
чтобы для build_lmer_table и RepeatScout было присвоено одно и то же значение -l.Неясно, разумны ли значения l, отличные от значения по умолчанию, но
варианты есть, если они вам нужны.

См. Файл справки программы RepeatScout (--h) для получения списка других настраиваемых
параметры.

Рекомендации:
Бенсон Г. 1999. Поиск тандемных повторов - программа для анализа последовательностей ДНК.
Nucleic Acids Res. 27: 573-80.
Вуттон, Дж. К. и С. Федерхен (1993). Статистика локальной сложности в амино
кислотные последовательности и базы данных последовательностей. Компьютеры и химия 17: 149-63.
 
.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *